・RYUDO が更新されました(2019/5/9)

周期境界条件なし(periodic off）のクラスターモデルを計算する際に、初期構造でセル枠をはみ出している（部分座標が０から１の範囲外になっている）原子がある場合、当該原子がセル枠内に折りたたまれたかのように計算結果(pos.rdやend.rd）を出力してしまう問題を修正しました。（計算自体は正常に行われていたのですが、ファイル出力する段階で間違っていました。）

・New-RYUDO を更新しました(2019/2/5)

COLORS-RYUDO Ver.2 で出力する xtal.mdy のパラメーターを指定できるようにしました。
- def.rd の clrd部分に従属行（行頭空白）として xtal行を記述し、その後にパラメーター（数値）を指定してください。
- パラメーターは xtal.mdy 内の記述順通り、 Charge, Spin, VSIP, Ratio, Smear, MoEne の６種を指定します。
- 後半のパラメーターは省略できます。例えば Charge だけを指定したい場合は ' xtal 1.0' のように記述してください。
- 省略したパラメーター及び xtal行そのものを指定しなかった場合はデフォルトのパラメーターが使用されます。デフォルトは Charge 0.0 Spin 0.0 VSIP 2 Ratio 100 Smear 0.00001 MoEne 1 となります。
あわせて、従来は xtal.mdy の第一行にダミーのコメント行(!DATE・・・)を出力していたのを空の TITLE行に変更しました。

・New-RYUDO を更新しました(2016/9/23)

OPLS力場を実装しました。使用するには defi.h の OPLS を 1 にして再コンパイルしてください。
使い方は他のポテンシャルと同様です。
- 他のポテンシャルと同じ式になる項はそのポテンシャルで代用してください
- ４体（torsion）項だけは代用できませんので、新規実装の OPLS 型を使用してください。記述方法は他の torsion タイプと同じで、エネルギー以降のパラメーターは V1, V2, V3, V4, Φ0 の順で記述してください。
なお、現状で近接結合テーブルなし ( FBT_MODE=0 ) でしか使用できません（今後改善する計画はあります）。

・atomsd を更新しました(2016/9/8)

tps.rdが無く、代わりにpos.rdを使う場合に座標処理の異常があったのを修正しました。
同じくpos.rdを使う場合、実行環境によってはデータ読み込みの符号処理に問題が発生する可能性があったのを修正しました。
同じくpos.rdを使う場合、新たにpos2.rdも一緒に読み込んで計算精度の向上を図りました。

・New-RYUDOを更新しました(2016/8/10)

圧力制御なしでセルサイズ自動変更機能(cellres)を使用中、計算中に密度の表示出力が更新されていなかったのを修正しました。

・New-RYUDOを更新しました(2016/4/13)

Nose-Hoover温度制御を有効にしてコンパイルした場合、温度制御なし（def.rdでtemp行をコメントアウト）にすると動作不良になっていた問題を修正しました。

・RYUDOが更新されました(2016/4/4)

Ewald法第３項が欠陥原子でも評価されていた問題を修正しました。

・clrdset を更新しました(2013/12/10)

set.rd のコメントアウトに対応しました。

・RYUDOが更新されました(2013/12/10)

結合情報のある原子を欠陥にしても結合性ポテンシャルだけは計算されていた問題を修正しました。

・RYUDOが更新されました(2013/9/30)

set.rd内でコメントアウトが可能になりました
任意の行をコメントアウト、またはコメント行を記述するには、行頭にコロン（：）を記述してください。
従来の RYUDO では set.rd のコメントアウトを認めていないため、例えば part部でコメントアウトを記述しようとすると（頭にコロン（：）がある行があると）、以後を part部として読み込んでいませんでした。（コメント以降の構造がなくなる）
今回の機能変更により、今後のset.rd（コメント有り）は以前のRYUDO（コメント不可）では使えなくなりますのでご注意ください。
Too short エラーメッセージを短縮（要約化）できるようにしました
ryudo の起動時に -t オプションをつけると、従来のような各発生毎のメッセージに代わって、進行状況の１行表示ごとに Too short が発生していることを示す警告メッセージを表示します。
これにより、何らかの事情やミスで Too short が頻発してしまう計算でも、表示負荷が減って停止（Ctrl-C）させやすくなります。その代わり、具体的にどこで Too short が発生したのかは分からなくなります。
なお、２体ポテンシャルのテーブル化を行っている場合は、１行表示のタイミングを待たずに停止します。（ポテンシャルが計算できないため）
この機能は、計算モデルが too short にならずに正常に計算できるかどうかテストする場合等にお使いください。

・New-RYUDOを更新しました(2013/9/30)

並列計算機能において、プロセスを３つ以上に分割すると異常な Too short が発生することがある問題を修正しました
今回の変更により、共有メモリを従来の２倍ほど使用するようになりましたので、メモリの少ない環境ではご注意ください。
また、ソースコードを大幅に書き換えましたので、エンバグ（新たなバグの発生）の可能性があります。何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。
なお、従前の New-RYUDO で上述の問題を回避する方法としては下記が考えられます。
- 並列数を２分割までにする
- ＣＰＵコア数よりも少ない並列にする（ただし不確実）
- ダミーの近接原子テーブルを使用する： def.rd で cutoff 行の第２項を 1[pm]、第３項を 1 にする。ただし、非結合性３・４体ポテンシャルが使えなくなるほか、結合情報にも影響する可能性があるので要注意。

・計画停電は終了しました(2013/8/25)

・New-RYUDO を更新しました(2013/7/10)

並列計算機能において、２体ポテンシャルをテーブル化した場合、 Too short エラーに詳細出力（各原子の座標）を出力するようにしました。

・tmpext を公開しました(2013/6/6)

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2013/3/25)

原子にかかる力の大きさで原子の色分表示ができるようになりました
この機能追加に伴い、メニュー項目が足りなくなりましたので、原子の各種色分表示機能については、従来の Option メニューから Setting - LevelColor メニューへ移動しました。
原子にかかる力は for.rd および for2.rd より取得しますので、 RYUDO において、これらを出力するようにしておいてください。

・engrds を研究室内公開しました(2013/2/1)

・RYUDO が更新されました(2013/1/25)

連続計算(bat.rd)機能において、結合情報を用いていると２番目の計算がエラーで止まる問題を修正しました。
原子強制移動機能において、def.rdの読み込み結果表示（画面表示およびcnd.rd出力）に間違いがあったのを修正しました。

・RYUDO が更新されました(2012/12/11)

温度制御しない（温度制御対象原子が無い）場合、画面およびcnd.rdの計算経過表示で、以前は温度がnanと出力されていたのを、-1に変更しました。

・計画停電は終了しました(2012/8/26)

・clrdset を更新しました(2012/8/22)

・RYUDO が更新されました(2012/8/17)

計算結果のテキスト形式出力(tps.rd、tfr.rd、tvl.rd)において、各行に原子の番号を出力できるようにしました
この機能を利用するには、 defi.h の #define TXTOUTFRM を変更してコンパイルしてください。
１を指定すると、各行の元素名の後にコロン(:)と原子の番号が付与されます。
２を指定すると、原子の番号が新たに各行の第５項として出力されます。
デフォルトの０にすると、従来どおり元素名のみの出力となります。

・New-RYUDO を更新しました(2012/5/3)

COLORS-RYUDO Ver.2 の def.rd の clrd部において、元素組合せ記述に 0 0 指定できるようにしました
これにより、元素ごと記述のパラメーター指定をもとに、全組合せに一括してフィッティングを指定することができます。
詳細は追加マニュアルを参照してください。
COLORS-RYUDO Ver.2 の def.rd の clrd部において、元素組合せごとの記述行の省略方法を改良しました
詳細は追加マニュアルを参照してください。
また、r0ijフィッティングが１次関数だったころの書式もそのまま読めるようになりました。ただし１次関数表記とβij切り替えの併用はできません。
追加マニュアルの COLORS-RYUDO Ver.2 に関する記述を修正・追加しました
r0ijフィッティングが１次関数のままになっていたのを修正しました。
gフラグ（MorseにBusingを重ねる機能）の記述を削除しました。
上記変更に関する記述を追加・修正しました。

・rdcar が更新されました(2012/4/19)

同じ分子名で分子番号のみが異なる場合において、正しく識別できないことがある問題を修正しました
例えば、carファイルにおいて分子番号20が先に現れて次に2が現れた場合、結合情報の解析において分子番号2を20と混同していました（逆のケース：2が先、20が後の場合は大丈夫でした）。今回の変更でこれを修正し、どのような順番でも正しく識別するようにしました。

・重要：宮本研のインターネットアドレス(URL)が変わりました

・clrdset を更新しました(2012/2/1)

・rdsrt が公開されました(2011/12/26)

・New-RYUDO を更新しました(2011/12/12)

Ver.1.27m の変更で発生していた COLORS-RYUDO Ver.2 のバグを修正しました
COLORS-RYUDO Ver.2 を使わない場合は影響ありません。

・New-RYUDO を更新しました(2011/12/7)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、 Fitting を Morse / Busing のどちらで行うかの判断を、 Emo+Eer のほかに Emo だけでも判定できるようにしました
Emo だけで判定させるには、defi.h の #define CLRDPTSL を 1 にしてください。通常は 0 です（Emo+Eer で判定します）。
なお、いずれの場合もポテンシャルパラメータの推算は従来どおり Emo+Eer で行われます。

・New-RYUDO を更新しました(2011/11/24)

反応表現機能において、モード14（４員環生成結合反応）が正しく動作しないことがある問題を修正しました

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2011/11/14)

文字情報表示部の下から２行目で、ページ数が多くなると Axis 情報が切れて見えなくなる問題に対応しました
Scale など表示方法に関する情報を、最下段に移動しました。これにより最下段の情報が増えましたので、今度はこちらが切れる可能性があります。あまり重要な情報ではないので大丈夫とは思いますが、もし不都合がありましたらお知らせください。

・New-RYUDO を更新しました(2011/11/9)

COLORS-RYUDO Ver.2 で clrds.rd を読み込んだ際の log.rd 出力で xtal 部の原子番号が 0 からになっていたのを 1 からに修正しました

・RYUDO が更新されました(2011/11/9)

原子出現(appear)機能で発生させた原子に、 atom部のフラグが反映されていなかった問題を修正しました

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2011/11/9)

シミュレーション時刻(fs)の表示を修正しました
def.rd の index に半径と色などが記述されていない場合、 set.rd 読み込み時の値を用いるようにしました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/10/17)

各原子の電荷（charge.rd）およびエネルギー（clrdet.rd または clrdetb.rd）が正しく視覚化できなかった問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2011/9/22)

COLORS-RYUDO Ver.2 で、各原子エネルギー出力 clrdet.rd のバイナリー版 clrdetb.rd を出力するようにしました
１原子＝符号付き２バイト整数、上位１バイト先行出力です。単位は[kcal/mol]です。
pos.rd を同じタイミングで追加出力されますので、ページ数×原子数×２バイトの容量になります。

New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/9/22)

COLORS-RYUDO Ver.2 のバイナリ化各原子エネルギー出力 clrdetb.rd を読み込めるようにしました
読み込みはテキスト形式の clrdet.rd を優先します。 clrdte.rd がない場合、clrdetb.rd を読み込みます。

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2011/9/9)

軌跡線表示において、結線上限距離を指定できるようにしました
この機能を利用するには、Setting - Trajectory において、 LimitLength を選択し、軌跡線をつなぐ上限距離を[pm]単位で入力してください。
従来は各軸長の半分が最大距離に固定されていました。本機能により、ページ間隔が大きすぎて原子が大きく移動した際に、軌跡線をつなぐと不自然に見えてしまう問題を回避することができます。
デフォルトでは従来どおり各軸長の半分になっています。デフォルトに戻すには結線上限距離に-1を指定してください。

・New-RYUDO を更新しました(2011/9/5)

COLORS-RYUDO Ver.2 の r_0ij フィッティングにおいて、２次関数を指定できるようにしました
ここでフィッティングの式は r = a*D^2 + b*D + c となります。
従来 def.rd で a b の２項を指定していた部分に a b c の３項を指定するようにしてください。
なお、この変更により、従来の def.rd とは互換性がありませんので、ご注意ください。
従来のような１次関数を使いたい場合は、a = 0 として、従来の a の値を b に、b を c に指定してください。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/24)

clrdet.rd読み込み機能において、読み込んだデータが kcal/mol単位に変換されていなかった問題を修正しました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/22)

テキスト形式計算結果読み込みで、結合情報に異常があったのを修正しました
同時に、各元素の結合フラグが、デフォルトでOFFになっていたのをONに変更しました。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/19)

テキスト形式計算結果読み込みでエラーが発生する問題を修正しました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/8)

xtal.mdy出力において、def.rdのatom部に COLORS-RYUDO時のxtal.mdy出力用元素名（第８項）が記述されている場合、これを使用するようにしました
この場合、index部の元素名は使用されません。出力順の並び替え機能も無効になります。
また、マルチセッションには対応していません。最終セッションのatom部で判断されます。
なお、COLORS-RYUDO時xtal.mdy出力用元素名（第８項）は７文字以下の場合のみ認識します。もし８文字以上だった場合、 xtal.mdy出力用元素名が指定されていないものとみなします。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/5)

clrdet.rdを読み込んで原子の色で視覚化できるようにしました
これに伴い、メニューの配置も一部変更しています。色での視覚化は、電荷、エネルギー、累積被力、それぞれ Optionメニューの中に移動しました。 ChargeColor, EnergyColor, AveForceColor で表示方法切り替え、 ChargeRange, EnergyRange, AveForceRange で色分け範囲変更になります。 clrdet.rdはEnergyColorで視覚化されます。
電荷などの原子の色による視覚化において、色分け範囲を正～負だけでなく、正のみ、および負のみでも指定できるようにしました
正または負のみにした場合、表示方法1番（Color1) 及び２番（Color2)の中央色（黄色）は０ではなくなりますのでご注意ください。

※上記の変更に伴い、ソースコードを大幅に書き換えましたので、エンバグしている可能性が高いです。お気づきの点がありましたら随時お知らせください。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/8/3)

xtal.mdy出力でコメント行の次に空白行が入る問題を修正しました
テキスト形式結果ファイルに対応しました
メニューの Mode - Files - LoadTextRes で読み込むことができます。
ファイル名は res としてください。
内容は、1ページあたり下記の内容（axis行～end行）の繰り返しです。
各ページで原子の名前が変わっても構いません。
各ページで原子数が変わっても読み込むことができますが、 RYUGAの他の機能（軌跡線表示）に悪影響を与えることがありますのでご注意ください。
例によってデバッグが不完全なので、何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。

・New-RYUDO を更新しました(2011/8/1)

モンテカルロ計算機能で、最大移動距離を大きくした際に、回転試行でエラーが発生する問題を修正しました
MC Target Error 1 が出る場合はこれに該当する可能性があります

・clrdset を更新しました(2011/7/20)

set.rd で欠陥に指定されている原子も clrds.rd に出力されていた問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2011/7/11)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、clrdet.rd 出力に Ecr 項を追加しました
従来は１行ごとに Emo+Eer 項のみ出力していましたが、今回から１行に Emo+Eer と Ecr の２項を出力するようにしました。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、反応表現機能を併用しつつCOLORS呼び出し間隔を０とした際に、 ALLOUTe2.csv に対応していなかった問題を修正しました
COLORS呼び出し間隔（ポテンシャル更新間隔）が０、すなわち計算中にCOLORSを呼び出さない設定において、反応表現機能による再フィッティングが発生すると、常に ALLOUTe.csv を参照しようとするため、 ALLOUTe2.csv しかない COLORS計算結果を使用した際にエラーで停止する問題があったのを修正しました。

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2011/6/2)

軌跡線表示において、表示ページ範囲を現在ページからの相対位置でも指定できるようにしました
StartPage に負のページ数を指定すると、現在表示されているページより前のページを軌跡線の頭にすることができます。例えば－１０を指定すると、現在のページよりも１０ページ前のページを軌跡線の開始位置にします。
EndPage に負の値を入力すると、現在およびその後のページを軌跡線の末尾にすることができます。ここで、－１を指定すると現在のページが、－２以下を指定するとそれぞれ１ページ以降のページが、軌跡線の終端になるように表示されます。
これらを組み合わせると、原子が尾を引くような軌跡線を表示することができます。
（RYUGA Ver.2 で実現していた機能を今回 Ver.3 に移植しました）

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/6/2)

軌跡線表示において、現在ページを末尾にできるようにしました
Setting - Trajectory で CurrentPageE を選ぶと、現在表示されているページが軌跡線の末尾になるように表示できます。設定後のページ変更でも自動的に追随します。（これは EndPage に－１を指定したのと同じです。）

・写真ページを更新しました(2011/6/2)

昨年の追いコン＆スキー旅行以降滞っていた研究室写真のページを更新しました。
・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/5/23)

rst形式へのファイル出力において、画面で欠陥原子を表示していないときは、ファイルにも出力しないようにしました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/5/19)

マスクラウドプロット表示の際、エネルギーのカラーレベル範囲を任意に指定できるようにしました
従来は最頻値の上下7[kJ/mol]に固定されていました。
今回から、マスクラウドプロット表示開始の際にエネルギー範囲も指定できるようにしました。
なお、最小値以下のプロットは最小値と同色で表示され、最大値より大きいプロットは表示されません。従来も同様です。
マスクラウドプロット表示のドットサイズを変更できるようにしました
まずデフォルトで若干大きくしました：従来は3x3pixelでしたが、今回から7x7pixelになりました。ドットサイズを変更するには、メニューの Option - MassCloudSize を選択し、半径相当のpixel数を入力してください。例えば 5 と入力すると、11x11pixelになります。
任意の番号以降の存在分子のみをrst形式に出力する機能を実装しました
メニューの Option - Molec.Output を選択し、開始分子番号を入力してください。指定した番号以上の分子について、存在（欠陥でない）原子についてのみ、 rst形式にして出力します。
出力ファイル名は molec.rst で固定されていますので上書きにご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2011/5/19)

分子挿入削除MC計算機能と反応表現機能の併用時において、分子削除時の離脱反応が正常に動作しない問題を修正しました
反応相手から欠陥原子を除くつもりが、ソースコード上で誤って欠陥原子のみを相手にしていたのを修正しました。
専用モンテカルロ計算機能において、最安定構造出力に吸着分子数を含めるようにしました
lowest.rd の最後に mcam 行を追加しました。分子群ごとに吸着分子数が出力されます。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/5/17)

マスクラウドプロットデータの読み込みの際、分子番号０を最頻値の算出に含めないようにしました
従来のNew-RYUDOで、基材（分子番号０）のデータも出力されていると最頻値の算出に悪影響を及ぼす場合がありましたので、こんかいより計算に含めないようにしました。
マスクラウドプロットデータの読み込みの際、範囲外の頻度を最頻値の算出に含めないようにしました
現在のNew-RYUGAでは、マスクらウドプロットの最頻値算出の際、吸着エネルギー範囲-900kJ/mol～100kJ/molにおいて、 1kJ/mol単位で頻度を集計しています。従来は-900kJ/molより低い頻度は-900kJ/molの頻度に、 100kJ/molより高い頻度は100kJ/molの頻度に加算していましたので、極端に低いあるいは高い吸着が多い場合、最頻値の算出に問題が生じることがありました。今回より、-900kJ/molおよび100kJ/molの頻度は最頻値の算出に用いないようにしました。

・New-RYUDO を更新しました(2011/5/17)

専用モンテカルロ計算機能において、温度の設定が表示と出力に反映されていなかった問題を修正しました
試行の採択確率の計算では、set.rdの初期温度およびdef.rdの最終温度・上昇下降設定が正しく反映されていましたが、画面およびcnd.rd出力や val.rd出力でこれらの温度が反映されず、300Kのままでした。今回これを修正し、確率の経産で用いられた温度を正しく出力するようにしました。
専用モンテカルロ計算機能において、マスクラウドプロットデータに基材（分子番号０）の情報が出力されていたのを削除しました
従来おまけの機能として、基材側のエネルギー集計値をマスクラウドプロットデータ出力（masscp.rd）にも出力していましたが、誤解をさけるため、本バージョンより出力しないようにしました。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/5/13)

New-RYUDO の専用モンテカルロ計算機能への対応に問題が発生していたのを修正しました
Ver.3-77 から Ver.3-78 への大改修の際、マスクラウドプロットデータ読み込み時のメモリ確保にバグを生じたようで、致命的エラーで停止する場合があります。 Ver.3-78 以降をご使用の方で専用モンテカルロ計算を利用される方は本バージョンに変えてください。
また、致命的エラーにはなりませんが、 vel.rd を読み込もうとして警告を発していたのを修正しました。
軸長参照でエラーになる可能性があったのを修正しました
axs.rd がない場合、代わりに val.rd から軸長を参照しますが、 val.rd が出力されているかどうかの確認に、誤って vel.rd の出力ステップ間隔を参照していたのを修正しました。

・rst2car を更新しました(2011/5/13)

第７項出力に専用記述機能を追加しました
elem部の元素名で、{ }（中括弧）に囲まれた部分がある場合、この部分のみを第７項に出力するようにしました。最後の } は省略できます。 { がない場合は、従来どおりelem部のすべてが出力されます。いずれの場合も最大７文字までで、８文字め以降は切り捨てます。
元素名のコメント付与対応機能を拡充しました
第１項および第８項の出力の際、 elem部の元素名の２文字目がアルファベット以外の場合は削除して元素名１文字として扱うようにしました。（従来は _ （アンダーバー）のみ削除していましたが、今回から他の記号や数字なども削除するようにし、第１項頭および第８項は英字のみとなるようにしました。）

・New-RYUDO を更新しました(2011/5/12)

モンテカルロ計算機能のうち分子挿入削除計算機能について、反応表現機能と併用できるようにしました。
従来は反応表現機能との併用に対応していなかったため、分子が削除される際、原子間が離れて起きる反応（結合切断など）が実施されない問題がありました。今回、反応表現機能の判定部分をモンテカルロ計算機能部分にも記述し、分子削除の際、強制的に離脱反応が実施されるようにしました。

・rst2car を更新しました(2011/5/11)

car形式の第７項にelem部の元素名を出力するようにしました
従来は、第７項は「rg」固定でしたが、これをelem部の元素名にしました。なお、８文字以上ある場合は、７文字に切り詰めて出力されます。
elem部の元素名に _ （アンダーバー）に続けてコメントを記述できるようにしました
第１項や第８項には、elem部の元素名の頭２文字のみを使用します。よって従来でも、２文字の元素名ならば３文字目以降をコメントに利用できましたが、１文字の元素名ではコメントが１文字含まれてしまうので無理でした。今回から２文字目が _ の場合は頭１文字だけを元素名とするようにしました。これにより１文字の元素名でも _ をつけてコメントを記述できます。なおこの機能は上述の第７項出力にはありませんので、第７項には _ も含めてすべてが（最大７文字まで）出力されます。

・宮本研は通常営業中です(2011/5/9)

・東北大学は開校しています(2011/5/9)

・rst2car を公開しました(2011/4/26)

例：　rst2car page1.rst

・New-RYUGA Ver.60 を更新しました(2011/4/26)

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/3/3)

xtal.mdy 出力において、原子順ソートと元素順変更機能を追加しました
従来の xtal.mdy 出力機能においては、出力される原子の順番はシミュレーション結果（RYUDOの場合set.rdに依存）そのままになっていたため、原子の種類がバラバラに並んでいる場合は COLORS で計算しにくい xtal.mdy になっていました。
今回、元素の種類でソートされた出力になるよう改良しました。また、元素名の頭に数字を入れることで、元素の順番を自由に入れ替えることができるようにしました（数字は出力の際に削除されます）。

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2011/2/19)

ryuga.defに表示方向・角度・位置を記録するようにしました。
これにより、系の表示方向などを保存し、次回の視覚化の際に再現したり、別の計算結果の視覚化に利用することも可能になりました。

・RYUGA Ver.3 がを更新されました(2011/2/14)

charge.rd がないRYUDO計算結果を読み込むとエラーになる問題を修正しました。
２回め以降の計算結果読み込みの際、表示角度などの設定を初期化しないようにしました。
全セッション一括設定か個別設定かを、切り替えられるようにしました。
メニューの Switch - AllSession で一括/個別が切り替わります。一括設定時は、画面の情報表示に AllSes と表示されています。デフォルト（RYUGA起動時）は一括設定です。
マルチセッションとは、def.rd に複数のstep行～run行を記述することで、同一モデルで複数の異なる条件の計算を連続して行うものです。 set.rd (0ページめ) は必ず独立したセッション（セッション0）となりますので、 def.rd に step行～run行を１部しか記述しない場合でも２セッションになります。一括設定になっている場合、読み込み時にセッション0にもセッション1と同じ表示方法（元素名、色など）が設定されます。各原子の電荷もdef.rdの値になります。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/2/12)

切断表示設定で、pm単位で入力している値が、 m単位と判断されてしまう問題を修正しました
RYUDO の計算結果を読み込む際に、 ryuga.def を参照していなかった問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2011/02/07)

COLORS-RYUDO Ver.2 の引力フィッティングで Busing を付加する機能において、 nature番号ではなく atom番号になっていた問題を修正しました。さらに clrdft.rd に Busing を追加した旨、出力されるようにしました。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/2/7)

各原子電荷の色分け／明暗視覚化において、上限値と下限値を個別に指定できるようにしました。
メニュー n:Option の c:ChargeVal において、上限値と下限値を空白で区切って入力してください。従来どおり、単項入力では上限値と下限値が同じ（正負逆）になります。
各原子電荷の色分け／明暗視覚化において、色違い／明るさ違い区切りを変更しました。
電荷の視覚化に３種類ありますので、それぞれ以下に説明します。
・立体的表示が可能な色分表示：中性を黄色とし、上下それぞれ４色、合計９色に色分けされます。上下端の色はそれぞれ設定値を越えた場合で、その内側は順に設定値の100%～70%、70%～40%、40%～10%、10%以下となります。
・平面円表示までの青赤表示：中性を黄色とし、それぞれ正を赤、負を青の７段グラデーションで視覚化します（合計１５段）。上下端の色はそれぞれ設定値を越えた場合で、その内側はそれぞれ設定値の1/7で切り替わります。したがって黄色は設定値の+1/7～-1/7の範囲となります。
・明暗(白黒)グラデーション表示：最明および最暗はそれぞれ設定値を越えた場合で、設定値間を13等分した区切りで明暗が１段変わります。合計15段。なお、中性（電荷0.000）位置は示されません。

・New-RYUDO を更新しました(2011/2/7)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、COLORS の原子間エネルギーが負の場合に Morse ポテンシャルでフィッティングされますが、これに斥力を補うため Busing ポテンシャルを重ねることができるようにしました。
この機能を利用するには、まず def.rd の clrd部において、適用したい各元素間設定の第３項（フラグ）に g を追記してください。さらに、pair部に適用したいBusingポテンシャルを通常の方法と同様に記述してください（このときフラグに b または 3 を指定してください）。なお、場合によっては「結合情報がないのに結合性ポテンシャルが指定されている」というエラーになることがありますが、この場合は set.rd に bond 行のみを追記することで回避できると思います。その他、デバッグはできていませんので、何かありましたらお知らせください。
各原子の電荷履歴出力 charge.rd において、負の値の下桁が異常になる問題を修正しました。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2011/2/3)

斜め表示状態で加工できるようにしました(RYUKI)
セルサイズ変更系のメニュー名称を変更しました(RYUKI)
RYUDOのマルチセッション計算に対応しました(RYUGA)
この変更に伴い、元素の表示方法などの設定を、各セッションで個別に行わなければならなくなりました。実際にマルチセッション機能を使用していない場合でも、 set.rd分は別と判断されるのでご注意ください。全セッションをまとめて変更するには、最終ページを表示した状態で表示設定を変更してください。（逆に最終ページのみしかないセッションでは、そのセッションのみの変更はできません。）
xtal.mdy形式でのファイル出力機能を追加しました(RYUGA)
xtl形式でのファイル出力機能を実装しました（全ページ一括出力可）(RYUGA)
デバッグがまだ不十分と思われますのでご注意ください

・New-RYUGA Ver.60 を更新しました(2011/1/17)

xtal.mdyを読み込んでcarファイルに出力するとセルサイズ部分に異常が生じていたのを修正しました

・RYUDO が更新されました(2011/1/12)

自動削除(AutoDelete)時にログを出力するようにしました
従来は分子単位で削除された時のみ、ログ(log.rd)に分子番号が出力されていましたが、今回から１原子の削除でも出力するようにするとともに、分子単位で削除された場合でも各原子の番号を同時に出力するようにしました。

・New-RYUDO を更新しました(2011/1/12)

自動削除(AutoDelete)において、結合先も同時に削除する場合にログに情報を出力するようにしました。
従来は「結合先も同時に削除する」設定でコンパイルした場合、自動削除に関する情報がログ(log.rd)に一切出力されませんでした。今回から、RYUDOの仕様変更に伴い情報を出力するようにしました。まず、削除の対象となった原子の番号を出力し、続いて結合先の原子番号を出力します。

・RYUDO が更新されました(2010/10/19)

Out of Plane ポテンシャルのうち標準型(Plane)を変更しました
E = H { 1 + cos( n・x - x0 ) } となりました。詳細は取扱説明書を参照ください。
注：Ver.1.26 以前は E = H cos( n・x - x0 ) でしたが、取扱説明書の記述が間違っているのでご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2010/7/27)

COLORS-RYUDO ver.2 において、output.mdy の参照方法を変更しました
従来は Atoms Charges の次の行から電荷を取得しましたが、今回から <<< Atomic Charges >>> の２行先から取得するようにしました。
クラスタリングと COLORS-RYUDO を同時に有効にできないようにしました
もともと仕様により、この両者は同時に利用できません。従来は両者を有効にしてコンパイルできてしまいましたが、今回から defi.h の記述を変更し、クラスタリングが有効の場合は COLORS-RYUDO が無効になるようにしました。
多プロセス化機能有効時、 COLORS-RYUDO Ver.2 で COLORS呼び出し再フィッティングを指定すると、エラーで終了するようにしました
もともと仕様により、マルチプロセスによる並列計算時は、 COLORS-RYUDO Ver.2 における COLORS呼び出し再フィッティングが正常に機能しません（フィッティング結果が子プロセスに伝達されません）。従来はそれでも警告なく実行できてしまいましたが、今回からエラーを表示して停止するようにしました。

・rdrst が公開されました(2010/6/29)

MXDORTO の xtaldata.dat 形式：入力ファイル名が「xtaldata」から始まる場合
COLORS の xtal.mdy 形式：入力ファイル名が「xtal.mdy」の場合
Cerius2 / Materials Studio の .xtl 形式：入力ファイル名の末尾が「.xtl」の場合
VASP用ファイル：入力ファイル名が「CONTCAR」の場合

例：「rdrst　xtaldata.dat」

・rdsrf が公開されました(2010/6/25)

・New-RYUDO を更新しました(2010/6/1)

COLORS-RYUDO Ver.2 における clrdft.rd 出力で、ポテンシャルフィッティング結果（fitting行）の原子番号が 0～N-1 になっていたのを、1～N に修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2010/5/31)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、電荷を output.mdy から取得する場合（＝ ALLOUTe2.csv がない場合）、clrdft.rd の出力が異常になる問題を修正しました
COLORS-RYUDO Ver.2 において、 clrdft.rd のポテンシャルフィッティング結果出力を COLORS の原子番号から RYUDO の原子番号に変更しました
以前、clrdft.rd において電荷割り当ての出力（charge行）を、 COLORS における原子番号から、RYUDO における原子番号に変更しましたが、今回ポテンシャルフィッティングの出力（fitting行）においても、同様の変更を行いました。

・clrdset を更新しました(2010/5/8)

clrds.rd の xtal 部に欠陥原子も出力するようにしました
ただし xtal.mdy には、従来どおり、欠陥原子は出力されません。
この変更は、後述の New-RYUDO Ver.1.26p に対応するためのものです。 Ver.1.26p 以降の New-RYUDO には、今回以降の clrdset をお使いください。また逆に、欠陥原子のある系で、今回以降の clrdset を以前の New-RYUDO に使用すると、問題が発生することがあります。
今回の変更により、clrds.rd の xtal部の意味が変わります。

・New-RYUDO を更新しました(2010/5/8)

COLORS-RYUDO Ver.2 で、 ALLOUTe2.csv から電荷を読み取った際のログ出力が xtal.mdy における原子番号になっていたのを修正しました
今回から set.rd 内での原子番号に変更しました。
従来のままですと、各原子の電荷を RYUGA で視覚化する際に、異なる原子の電荷を表示してしまうことがあります。
COLORS-RYUDO Ver.2 で、出現用欠陥原子に対応しました
今回から、clrds.rd の xtal部には、欠陥・非欠陥にかかわらず、 COLORS対象原子を全て記述する必要があります。このため clrdset も更新し、Ver.2.03 になりました。以降の COLORS-RYUDO には、この新しい clrdset を使ってください。
charge.rd について、 COLORS-RYUDO Ver.2 または反応表現機能を使っているときだけ出力するようにしました
従来は、電荷が不変であっても、常に charge.rd が出力されていました。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、電荷を output.mdy から読み込む場合、ログ出力先が log.rd になっていたのを、clrdft.rd に変更しました
log.rd は１行毎出力なので、処理速度が低下する恐れがあります。ただし、通常は ALLOUTe2.csv から電荷を読み、かつこの場合の出力先はすでに clrdft.rd になっていたため、このバグが問題になることはほとんどありませんでした。

・New-RYUDO を更新しました(2010/4/9)

原子自動削除機能に、結合情報をたぐって複数原子を同時に削除する機能を実装しました
結合情報は３つ先まで検索します。それ以上長い分子には対応していませんのでご注意ください。
本機能と分子削除機能（分子番号で識別して分子ごと削除する機能）は併用できません。このため現状で分子削除機能は無効になっています。もし分子削除機能を有効にするには defi.h の #define ADELBND を 0 にしてコンパイルしてください。代わりに結合検索削除が無効になります。
本機能（結合検索削除）はモンテカルロ計算機能と併用できません。このため現状でモンテカルロ計算機能は無効になっています

・RYUDO が更新されています(2010/4/9)

原子出現と自動削除を併用した場合の問題について、前回の更新でデバッグしきれていなかったのを修正しました

・RYUDO が更新されています(2010/4/8)

原子出現と自動削除を併用した場合、出現原子が削除されると、次の出現時にこの削除された原子が対象となり、結果として正常に出現できないことがある問題を修正しました
今回から、削除された原子に出現フラグがついている場合は出現フラグを外し、次の出現時の対象にならないようにしました。

・New-RYUDO を更新しました(2010/3/29)

COLORS-RYUDO Ver.2 で、斥力領域用 βij 指定が正常に機能しない問題を修正しました
COLORS-RYUDO Ver.2 と反応表現機能を併用した際に clrdft.rd 出力が異常になることがある問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2010/3/27)

COLORS-RYUDO Ver.2 で Morse ポテンシャルの βij を引力領域と斥力領域で個別に設定できるようにしました
def.rd の clrd部で、各元素組合せ行の末尾に新しく第１１項を追加し、斥力領域用の βij を記述してください。このとき、従来の βij（第4項）は自動的に引力領域用となります。

・New-RYUDO を更新しました(2010/3/10)

COLORS-RYUDO Ver.2 で Morse フィッティングエラー時の cnd.rd の出力を一部変更しました。
マルチプロセス並列化における共有メモリ確保時の設定を変更しました
この変更により、マルチスレッド並列化COLORSと同時使用しても大丈夫になる可能性があります。ただし、エンバグする可能性もあります。とりあえず動作確認した方は報告をいただけるとありがたいです。

・New-RYUDO を更新しました(2010/3/8)

COLORS-RYUDO Ver.2 で r_0ij フィッティング機能を使わない場合に正常に動作しない問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2010/2/15)

COLORS-RYUDO Ver.2 の r_0ij フィッティング機能を変更しました
使用方法はそのままで、フィッティング式（処理内容）が変更になりました。
詳細はマニュアルを参照してください。

・New-RYUDO を更新しました(2010/2/15)

COLORS-RYUDO Ver.2 の r_0ij フィッティング機能を修正しました
前Ver.で def.rd の clrd部従属行「各元素組合せ」の第５項 r_0ij に負の値を指定して r_0ij フィッティングを行おうとすると、当該元素組合せのポテンシャルフィッティング自体が行われなくなっていました。これは第５項 r_0ij がフィッティング上限距離の判定にも使われているためで、負の値にすると倍率に関わらず全ての距離が判定外なっていました。
今回、第５項については、従来どおり、正の値を記述してフィッティング上限距離の判定に用いることとし、 r_0ij フィッティングの有無については項数で判断するようにしました：全１０項記述すると r_0ij フィッティングが有効になります。

・New-RYUDO を更新しました(2010/2/6)

COLORS-RYUDO Ver.2 に r_0ij フィッティング機能を実装しました
この機能を使用するには、def.rd の clrd部において、各元素組合せ従属行の記述方法を変更してください。
詳細は追加マニュアルを参照してください。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、clrden.rd と clrdet.rd を出力する・しないを選択できるようにしました
def.rd の clrd行において、最終項に file と記述すると出力し、記述しないと出力しません。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、Dijフィッティング異常警告の閾値を指定できるようにしました
defi.h の #define CLRDDMAX で最大値を指定します。単位は[J]です。デフォルトは 1000[kcal/mol] 相当になっています。

・New-RYUDO を更新しました(2010/2/3)

COLORS-RYUDO Ver.2 の電荷調整規則を一部を変更しました
Ewald法を使用するには、系内の電荷の総和が０である必要があります。
COLORSで計算された電荷の総和が0でない場合、従来は調整（しわ寄せ）用に COLORS の電荷を使わない「電荷Free」の原子が必要でした。
今回から、電荷Freeの原子がない場合は、全原子の COLORS 電荷を調整（修正）して電荷の総和が０になるようにしました。
・
この機能は、以前からALLOUTe2.csvの読み込みフィッティング部分に実装されていましたが、計算開始時の全電荷チェックでは弾かれていました。これはもともと、反応表現機能との併用で一時的に電荷Free原子が無くなってしまうことに対応するために作成した機能だからです。
今回の変更により、最初から COLORS の電荷が偏っている場合にも対応しましたが、当然ながら COLORS の計算結果とは各原子及び総電荷が異なってしまいますのでご注意ください。

・clrdset を更新しました(2010/1/26)

COLORS対象の原子をRYUDOより減らした場合に、 xtal.mdy の末尾に余計な原子が出力される問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2010/1/18)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、計算中に原子が欠陥になった場合に、 COLORS 計算結果を正しく参照できなかった問題を修正しました
New-RYUDO 計算中に原子が欠陥状態になった場合、従来は xtal.mdy への出力は正常に行われていましたが、 ALLOUTe.csv の参照が欠陥を考慮していなかったために、 COLORS は正常に実行されるものの、続くMD計算に異常が生じていました。
今回 ALLOUTe.csv の参照に欠陥を考慮するようにしましたので、計算中に原子が欠陥になる可能性のあるシミュレーションを実施する場合はこちらをご使用ください。
なお、ソースコード的には機能追加なので、エンバグしている可能性もあります。計算中に原子が欠陥にならない通常のシミュレーションの場合は今バージョンを使う必要はありません。

・New-RYUDO を更新しました(2010/1/18)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、ALLOUTe.csv からのフィッティング結果を専用ファイルに出力するようにしました
以前の New-RYUDO ではフィッティング結果を log.rd に出力していましたが、 log.rd は一行ずつファイルのオープンとクローズを繰り返すため、動作速度の低下につながっている可能性がありました。
今回からフィッティング結果は別途 clrdft.rd に出力するようにしました。出力内容は log.rd の時と同じです。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、新規計算時に既存の clrdet.rd を削除していなかった問題を修正しました
過去の計算結果があるディレクトリで RYUDO を開始する場合、他の出力ファイルは自動的に削除（上書き）されていましたが、前回追加した clrdet.rd についてはこの処理を行っていませんでした。
このため、過去の計算結果が残っているディレクトリで COLORS-RYUDO を実行すると、clrdet.rd だけは過去の結果に追記されてしまう問題がありました。
今回、新規計算時は他のファイルと同様に削除するようにしました。

・New-RYUDO を更新しました(2010/1/6)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、各原子毎のエネルギーを ALLOUTe2.csv から集計して出力する機能を実装しました
ファイル名は「clrdet.rd」です。テキスト形式で出力されます。
出力タイミングは pos.rd と同じです。１行１原子として、毎回全原子分を出力します。
履歴出力ですので、出力回数（＝計算ステップ数／pos.rd出力間隔）が大きいほどファイルサイズが大きくなります。ご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/12/22)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、 Dij 履歴出力の単位を kcal/mol に変更しました
これにより、0[kcal/mol]～255[kcal/mol]の範囲で出力されます。 0[kcal/mol]未満は0、255[kcal/mol]以上は255となります。
その他、出力ファイル名が「clrden.rd」であること、出力間隔が pos.rd と同じであることなどは変更ありません。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、Dij フィッティングが異常値になった場合に、警告を表示して終了するようにしました。
COLORS 計算結果において、r0 よりもかなり短い rij （＝完全な斥力領域）で負のエネルギーが出力されたために、 Morse ポテンシャルの Dij が正常にフィッティングできず、負の値もしくは非常に大きな値になることがあります。この場合、正常な計算が出来ませんので、 New-RYUDO がエラーを表示して停止するようにしました。
具体的には、フィッティングの結果 Dij が負もしくは10000[kcal/mol]を越えた場合に、エラーを表示および cnd.rd に出力して終了します。この場合、βij や r0、あるいは COLORS の計算条件を見直すなどしてから再計算してください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/11/24)

分子挿入削除MC計算機能において、領域設定用の従属行を新設しました
Ver.1.26 において inslim行を流用して領域指定を行っていたのを変更し、新たに mcgran 行の従属行として area行を記述できるようにしました。
行頭に空白が必要である以外（パラメータの意味など）は inslim行と同様です。詳細はNew-RYUDO追加マニュアルを参照してください。
COLORS-RYUDO Ver.2 において、各原子間の Dij パラメータを履歴出力するようにしました
ファイル名は clrden.rd で、COLORS-RYUDO Ver.2 を適用した場合は必ず出力されます。出力step間隔はpos.rdと同じです。内容はバイナリ形式で、1組み合わせ1バイト、 0[kJ/mol]～255[kJ/mol]を整数値として出力しています。
詳細はNew-RYUDO追加マニュアルを参照してください。将来的にNew-RYUGAで視覚化できるようにする予定です。

・RYUDO が更新されています(2009/11/20)

原子自動削除機能を分子単位で機能するようにしました
従来、原子自動削除機能(autodel)は、原子単位で削除処理していました。このため分子が削除領域にかかった場合、一部だけが削除されてしまう問題がありました。
今回、分子指定（set.rdの第２項が１以上）がある原子については、所属する分子に含まれる他の原子も一緒に削除するようにしました。また、削除後に原子の座標をセル端に変更する機能を無効にしました（削除した分子が変形するのを防ぎ、再利用を可能にするため）。
この機能変更により、所属する原子が削除領域にかかった分子は一括して削除されます。特に大型・長鎖分子などは削除領域の設定にご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/11/20)

モンテカルロ計算機能で、分圧を使用した確率計算と基材の回転試行に問題があったのを修正しました
この問題は、これまでの MC 計算を実装したすべての New-RYUDO において、分圧を使った分子の挿入削除試行および基材の回転試行に影響があります。このような場合は、お手数ですが最新版でやり直すことをお勧めします。
MD計算中の分子挿入削除MCにおいて、 inslim指定が削除側にも機能するようにしました
inslim指定は本来「専用MC計算機能」および「初期MC計算機能」用の設定ですが、従来は「分子挿入削除MC機能」においても挿入試行にのみ影響していました。
これを今回、領域指定に流用すべく、削除試行においても指定の領域に制限するようにしました。同時にメトロポリス法の確率計算においても、領域の体積を用いるようにしました。
なお、inslimはやはり「専用MC計算機能」および「初期MC計算機能」用に特化し、また、「初期MC計算機能」と「分子挿入削除MC機能」の併用を可能にするため、今後は別途、「分子挿入削除MC機能」用の領域指定方法を新設する予定です。あらかじめご了承ください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/10/27)

COLORS-RYUDO Ver.1 および Ver.2 において、各原子個別の電荷に応じた電場の力が掛かる様にしました
従来の New-RYUDO では、電場（def.rd の elec行に記述）による力は def.rd の nature 部に記述した電荷に基づいてのみ計算されるため、 COLORS-RYUDO による各原子個別の電荷が考慮されていませんでした。
今回から、個別の電荷を使用する原子については、その電荷を用いて電場から受ける力を計算する様にしました。（個別電荷を適用しない原子については、従来どおり nature 部の電荷に基づいた電場の力がかかります。）

・New-RYUDO を更新しました(2009/10/21)

COLORS-RYUDO を有効にしてコンパイルすると save.c のところでエラーになる問題を修正しました

・New-RYUDO を更新しました(2009/10/20)

マルチプロセス並列計算機能で正常に動作しないことがあった問題点を修正しました
子プロセスへの各原子座標の伝達において、Ｚ軸座標の一部（第２～７原子）が正常に伝わっていませんでした。これは主に結合性ポテンシャルに大きな影響があります。（このあたりの若い原子番号間において、非結合性ポテンシャルは親プロセスで計算されるので、問題にならないことがあります。）
このバグは Ver.1.24d で発生しましたので、 Ver.1.24d ～ Ver.1.25 で並列計算をご利用の方は必ず更新してください。
各原子電荷履歴出力機能を実装しました
反応表現機能やCOLORS-RYUDOで各原子の電荷が変化する様子を charge.rd に出力する用にしました。出力間隔は pos.rd を同じです。このファイルはバイナリ形式です。 New-RYUGA Ver.3-78 で視覚化することが出来ます。
COLORS-RYUDO Ver.2 のポテンシャルフィッティングにおいて、フィッティング適用外（距離が遠すぎるorエネルギーが０に近い）の場合、 def.rd の通常のポテンシャルを適用できるようにしました
def.rd の clrd部において、各原子種の組み合わせ行の第３項（フラグ項）に n と記述すると、その組み合わせにおいては、フィッティング適用外となったときに、 def.rd の nature部および pair部に記述されている通常のポテンシャルがかかるようになります。
なお、フラグ項には、今回から重複記述が可能になりました。従来の結合限定「b」と、上述の適用外def.rd使用「n」を併用したい場合は、第３項に bn などと記述してください。なにもフラグを指定しない場合は、従来どおり - を記述してください。
COLORS-RYUDO Ver.2 の３体ポテンシャルフィッティングの有り・無しを clrd行で指定できるようしました
clrd行の最後に 3body と記述すると、Angleポテンシャルのエネルギーが、両翼原子間のCOLORSエネルギーの絶対値になります。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/10/10)

COLORS-RYUDO Ver.2 の計算結果から、各原子の電荷の変化を読み込むようになりました
log.rd の出力を読み込みます。 log.rd の書式は何度か変更されていますので、ご注意ください。現状で確実に対応しているのは New-RYUDO Ver.1.25 以降です。それ以前の場合は Ver.1.25 と書式が一致しているか確認してください。
現状で、原子番号が COLORS と New-RYUDO とで一致していないと、正常に読み込めない制限がありますのでご注意ください。この問題は、いずれ New-RYUDO 側の変更で対応する予定です。

・New-RYUKI(New-RYUGA) Ver.3 を更新しました(2009/10/3)

モデリングモード(New-RYUKI)で、.car ファイルを読み込む際の各種問題点を修正しました
データを正規変数に読み込み後に、加工用一時変数に写し忘れていたのが原因です。症状としては、Option-SetElement で各元素の原子数が表示されないことが上げられますが、その他にも深刻な問題が発生することもありますので、 .car ファイルの加工を行われる方は、現バージョンにアップデートしてください。

・RYUDO が更新されています(2009/9/19)

結合情報の参照規則を変更しました
従来は、'b'フラグを指定したポテンシャルがない場合、結合情報を考慮しない仕様になっていました。このため、'b'フラグのポテンシャルがない場合、他に'2'や'3'フラグのポテンシャルを記述しても無効になり、 '-'や'n'フラグは全組み合わせに掛かり、 Ewald法による静電相互作用も結合情報に関係なく全組み合わせに適用されていました。
今回から、結合情報が指定された場合（すなわち、 set.rd に bond部を記述するか、あるいは bonded行で外部の結合情報ファイルを指定する場合）、必ず結合情報を考慮するようにしました。
詳細は取扱説明書をご覧ください。

・New-RYUDO が更新されました(2009/9/19)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、COLORS 電荷適用後の電荷の総和チェックと調整方法を変更しました
以前は、Ewald法を使っていてかつ電荷freeの元素(nature)がある場合に限り、電荷の総和のチェックを行っていました。今回から、Ewald法を使っている場合は常に電荷の総和をチェックするようにしました。
電荷の総和が０でなかった場合、以前は「初期電荷自動調整機能」対象 nature（電荷free指定）の電荷を変更して対応するのみで、対象元素に属する原子が存在しない（＝対象元素に属する原子がすべて COLORS の電荷を適用する原子になっている）場合は調整できないのでエラーで停止していました（このため、nature 一つを電荷free にしたうえで、この nature に属する原子を少なくとも一つ以上 COLORS の電荷適用外にする必要がありました）。今回から、対象natureに属する原子が存在しない場合は、 COLORS の電荷を適用する原子全体で電荷を調整して対応するようにしました。今後はこの機能を利用することを前提に、最初から全原子に COLORS の電荷を適用する設定にすることをお勧めします。

（参考）
COLORS から出力される各原子の電荷は、出力ファイルにおけるデータの桁数が有限である以上、その総和が完全に０となることはほとんどありません。一方、Ewald法を用いた静電相互作用の計算には、全原子の電荷の総和が０であることが前提であり、このため何らかの方法で電荷を調整する必要があります。
もともと New-RYUDO には「初期電荷自動調整機能」が実装されているので、従来はこの機能を流用して対応してもらっていました。一方で、反応表現機能を併用する場合、計算中に原子の元素番号(atom)が変わることによって調整対象のnatureに属する原子が無くなってしまうことがあります。そこで今回、COLORS の電荷を適用する原子全体で電荷を調整し、系全体の電荷が０になるようにしました。機能としてはこの方法がより自然といえます。なお、本来の目的での「初期電荷自動調整機能」の利用も可能にするため、 COLORS 電荷適用後にこの調整を行う機能も残してあり、これが全COLORS電荷原子の調整に優先します。よって、何らかの目的があって「初期電荷自動調整機能」を利用したいのでない限り、基本的に全原子をCOLORS電荷適用にしてください。

※ New-RYUDO の反応表現機能は並列化コンパイル時でも動作します。

プログラムの構造上、反応の有無と原子間ポテンシャルは、別のループで計算しています。原子間ポテンシャルのループは複数のプロセスに分散させていますが、今のところ反応の有無の判定処理は分散させていないのでメインプロセスでのみ処理されます。この反応有無判定ループは def.rd の react部の行数に比例して重くなります。このため、多数の反応条件を指定している場合、並列化の効果が薄くなります。が、計算はできます。
反応表現機能を使っていても、やはり並列化した方が速くなりますので、複数の CPU が空いている場合は並列化をお勧めします。
注：ここで言う並列化（並列化コンパイル）とは、 defi.h の #define MULTICORE を 2 以上にして New-RYUDO をコンパイルすることです。

・New-RYUDO を更新しました(2009/9/16)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、pos.mdy をリネームして残すようにしました

・New-RYUDO を更新しました(2009/9/16)

COLORS-RYUDO Ver.2 の Angle ポテンシャルのエネルギー H フィッティング（３体の両端原子間のエネルギーをＨパラメータの値とする機能）について、 defi.h の #define CLRDANGL で機能あり・なしを変更できるようにしました
Ｈフィッティングの有無を変更するには、上述の #define CLRDANGL において０か１に変更してください。１で有り、０で無しになります。変更後は再コンパイルが必要です（あらかじめ make clean を実行してから、再度 make してください）。
デフォルトでは #define CLRDANGL 0 になっています。すなわち機能無しです。これは Ver.1.24u 以前と違いますのでご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/9/14)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、反応表現機能併用時の処理と、結合限定機能の処理に問題があったのを修正しました
・反応表現機能との併用で、モード３、９、１１～１６および－２～－４においては、確率条件を満たすだけで「反応処理が行われた」と判断して再フィッティングしてしまっていた問題を修正しました：この問題で、フィッティングが頻繁（ほぼ毎ステップ）に行われてしまうため、計算速度が低下していました。なお、反応が起きていないのに再フィッティングしても結果は同じなので、計算結果そのものには影響ありません。
・フィッティングを結合原子間に限定した場合、反応表現機能で結合が切れた原子間の再フィッティングが行われなかった問題を修正しました：この問題で、反応表現機能で結合が切れても、結合が切れる前のフィッティング状態が維持されてしまっていました。なお、反応表現機能を使っていない場合や、結合が生成する反応だけの場合は、計算結果に影響ありません。

・New-RYUDO を更新しました(2009/8/27)

COLORS-RYUDO Ver.2 の、フィッティングポテンシャルを結合原子間にのみ適用する機能について、各元素組み合わせごとに指定できるようにしました
従来とは def.rd の clrd部の書き方が異なっていますのでご注意ください（互換性がありません）。
clrd行については従来どおりですが、第５項（bondの記述）は無効になりました。
従属行について、単元素記述は従来どおりですが、元素組記述については１項目追加されました。
(例)　1　2　-　1.98[1/A]　2.54[A]　0.16[A]
ここで、第３項が追加された「フラグ項」です。
また、省略方法に変更があります。
マニュアルへの反映は後日になりますのでご注意ください。
※結合判定には pair 部にフラグ b のポテンシャルが必要です。(従来どおり)

・New-RYUDO を更新しました(2009/8/24)

COLORS-RYUDO Ver.2 のフィッティング結果の log.rd 出力で、 Dij の単位を[kcal/mol]、aij の単位を[Å]にしました。

・New-RYUDO を更新しました(2009/8/21)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、フィッティングポテンシャルの適用を、結合原子間限定か非限定かを切り替えられるようにしました
def.rd の clrd 行において、第５パラメータとして「bond」と記述すると、結合している原子間にのみ適用となります（それ以外の原子間は、通常の def.rd のポテンシャルが適用されます）。「bond」を記述しないと、全原子間に適用となります。
フィッティングポテンシャル適用関係のデバッグを行いました
以前の New-RYUDO では、初回のフィッティングポテンシャルが適用されなかったり、２回目以降の適用先が正しくなかった可能性があります。お手数ですが、今バージョンで計算し直してください。

・New-RYUGA(New-RYUKI) Ver.3 を更新しました(2009/8/18)

carファイルの読み込みに対応しました
New-RYUGA および New-RYUKI(New-RYUGA内モデリング機能)において、 car形式構造ファイルの読み込みに対応しました。
読み込み方法は、通常の構造データの読み込みと同じです。実際に読み込む際、ファイル末尾が「.car」であれば car形式であるとみなして処理しています。同じディレクトリに同名の.mdfファイルがあれば結合情報として読み込みます。
New-RYUGA の場合、Mode-Files で .car ファイルをクリックするだけで読み込むことが出来ます。
New-RYUKI の場合、Option-Load で .car ファイルをクリックして選択し Enter で決定すると新ページに読み込まれます。他の構造と統合するには、UnitePages 機能を利用してください。
元素や分子の識別方法などは rdcar に準じます。（!BIOSYM 行に各種オプションを指定できます。）
rdcar と同様に、空間群は P1 にのみ対応します。それ以外の空間群が指定されている場合は読み込むことが出来ません。
rdcar と同様に、読み込み原子数、元素識別数、分子識別数などに上限がありますのでご注意ください。現状デフォルトで10000原子、100元素、1000分子です。
PBCでない(クラスター)構造の場合、一辺100Åの立方体セルを仮定して読み込みます。

・8/30(日)に計画停電があります(2009/8/3)

・New-RYUDO を更新しました(2009/7/13)

反応表現機能モード'-2'において、結合している原子間にのみ作用するようにしました
結合を切断する反応であるのに、結合していない原子間も対象になっていたのを修正しました。
反応表現機能にモード'-3'と'-4'を追加しました
いずれも基本的にはモード'-1'と同様であり、結合情報を変更せずに、各原子の元素種のみを変更しますが、モード'-3'は結合していない原子間にのみ、モード'-4'は結合している原子間にのみ、適用される点が異なります。（モード'-1'は結合情報に関わらず、指定した２元素の原子間全てに適用されます。）

・akimail を代替機に変更しました(2009/7/12,13更新)

・New-RYUDO を更新しました(2009/7/10)

反応表現機能にモード１６を追加しました
モード３系（モード１３、１４、１５）の結合生成反応の一種で、結合生成によって５員環以下にならないように制限したモードです。したがって、結合生成によって６員環以上の環構造もしくは非環状になる場合にのみ反応が起こります。
なお、結合情報をたぐるループが入りますので、計算速度が著しく低下する可能性があります。ご注意ください。（モード１５までは、４結合テーブルが流用できたので、比較的高速に処理できていました。）

・New-RYUDO を更新しました(2009/7/2)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、結合している原子間にのみフィッティングポテンシャルを適用するようにしました
この変更は、下記のような結合生成過程および結合解離過程のシミュレーション高速化を想定してのものです。
- 結合生成過程
  １：分離状態（非結合性LJポテンシャルで表す、パラメータは固定）
  ↓　反応モード１（結合は生成しない）
  ２：接近過程（非結合性Morseポテンシャル、強力な引力を想定、パラメータ固定）
  ↓　反応モード３（結合生成）
  ３：結合状態（結合性Morseポテンシャル、COLORSフィッティング）
- 結合解離過程
  １：結合状態（結合性Morseポテンシャル、COLORSフィッティング）
  ↓　反応モード－１（新設、結合を維持したまま変化）
  ２：脱離過程（結合性Morseポテンシャル、βやや小・r0やや大で離れる力、 COLORSフィッティング）
  ↓　反応モード－２（新設・モード１０後継、結合を切断）
  ３：分離状態（非結合性LJポテンシャル、パラメータ固定）
（上述の「Morseポテンシャル」は「Emo+Eerが正時のBusingポテンシャル」を含みます）
注意：pair部に、COLORS対象原子間の結合性ポテンシャルが必要です。これは初回のALLOUTe2.csv参照時に、原子間距離が範囲外、または、Emo+EerがMorseとBusingの中間にあった場合、ポテンシャルをフィッティングできないため、代わりとして従来型ポテンシャルを使用するからです。この代用状態は、次回以降のALLOUTe2.csv参照においてフィッティングされたポテンシャルが割り当てられるまで続きます。
注意：上記の仕様のため、Ver.1.24mで実装した「def.rdに結合性ポテンシャルが無くても結合変数を確保する」という機能は削除されました。
注意：従来とはフィッティング規則が若干変更になっています。詳細はマニュアルを参照してください。
注意：反応があった場合、元素種が変更されているため、前回参照したALLOUTe2.csvからの再フィッティングを行います（log.rdにその旨出力されます）。
注意：反応後のxtal.mdy出力における元素種ソートは、デフォルトで無効になりました。有効にしたい場合は、 defi.h の #define CLRDSORT を 1 にしてコンパイルしてください。
反応表現機能において、モード－１と－２を新設しました
ともに、２原子が離れていった場合に起きる反応です。モード－１では結合を変更しません。モード－２では結合を切断します。いずれも、距離（および温度や圧力）に基づく確率計算を実施します。詳細はマニュアルを参照してください。
注意：モード－２が後継となるため、モード１０は廃止されました。

・RYUDO が更新されています(2009/6/27)

64bit Linux で正常に動作しない可能性があったのを修正しました
現状で特に問題が発生していたわけではありませんが、予防的にソースコードの不適切な箇所を修正しました。
メモリ節約型４結合テーブルの 65536 原子制限を、一部 64bit Linux などでは解除するようにしました
具体的には、long 型変数が４バイトを超えるコンパイラでこの原子数上限が解除されます。
（最近の 64bit Linux の gcc では long 型が８バイトになっています。この場合上限は 4294967296 個になります。）

・New-RYUDO を更新しました(2009/6/27)

64bit Linux で並列計算（マルチプロセスおよびクラスタリング）機能が正常に動作しないことがあったのを修正しました
しかしまだ完全でないかもしれませんので、もしまた何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。
COLORS-RYUDO (Ver.1/Ver.2) に原子数上限のチェック機能をつけました
32bit Linux ではプログラムの構造的に 65536 個の制限がありました。従来はチェックしていなかったので、もし 65536 個を超える系で COLORS-RYUDO を使用すると、プログラムが落ちたり、異常動作する可能性がありました。今回から 65536 個を超えている場合は、原子数上限を超えている旨表示して終了するようにしました。
ただし、そもそも一万原子以上というのは、 COLORS-RYUDO の設計時の想定を超えていますので、上記以外の問題が発生する可能性があります。ご注意ください。

・New-RYUDO を更新しました(2009/6/23)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、 range行記述によるCOLORS禁止期間の設定が逆になっていたのを修正しました
本来の動作は、計算中にCOLORSを呼び出した場合、その後「COLORS呼び出し間隔」の期間はrangeの判定を行わず、よってCOLORSを呼び出さないというものです。問題は、この期間の判定が逆になっていたために、前回COLORS呼び出し後、「COLORS呼び出し間隔」期間のみ rangeの判定を行うようになっていました。このため、前回COLORS呼び出し後、「COLORS呼び出し間隔」を過ぎてしまうとrangeの判定が行われず、よってCOLORSを呼び出さなくなっていました。この問題があるのは、Ver.1.24h～lです。今回この問題を修正し、正常に動作するようにしました。
COLORS-RYUDOと反応表現を共に有効にした場合、結合情報変数を必ず確保するようにしました
従来は、def.rdに結合性ポテンシャル（フラグがb）が存在しない場合、計算中に結合情報を参照する必要がないため、結合情報用の変数を確保していませんでした。このとき、もし反応表現機能で結合情報を変更しようとすると、確保されていない変数にアクセスするためエラーになります。通常、結合情報が必要な場合は、結合性ポテンシャルも存在するため、このような問題は発生しないはずですが、COLORS-RYUDO 機能を使う場合は結合情報に関係なく指定したポテンシャルがかかるため、たとえば単に視覚化のためだけに結合情報を利用しようとした場合に、反応表現機能で結合情報を変更するとエラーになっていました。今回、COLORS-RYUDO(Ver.1,2とも)と反応表現機能（２体または３体）を共に有効にしてNew-RYUDOをコンパイルし、 def.rdで反応表現を使用する設定にした場合は、結合性ポテンシャルの有無にかかわらず結合情報変数を確保するようにしました。

・New-RYUDO を更新しました(2009/6/19)

COLORS-RYUDO Ver.2 において、Angleポテンシャルのエネルギーを、 ALLOUTe.csv の両端原子間のエネルギーで置き換えるようにしました
Angleポテンシャルがかかる３原子において、中心および両端原子が全てCOLORS対象である場合、両端原子間の Emo+Eer 値を、 Angle ポテンシャルのエネルギー（H パラメータ）と見なすようにしました。
ただし、現状で Emo+Eer が正の場合にのみ対応し、負の場合は H = 0.0 とします。
ALLOUTe.csv に両端原子間のエネルギーが出力されていない場合、前回 ALLOUTe.csv を参照したときのエネルギーが維持されます。また、計算開始時から一度も参照されていない場合は、H = 0.0 になります。

・rdcar が更新されています(2009/6/19)

単斜晶対応機能をデバッグしました
以前の rdcar は単斜晶（セルの角度が一つだけ９０度以外）対応としていましたが、部分座標化する際の処理にバグがあったために正常に変換できていませんでした。ご注意ください。
三斜晶に対応しました
今回より三斜晶（セルの角度は全て９０度以外）に対応しました。

・strana を更新しました(2009/6/18)

度数分布出力機能を追加しました
実行時の書式は下記の通り。従来の引数に度数分布用のパラメータが追加されます。
追加された引数の意味は下記の通り。
データ数が大きくなりすぎないよう、精度の設定にご注意ください。
度数分布のデータはカレントディレクトリにファイルで出力されます。距離の場合 salen2.dat、角度の場合 saang2.dat というファイル名になります。同名の既存ファイルは上書きされますのでご注意ください。
（従来の解析結果（組合せごとの値の詳細）も同時に出力されます。距離の場合 salen1.dat、角度の場合 saang1.dat というファイル名になります。同名の既存ファイルは上書きされますのでご注意ください。）
（上述の度数分布用追加三項（[start]～[figs]）を記述しない場合、従来どおり各原子組合せごとの値のみ出力します。ただし画面にではなく、ファイルに出力されます（後述）。）
結果を全てファイルに保存するようにしました
今回より度数分布の出力が加わったため、従来の各組合せごとの値についても、ファイルに出力するようにしました。従来のように画面には出力されませんのでご注意ください。
各ファイルはカレントディレクトリに出力されます。もしカレントディレクトリに同名のファイルがあった場合は上書きされます。

・strana を更新しました(2009/6/17)

斜めセル（単斜晶および三斜晶）に対応しました

・strana を更新しました(2009/6/17)

出力に原子番号を付けるようにしました
二原子間距離の場合、一行に、原子番号１、原子番号２、距離[Å]、の３項が出力されます。
三原子間角度の場合、一行に、原子番号１、原子番号２、原子番号３、角度[°]、の４項が出力されます。ここで原子番号２が中心原子です。

・strana を公開しました(2009/6/15)

コンパイルには math ライブラリが必要です
(例) gcc strana.c -o strana -lm
２原子間距離の解析
strana [filename] [elem1] [elem2] [limit]
引数は、rstファイル名、元素種番号1、元素種番号2、上限距離、です。
指定された元素組み合わせで上限距離以下のすべての距離が画面に出力されます。
３原子間角度の解析
strana [filename] [elem1] [elem2] [elem3] [limit]
引数は、rstファイル名、元素種番号1、元素種番号2、元素種番号3、上限距離、です。
元素種番号2が中心です。
元素種番号1と元素種番号2の距離が上限距離以下で、かつ、元素種番号2と元素種番号3の距離が上限距離以下の場合のすべてで、原子間の角度が画面に出力されます。
現状で直方体セルにのみ対応しています
需要があれば斜めセルにも対応できます。

・RYUDO の def.rd のポテンシャル記述（pair部など）において、フラグ指定にご注意ください。Ver.1.24系以前では、 pair 部、trio 部、quad 部、tetra 部それぞれにおいて、フラグ「b」を指定したポテンシャルが無い場合、結合情報が無効になります。 Ewald 法は pair部の b フラグの有無の影響を受けます。たとえば、2体ポテンシャル (pair部) において、フラグ「b」のポテンシャルが無い場合、フラグ「2」「3」「23」のポテンシャルは無効になり、「-」はすべての原子間に掛かります(結合鎖の遠近が考慮されません）。同様に「n」や「01」、「012」なども、すべての原子間に掛かります。「1」「12」は「123」「m」と同等になります（同一分子内ならば全て掛かる）。なお、フラグ「a」と「0123」は問題ありません（もともと結合情報に関係なく掛けるという意味なので）。同様に「o」と「0」も問題ありません（「異なる分子間」＝「もともと結合情報がつながっていない」）。詳細は取扱説明書を参照してください。(2009/10/1)
・New-RYUDO の Windows版を akinas9 に上げておきました。 lab アカウントの akilab/ryudos/Win/ryudo119a.exe です。オプション（拡張機能）類は、通常の New-RYUDO と同じですが、 Tersoff と Brenner は外しています。なお、Windows 版ですので、入出力のテキストファイルの改行コードは Linux と異なり、CR+LF になっています。ご注意ください。(2008/1/19)
・New-RYUDO の Windows版クラスタリング Slave を akinas9 に上げておきました。 lab アカウントの akilab/ryudos/Win/slave-ryudo119a.exe です。バージョンは名前の通り 1.19a です。興味のある方はぜひお試しください。なお、Tersoff と Brenner は外しています。 (2008/1/18)
・E401号室の入り口前に傘を置かないでください。二日連続で傘に入室を邪魔されました。過去にも複数回ありました。残念ながら当方は大変不愉快に感じました。当方がE401号室に居てほしくない人の嫌がらせでしょうか？。そうであればもう二度とE401号室には来ませんので、直接その旨お知らせください。逆に、単に気づかずに置いてしまったというのであれば、思考の次元が違いすぎます。そのような方の近くで仕事をするのは困難なので、別途お知らせください。当方が自主的に退去します。以上、よろしくお願いします。

これ以外（以前）の情報については、プログラム関係は My Program Information を、その他は Past Announcements を、それぞれ参照してください。（RYUGA Ver.3.00 のみ、この下にあります。)

・RYUGA Ver.3 が更新されています(2009/6/10)

現在のページの構造出力に set.rd 形式を追加しました
従来は rst 形式（座標のみ）のみでしたが、今回から set.rd 形式（座標＋速度）も出力できるようにしました。
これにより、RYUDO の計算結果の途中を抜き出して次の計算をする場合、初期速度がその構造に適したものになるため、次計算が安定します。（逆に、rst 形式で抜き出して rdset したものは、初期速度が完全にランダムなので不安定になりやすいです。）
現在表示しているページの構造をファイルに出力するには、「Mode」-「Files」の「OutputSet」、「OutputSet.nb」、「OutputRst」、「OutputRst.nb」、のいずれかを選択してください。
なお、今バージョンより、 RYUGA は vel.rd (および vel2.rd) を読み込みますので、 RYUDO で計算する際には vel.rd を出力するようにしてください。
現在のページの構造出力で、欠陥フラグに対応しました
従来、各原子のフラグについては、プロトンフラグのみ反映していました。
今回から、欠陥フラグも出力するようにしました。
なお、その他のフラグ（出現、固定など）には現在も対応していません。

・RYUGA Ver.3 が更新されています(2009/6/3)

Target 機能において、def.rd の atom部で index部との関連を変更した結果が反映されていなかった問題を修正しました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/5/29)

マスクラウドプロット表示の色を変更できるようにしました
マスクラウドプロット表示中に、メニューの「Option」→「MassClo.Color」を選択するたびに、「赤→青表示」、「白黒表示」、「赤グラデーション」の３種類が順に切り替わります。「白黒表示」では背景色によって上下が逆転します。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/5/20)

New-RYUDO の専用モンテカルロ計算結果に対応しました
通常の New-RYUDO の読み込み方法で、専用モンテカルロ計算の結果を読み込むことができます。出力ページ数が予定通りにはならないため警告が表示されますが、そのまま視覚化して大丈夫です（これは、各ステップの試行採択状況により、必ずしもページ数＝ステップ数／出力間隔とはならないため）。
マスクラウドプロットも表示できます（計算ディレクトリにmasscp.rd が出力されている場合）。メニューの「Option」→「MassCloudPlot」で、マスクラウドプロット表示にする分子番号の開始値を入力してください（たとえば分子番号１番以降をマスクラウドプロットにする時は１を入力）。マスクラウドプロット表示を止める場合は、０を入力してください。現状で、[kJ/mol]単位で集計して、もっとも出現回数の多いエネルギーを中心値とし、上下 7[kJ/mol] までレベルメーター表示します。中心値+7[kJ/mol]よりも高いプロットは表示しません。中心値-7[kJ/mol]よりも低いプロットは全て中心値-7[kJ/mol]と同じ色で表示します。

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2009/3/2)

構造ファイルの読み込みで、MONTAの.xyz型式に対応しました
Mode-Filesの画面において、.xyzファイルを右クリックすると、 MONTAの構造ファイルとして読みこみます(拡張子で識別)。
基材(fixed)の元素名には自動的に_bがついて、吸着分子の同名元素とは識別されます。
現在は特別な仕様のため、吸着分子の９番目以降の元素名には自動的に_cがついて、８番目以前と識別されます。これはfile.cの275行で変更できます。
New-RYUGAのモデリング機能(New-RYUKI)でもこの読み込み機能が利用できます。

・RYUGA Ver.3 が更新されています(2009/2/10)

RYUDO の pos2.rd が仕様変更したのに対応しました
周期境界条件なしの計算で部分座標が負になったときに原子が遠方に飛んで表示されてしまう問題が改善されます。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/1/31)

Target機能のファイル出力で３原子間角度が異常になっていたのを修正しました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/1/29)

New-RYUGAからNew-RYUKIに構造を渡す際、結合情報が一部失われることがある問題を修正しました
（「New-RYUGAからNew-RYUKIに構造を渡す」とは、 New-RYUGAで視覚化中、現在のページを使ってモデリング作業を行うために、メニューの「$:Modeling」を選択してNew-RYUKIモードに入ることです。）
モデリング機能(New-RYUKI)のメニュー構成を一部変更しました
例えば、背景色の変更「BackgroundSW」が「Option」の中に移動しました。
モデリング機能(New-RYUKI)からTarget機能を設定できるようにしました
Optionの中の「k:SetTarget」を選択してください。
ただし現在は暫定的な対応になっています。このためTarget機能を掛けたまま、ページを切り替え(Undo)したり、当該原子を削除したり、新規モデルを読み込んだり、新規ページを作成したりしないでください。また、Target機能のメニューにFileOutが表示されますが、選択しないでください。いずれも誤作動して異常終了することがあります（作業内容が失われます）。
モデリング機能(New-RYUKI)において、原子を右ドラッグで移動させた直後にマウスのスクロールホイールを操作すると、そのときのマウスカーソルの位置に原子が飛んでしまうことがある問題を修正しました
モデリング機能(New-RYUKI)において、各原子のラベル機能を変更しました
デフォルトで分子番号であるのはそのままですが、メニュー操作でこれをOFFにするだけでなく、原子番号に変更することもできるようにしました。
メニューの「$:AtomLabelSW」を選択するたびに、 OFF→原子番号→分子番号→OFF の順に変化します。

・RYUGA Ver.3 が更新されました(2009/1/28)

Target機能にファイル出力機能を追加しました
Target機能は、指定した任意の原子の属性や、２原子間距離、３原子間角度、４原子間ねじれ角を随時画面に表示する機能です。
今回このうち、２原子間距離、３原子間角度、４原子間ねじれ角について、時間履歴（各ページにおける値の連続）を出力できるようにしました。
使用方法（Target機能そのものの使用方法込み）
- メニューの Setting - Target を選択し、スペースキーで２原子表示状態、３原子表示状態、または４原子表示状態に切り替えてください。
- タブ(TAB)キーを使って１原子目～４原子目を切り替えながら、画面上で目的の原子の中心位置を左クリックして選択してください。
  ＃必要な原子を全て指定してください。例えば、選択枠が３原子分あるのに２原子しか指定されていない場合は、ファイルに出力されません。
  ＃原子を重複して指定しないでください。例えば３原子間角度を算出するため３原子分指定する際、１原子目と３原子目を同じ原子にしてしまうと、ファイルに出力されません。
- メニューの「u:FileOut」を選択してください。
  ２原子表示状態の場合は２原子間距離、３原子表時状態の場合は３原子間角度、４原子表時状態の場合は４原子間ねじれ角が出力されます。いずれにしてもただちにファイルに出力され、すぐに戻ってきます。もし上記の問題などで出力できなかった場合は、RYUGAを起動した画面（ターミナル、コンソール）にエラーが表示されます。
出力ファイル名は「target.dat」になります。第１行に以下の行の各項目の説明文が出力されます。第２行以降、１行１ページとして、行頭に計算step数、タブ(TAB)で区切って上記の計算値が出力されます。計算値の説明として、原子番号をハイフン(-)でつないだ物が第１行に出力されます。
出力は複数回実施できます： Target機能メニューのFileOutを選択するたび、 target.datの各行末に項目が追加されます。ただしデフォルトで１行あたり1023文字が上限です：１項目あたりおよそ16文字なので、64項が実質的な上限となります。これ以上長くなると RYUGA が誤作動しますのでご注意ください。
計算結果のディレクトリに既存(以前 RYUGAで出力)の target.dat があった場合、 FileOut すると、やはり同様に各行末に追加されます。既存の結果は削除されませんので、ご注意ください。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/1/27)

フォントと初期画面サイズを外部ファイルで指定できるようにしました
RYUGA 起動時に、ホームディレクトリ（miuraアカウントの場合は/home/miura/）を参照し、.ryuga ファイルを読み込みます。１行１属性で以下の指定が記述できます。
例
注：font1 と font2 には同じ幅の等幅フォントを指定してください。プロポーショナルフォントや、font1とfont2で幅の異なるフォントを指定すると RYUGA が誤作動することがあります。
Mode - Files で、実行属性のついたファイル (ファイル名末尾にアスタリスク*がついたファイル）を構造データとして読み込み（右クリック）できるようにしました
New-RYUDO の計算開始時電荷自動調整機能 (def.rdで電荷にfreeを指定) への対応を改良しました
各原子の電荷を表示した際に、以前は 0.000 と表示するだけでしたが、今回は cnd.rd を読み込んで実際の電荷を表示するようにしました。さらにこのとき実線枠で囲んで、通常指定の電荷と区別できるようにしました。
モデリング機能(New-RYUKI)での選択原子の表示方法(赤輪郭)を実線から点線に変更しました
これに伴い、r-Flag(プロトンフラグ兼結晶子単位運動緩和フラグ)の表示方法を常時赤実線(New-RYUGAと同等)にしました。
モデリング機能(New-RYUKI)に r-Flag (プロトンフラグ兼結晶子単位運動緩和フラグ)の全ON および全OFF 機能を追加しました
以前は、選択した複数の原子について ONのものはOFFに、OFFのものはONにする機能のみ実装していました。今回の全ONでは、選択した複数の原子について、その原子の状態(ON/OFF)にかかわらず、すべてONにします。同様に全OFFではすべてOFFにします。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2009/1/23)

モデリング機能(New-RYUKI)にプロトンフラグのON/OFF機能を追加しました
プロトンフラグ（兼、結晶子単位運動機能における緩和フラグ）を操作したい原子を選択してから、 Optionの第２メニューにある「f:ProtonFlag」を選択すると、その原子のプロトンフラグの有効/無効が切り替わります。なお、フラグ付きの原子は視覚化解析時(New-RYUGA)と同様に赤枠付きで表示されますが、これはモデリング中(New-RYUKI)での選択原子と共通で若干見にくいです。今後改善する予定ではありますが、ご注意ください。
RYUDO の計算開始時電荷自動調整機能に対応しました
RYUDO の def.rd の各元素の電荷指定において、一元素だけ free にして自動的に残電荷を負わせることができますが、この結果を RYUGA で読み込むと、各原子の電荷を画面上に表示させたときに free の原子には異常な数値が表示されることがありました。今回これを仮に 0.000 と表示するようにしましたのでご注意ください。実際の電荷は RYUDO の出力で確認してください。

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2008/11/29)

モデリング機能(New-RYUKI)に、軸方向複製機能を追加しました
環状複製機能と合わせて使用することで、分子を筒状に配置することが出来ます。詳細は最新マニュアルの２．１８節を参照してください。
New-RYUKIマニュアルを更新しました(Ver.5)

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2008/11/12)

結合情報を bondon.dat 形式から読み込む際に、結合数０の原子のところで止まっていた問題を修正しました

・New-RYUGA Ver.3 を更新しました(2008/11/10)

Target 機能でカーソルの移動（TABキー）に問題があったのを修正しました
最終項を越えたときに、画面上に無いもう一つの項目まで移動していたのを修正しました。
モデリング機能(New-RYUKI)に分子環状配置機能を追加しました
選択した分子を、セルの中心から環状に並べて複製することが出来ます。
この機能を使用するには、メニュー「Option」-「CylinDuplic」を選択し、環状に配する分子数（＝オリジナル＋複製数）を入力してください。
分子一つだけ丸ごと選択した場合は、分子番号が自動的に増えます。

・RYUGA Ver.3 が更新されています(2008/10/4)

ファイル読み込み時にリンク先ディレクトリにも移動できるようになりました
箱形表示機能を追加しました
詳細はマニュアル(NewRYUKI3-4.pdf)の末尾（４．１節）に

・New-RYUGA Ver.3 開発版を更新しました(2008/9/2)

モデリング機能(New-RYUKI)に下記の機能変更・追加を行いました
* 構造データ保存時に任意のディレクトリに任意の名称で保存
* モデリング中に外部ファイルを読込（次ページに保存）
* ページ機能（Undo機能）を使い、複数のモデルを一つに統合
* 複数の元素種番号or分子番号を指定して一括選択
* 複数の元素種番号or分子番号を一括して付け替え
* 単位結晶構造作成機能に岩塩(NaCl)を追加
* メニューを整理、保存・終了を分割、終了時にY/N確認追加
* 範囲選択中or結合指定中(Shiftキーを押して左ドラッグ)および原子(分子)移動・回転中の動作速度を改善
* 原子削除機能を安全化(Shift+DELキー、もしくはメニューを右クリック)
* セル枠の拡大機能(EnlargeFrame)に、収縮機能と３方向数値直接指定機能を追加
* 新規ページ作成機能を追加
詳細はマニュアル(NewRYUKI3-3.pdf)を参照してください。

・New-RYUGA Ver.3.00 開発版を更新しました(2008/8/22)

分子番号と分子内番号が、上限32767までになっていたのを、 RYUDO と同様の65535までにしました。
COLORSの計算結果を読み込んで、ラベル表示（元素名、電荷など）を行った際に、電荷の次＝無表示にしようとすると、 RYUGAが落ちることがあったのを修正しました。
モデリング機能(New-RYUKI)に下記の機能を追加しました。
* 保存終了時、任意のファイル名で保存（ただしディレクトリ固定）
* 分子情報に基づく結合情報の出力と分子内番号の自動付与
* bcc、fcc構造の作成（ただし初期状態でのみ）
* 構造の拡張（複製コピーによる結晶構造の整数倍化）
* セル枠の拡大（空間生成）
* セルのリサイズ（構造全体の伸縮）
* Undo機能（一部）
* モデル作成中の1000原子上限を撤廃（編集領域を自動で追加）
（保存、構造生成、Undoについては、後日仕様を変更する可能性があります）

・New-RYUGA Ver.3 が更新されています(2008/8/4)

モデリング機能で、元素種類を番号のキー入力で指定した際に、実際には入力した数字から一つずれてしまう問題を修正しました

・New-RYUGA Ver.3 が更新されています(2008/7/28)

モデリング機能を正式実装しました
詳細は説明書(NewRYUKI3.pdf)を参照してください。
一部に暫定的な機能があり、今後変更されますのでご注意ください。
Fastモードの表示上のずれを修正しました

・RYUGA Ver.3.00 が更新されました(2008/5/17)

特定の分子だけを視覚化できるようにしました
set.rd の分子番号（part部各行第２項）に基づき、任意の分子だけを表示する機能を実装しました。
メニューの Option-MoleculeView で目的の分子番号を指定してください。分子番号は１以上の整数です。０を指定すると分子制限が解除され、通常の表示に戻ります。
なお、分子表示状態でも、分子番号０の原子は常に表示されます。これで基板と特定分子だけの視覚化ができます。

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2008/2/27)

set.rd の結合情報( bond 部)が順不同もしくは間引きされていた場合に、 .rst ファイル出力（通常）の bond 部が set.rd のものと違ってしまう問題があったのを修正しました

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2008/2/14)

set.rd（もしくは .rstファイル）に結合情報を含めた場合に、これを正しく読み込めていなかった問題点を改善しました
この問題は開発 Ver.49～50 にありました。 Ver.48 以前では正常に読めていると思いますが、もともとソースコード中に結合数の潜在的な上限（８個）があるので、結合数が多い系を視覚化する場合は、今回の Ver.51 以降をお使いください。

・New-RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2008/2/11)

現在ページの構造を、変化した結合情報を含めて .rst ファイルに出力する機能を追加しました
この機能を使うには、メニューの「Files - OutputRST-B」を選択してください。従来の「Files - OutputRST」では、bond部は set.rd の記述をそのままコピーしていました（その代わりとして、変化した結合情報は bond?.rd (?はページ番号)に出力していました）。今回の「Files - OutputRST-B」では、分子内番号の項を利用して全原子に通し番号を付け、この通し番号に基づいた結合情報を bond 部に出力します（さらに、分子番号は全て 0 になります。したがって、これら bond 部および各原子の分子番号・分子内番号は set.rd とは異なることがあります）。なお、結合情報を使用していない計算結果においても、「Files - OutputRST-B」で出力すると通し番号が付与されますので、構造データを手作業で編集するのに役立つかもしれません。
COLORS の計算結果の読み込みに問題があったのを修正しました

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2008/2/11)

現在ページの .rst ファイルへの出力機能において、 elem 部に質量と電荷も出力するようにしました
Ver.49 で結合情報の内部処理を変更したために、 .rst ファイル出力において、bond 部の結合情報が正しく出力されなくなっていたのを修正しました

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2008/2/10)

Target機能を追加しました
目標原子を１～４個指定できます。初期は1個で、目標原子の詳細情報（座標情報と結合情報を含む）を表示します。スペースキーで指定できる原子数を２個３個４個と増やすことができます（４個の次は１個に戻ります）（実際に原子を指定するには、画面に表示されている原子の中心位置を左クリックしてください。２個以上指定できる状態のときは、TABキーで登録箇所を変えてください）。指定数が２個および３個のときは、各原子について詳細情報（座標情報を含む）が表示されるほか、 1-2原子間距離（および2-3原子間距離）も間に表示されます。３個のときは最下に1-2-3原子間角度も表示されます。４個のときは各原子の詳細情報のほかに、1-2原子間距離、2-3原子間距離、 3-4原子間距離、1-2-3原子間角度、2-3-4原子間角度、および 1-2-3-4原子によるねじれ角も表示します。なお、設定中は、原子以外のところでドラッグすると、系の回転移動が可能です。
ページ数表示に計算step数表示を追加しました
拡張表示時に軌跡線表示を行うと異常終了する問題を修正しました
拡張表示とは、基本計算セルを x/y/z 各方向に複製延長して視覚化する機能です（メニュー Extention で設定）。なお、軌跡線表示時に拡張表示の設定を変更すると、自動的に軌跡線表示を外すようにしましたので、必要に応じて再度設定してください。
defi.h の BONDS を変更するだけで結合情報の上限数を増やすことができるようにしました
以前の RYUGA Ver.3.00 では、 BONDS の数字を増やしても変数の大きさが増えるのみで、実際にファイルを読み取る部分では最大数が固定されていました。今回これを、ファイル（ set.rd の bond 部またはその他結合情報ファイル）にあるだけ読み込むように変更しました（もし BONDS を越える結合情報があった場合はエラーを表示します）。
Option メニューに PBC-AllOff を追加しました

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2008/2/7)

RYUDO Ver.1.20 以降の pos2.rd に対応しました
より微細な座標変化を表現できます（大きなセルサイズや、微細な運動を可視化する際に違いが出ます）。
なお、pos2.rd がない場合は従来と同様に動作しますので、これまで通り Ver.1.19以前の RYUDO も可視化できます。

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2007/12/8)

元素種数が多く、軌跡線表示設定のリスト表示が複数列になる場合において、２列目以降では、クリックしてもカーソルが移動するだけで、項目内容が変化しなかった問題を修正しました。（その状態でメニューをクリックすれば変化していました）

・New-RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/10/29)

Ver.44で追加した各原子平均被力の視覚化機能について、色変更の希望がありましたので対応しました。

・New-RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/10/9)

開発Ver.44において、各原子平均被力出力していない計算結果を読み込ませた場合にエラーになっていた問題を修正しました。
それ以外の変更はありません。各原子平均被力出力を使わない方には、Ver.43と全く同じものです。（デバッグなどもありません）
ソースコードはryuga300-45.tgzを参照してください。

・New-RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/10/6)

New-RYUDO の各原子平均被力出力(avf.rd)の読み込み視覚化に対応しました。
メニューの Switch - AtomColor で A-Force に切り替えると表示できます（このメニューは他に電荷表示の切替にも使われていますので、何回かクリックしてA-Force（テキストエリア最下行に表示）にしてください）。グラデーションの下限は0N、上限は1nN（デフォルト）です。上限値は Option - A-ForceVal で変更できます（N単位で入力）。
注意：0ページ目には平均被力値がないので視覚化はできません（代わりに通常表示となります）。 def.rd の設定（pos.rdの出力間隔とavf.rdの出力間隔）によってはさらに先のページまで視覚化されませんのでご注意ください。
注意：pos.rd と avf.rd の出力間隔が違う場合、 RYUGA で見ているページの当該stepより前のstepの平均被力値が視覚化されます。たとえば、pos.rd を 100 step おきに出力し、 avf.rd を 5000 step おきに出力した場合、 RYUGA で 50～99ページ目(=5000～9900step)の表示中は、 avf.rd の 1ページ目(=1～5000stepの平均値)が視覚化されます。同様に 100～149ページ目(=10000～14900step)では、 avf.rd の 2ページ目(=5001～10000stepの平均値)が視覚化されます。なお上述の通り、0～49ページ目(=0～4900step)においては平均被力情報がないため、通常表示になります。
注意：原子の表示方法は、平面（５番）以下にしてください。立体的な表示方法（６番および７番）の時は、平均被力値が視覚化されません。（これは電荷の視覚化と同じです）
ソースコードはryuga300-44.tgzを参照してください。

・RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/6/27)

欠陥表示状態「Defect」を情報行に表示するようにしました。
セル枠(Border Line)をOn/Offできるようにしました。 w:Switch - o:BorderLine で切り替えできます。

・RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/6/25)

log.rd の無い計算結果を読み込ませようとしたときに、エラーで止まってしまう問題を改善しました。

・RYUGA Ver.3.00 を更新しました(2007/6/24)

プロトン伝導計算結果の視覚化について、下記の機能を追加しました。
- プロトンフラグ付き原子の赤縁表示（従来）に加えて、原子表示そのものをプロトンフラグの有無でON/OFFできるようにしました： w:Switch - p:ProtonF で「赤縁→表示→無効」の順に切り替え
- 軌跡線表示におけるプロトンフラグ限定機能を拡張し、プロトン転移時も赤線でつなぐようにしました（従来は転移軌跡は表示できなかった）： e:Setting - t:Trajectory - p:ProtonF で、プロトンフラグ付き限定のON/OFF切り替え（従来とはメニュー位置が異なるので注意）
軌跡線表示機能の各元素ごとの設定で、線種(Style)と原子(Atom)No.の設定を有効にしました（従来は暫定無効）。また、この線種に「none」（表示しない）を加えました。なお、「Flag」項は不要になったので削除されました。
マウスのスクロールホイール回転で表示スケールを変更できるようにしました。

・New-RYUGA Ver.3.00(暫定版)を更新しました(2007/4/20)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2006/7/25)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2006/6/22)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2006/6/21)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2006/6/20)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されています(2006/6/15)

注意：

・RYUGA 3.00 が更新されています(2006/6/9)

Ver.3.00-35 になりました。固定表示（１～６の直角方向）から自由方向に切り替える際、 A,S,D,Z,X,Cキーを使用して回転させると、初回に間違った方向に回ってしまう事がある問題が修正されています。
・RYUGA 3.00 が更新されました(2006/4/20)

Mode - File - OutputDef で、ryuga.def が出力されます。これには、各元素の名称・色・半径・表示方法・結合の有無 (Setting - Element で設定するもの）のほか、元素の組合せごとの結合距離(Setting - BondLength で設定するもの)も保存されます。この ryuga.def は、計算結果を読み込むときに、同じディレクトリにあれば自動的に読み込まれます。

pos.rdの読み込み進捗状況を緑色のレベルバーで画面最上段に表示するようにしました。

画面上部のテキスト表示エリアに、現在表示しているページのセルサイズ(x, y, z)を表示するようにしました。単位はpmです。

計算結果のディレクトリにaxs.rdがあれば、軸長は優先的にこちらから読み込みます。これにより、val.rdの出力間隔を pos.rdとは独立して考えることができるようになりました。

旧版RYUGAと同様に、描画領域右下に矢印（的なもの）で、 x, y, zの各方向を示しようにしました。奥行き方向について、手前に向かう場合は実線、奥に向かう場合は点線、というのも旧版と同様です。

切り替えの煩雑さを解消するため、アイボリーを削除しました。かつてブラウン管モニターだった頃は、白はまぶしすぎたので、アイボリーが効果的だったのですが、近年主流の液晶モニターならば純白でも大丈夫なようですので、印刷時のミスを防ぐ（アイボリーのまま印刷すると背景が黄色がかってしまう）ためにも、背景色を黒と白のみの切り替えとしました。

・RYUGA 3.00 が更新されました(2006/3/31)

・RYUGA 3.00 が更新されました(2006/3/20)

現在表示しているページの構造データを rst形式で出力できるようにしました。メニューの Mode - File - OutputRST を選択してください。構造データが page?.rst というファイル名で出力されます(?はページ番号)。同時に、結合情報も bond?.rd というファイル名で出力されます (内容は bnd.rd と同じ書式)。
- 出力された rstファイル中の質量は -1.00 になっています。 rdset を通す前に適切な質量値に書き換えてください。
- 出力された rstファイル中の bond部は、視覚化している計算結果の set.rd 中の bond部と同じです。反応表現機能やプロトン伝導機能などで結合が切り変わった結果は反映されていませんのでご注意ください。（代わりに bond?.rd を使ってください。）
- bond?.rd は視覚化している計算結果の種類に関わらず出力されます。結合情報を使っていない計算結果でも出力されてしまいますが、もちろんその内容は無意味ですので、破棄してください。
従来の RYUGA に類似した Fastモードを作成しました。スペースキーで Fastモードを ON/OFF できます。 Fastモードにすると、画面表示が一時的に簡略化されます。これは、複雑な表示設定をしながら、回転させて見やすい角度を探すときなどに便利です。
X on Windows 3 および Knnopix 3.9 において、表示方法を 0:def (デフォルトの意) に設定している元素が、通常(非Fast)モードにおいて表示されない症状が確認されました。 X on Windows 2 や、その他 TurboLinux8、TurboLinux10、 VineLinux3.2 などでは問題なく表示されていたので、原因が RYUGA にあるのか、OS (gcc) にあるのか、今のところわかっていません (プログラム内の変数代入に関する障害なので、 X-Windowシステムには依存しません)。現在とりあえずの対策を施して、この問題を回避していますが、実際のところ「なぜかこうしたらうまくいった」という方法なので、今後同様の問題が再び発生する可能性があります。ご注意ください。

・RYUGA Ver.3.00 が更新されました(2005/11/12)

・RYUGA Ver.3.00 が更新されました(2005/11/11)

・RYUGA 3.00 が更新されています(2005/6/12)

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