My Program Information (Molecular Simulation Software)

最終更新日(Last Update at)2009/10/1

Here, I will introduce the moleculer simulation programs that I have developd or revision or supervised.
( About recent update information, look at "Current Announcements" column in top page. )
Sorry, Japanese only here

ここでは私が開発、修正、あるいは監修した分子シミュレーション関連プログラムの情報を掲載しています。

重要：ここに書かれている情報は古いものです。2008年12月1日以降の更新情報についてはトップページの Current Announcements (公告) 欄を必ずご確認ください。

ご注意：
　下記の情報には宮本研開発ソフトウェアが含まれています。宮本研内においては自由に利用できますが、宮本研外においては別途契約が必要になる場合があります。
　また、New-RYUGA、New-RYUKI、New-RYUDO プログラムについては、（株）菱化システム様、およびペガサスソフトウェア（株）様より販売されていますので、ご参照ください。（これらは基本的に宮本研究室との共同研究という形でご利用いただくことになると思います。）
ご参考：新聞記事

ソフト一覧

New-RYUGA : 計算結果視覚化解析ソフト
W-RYUGA : 計算結果視覚化解析ソフト(Windows版)
New-RYUKI : 計算用初期構造作成支援ソフト
New-RYUDO : 古典分子動力学計算ソフト
MC-RYUDO : マルチセル分子動力学計算ソフト
outer/showr/upout/mouter : 分散処理制御プログラム
souter/kicout/retout : バックグラウンド版分散処理制御プログラム
hybrid : New-RYUDO / COLORS ハイブリッド計算プログラム
xtaldata2bondon : xtaldata.dat -> bondon.dat 結合情報自動生成プログラム
msp2rd : MSPORT計算結果->RYUDO計算結果変換プログラム（視覚化解析用）
proconal : New-RYUDO 用プロトン伝導表現計算解析プログラム
bndset : New-RYUDO 用 set.rd 結合情報組み込みプログラム
xsd2rst : xsdファイル -> rstファイル　変換プログラム
layfor : New-RYUDO 用層別被力解析プログラム
bndbnd : New-RYUDO 用結合情報統合プログラム
discal : New-RYUDO 用元素別平均移動量算出プログラム
atomsd : New-RYUDO 用各原子MSD＆移動度解析プログラム
lenang : New-RYUDO 用特定原子間距離or角度履歴算出プログラム
groset : New-RYUDO 用結晶成長（分子降下）モデル作成支援プログラム
msdxyz : New-RYUDO 用 x/y/z方向別MSD算出プログラム
retcar : New-RYUDO 計算結果返還プログラム
fft2def : FFtype 由来 def.rd 自動生成プログラム
extrst : 構造データ複製延長プログラム
rotmsd : New-RYUDO 用自転効果除去MSD算出プログラム
xtrades : New-RYUDO 用計算結果間引きプログラム
molesd : New-RYUDO 用分子別MSD算出プログラム
clrdset : New-RYUDO 用 COLORS-RYUDO計算条件設定ファイル自動生成プログラム

RYUDO付属ツール
rdset : 初期座標＆初期速度ファイル作成ツール
rdcar : car形式 -> rst形式変換ツール
rdmsp : MSPORT用 file05.dat bondon.dat 変換ツール
rd82t87 : 旧def.rd変換ツール
rdtxt : バイナリ計算結果テキスト変換ツール
rdend : end.rd -> set.rd 変換ツール
rdmov : end.rd 解析ツール
rdsum : 計算結果（履歴ファイル）統計解析ツール
rdrho : 構造データ（単斜晶->斜方晶）変換ツール
rduni : 構造データ統合ツール
rdext : 構造データ多重化ツール
rdect : 特殊 end.rd 修正ツール

New-RYUGA

New-RYUGA は宮本研の製品です。代理店を通じて販売中です。
動作環境は X-Window( Linux, astec-X, X on Windows など）です。
2007/3/14現在、Ver.60i が最新です。その後の開発は後述の新版(Ver.3.00)をベースに行っています。
宮本研内では New-RYUGA または RYUGA60 と呼称しています。ソースコードと説明書は ~/akilab/ryuga60/ にあります。コンパイルするときは、新しいディレクトリで tgz ファイルを展開し、そこで make コマンドを実行してください。元素数などを変更するため defi.h を書き換えて再コンパイルする際は、手作業ですべての *.o ファイルを削除してから make してください。

AVI（動画）ファイル作成Tips
　ここでは、New-RYUGAで動画を作成する方法とコツを紹介します。
・動画作成手順
・動画の速度について
・動画の圧縮について
更新情報
・New-RYUGA を更新しました(2007/3/14)
- Ver.1.11 以降の RYUDO の val.rd では、el-temp や el-msd が id-temp や id-msd に変更されていますが、これに対応させました。もちろん従来の el-temp や el-msd もそのまま読み込めます。
・(2004/10/8)
・(2004/8/25)
・(2004/5/13)
・(2004/3/4)
・(2004/2/6)
・akilabのRYUGA58以前を整理しました(2004/2/6)
RYUGAについて
RYUGA は、上記 New-RYUGA のベースになったプログラムで、当方の学生時代に開発を始めたものです。その後も私的に改良などを行っています。
・基本的な機能は New-RYUGA と同等ですが下記の違いがあります。
- 現在の COLORS には対応していません。古い COLORS でも、電荷や軌道の表示は出来ません。
- AVIファイルの作成は出来ません。
- Fast モードが有効です（ New-RYUGA では無効化されています）。通常時の描画も若干高速です（ New-RYUGA は常に True モードです）。
・詳細は、当方の個人情報サイトを参照してください。
・宮本研内では ~/akilab/ryuga2/ にソースコード等があります。
更新情報
Ver.2.56 (2006/4/19) : RYUDOのval.rdの書式変更に対応
Ver.2.55 (2004/5/13) : バグフィックスのみ
Ver.2.53 : RYUDO Ver.0.50 以降に正式対応
Ver.2.52 : AutoPage などで画面右下が欠ける問題を修正
RYUGA Ver.3.00 について
上記 RYUGA の新版として、現在個人的に開発しているものです。前版(Ver.2.56)とほぼ同等の機能を持ちます（予定）が、中身（ソースコード）は別物です。まだ説明書もなく、機能も不十分なので、暫定版としています。
・バージョンは Ver.3.00-00 のように'-'以降の追加番号で管理しています。開発 Ver.00 と表記することもあります。
・詳細については、当方個人のホームページにあります。
・宮本研究室内では、この RYUGA Ver.3.00 をベースに、新版の New-RYUGA(Ver.3.00)を開発中です。RYUGA Ver.3.00 に対する New-RYUGA Ver.3.00 の特徴は下記の通り（予定含む）
- 現在の COLORS の視覚化に対応
- New-RYUDO のプロトン伝導表現機能に対応
- New-RYUDO の反応表現機能に対応
- その他
・New-RYUGA Ver.3.00 は宮本研究室のソフトウェアです。現在販売中の New-RYUGA ( Ver.60i )にも添付されています。宮本研究室内では自由に使用できます。ソースコードなどは ~/akilab/ryuga3/ にあります。
・RYUGA Ver.3.00、New-RYUGA Ver.3.00 とも、更新情報は（暫定的に）すべてトップページの Current Announcements にあります。

W-RYUGA

W-RYUGA は宮本研のソフトです。現在は宮本研内専用です。対外公開については未定です。
Windows2000 および WindowsXP 上での動作を確認しています。
宮本研内で試してみたい方は、~/akilab/wryuga/ に exeファイルと説明書がありますので参照してください。

更新情報
・WRyuga の開発は停止しています
・WRyuga の新版をUPしました(2005/4/8)
・WRyugaのマニュアルを更新しました(2005/2/9)
・新版 WRyuga の説明書を上げました(2004/12/21)
・W-RYUGAを更新しました(2004/12/1)
・(2004/4/20)
・(2004/4/6)
・(2004/2/12)

New-RYUKI

New-RYUKI は宮本研の製品です。代理店を通じて販売中です。
2006/6/7現在、最新版は Ver.1.33c です。
動作環境は X-Window(Linux, astec-X, XonWindowsなど）です。
New-RYUKI は当方が学生時代に開発した RYUKI をベースにしています。 RYUKI については、当方個人のサイトを参照してください。
宮本研内では、New-RYUKI を単に RYUKI と呼称することがあります。ソースコードおよび説明書は ~akilab/ryuki/ にあります。コンパイルするときは、新しいディレクトリで tgz ファイルを展開し、そこで make コマンドを実行してください。元素数などを変更するため defi.h を書き換えて再コンパイルする際は、手作業ですべての *.o ファイルを削除してから make してください。

更新情報
・(2004/11/26)

New-RYUDO

New-RYUDO は宮本研の製品です。代理店を通じて販売中です。
動作環境は C言語をコンパイルできる一般的なコンピュータです。 UNIX環境(IRIX, Linux, X on Windowsなど）などのほか、 Visual C++などでコンパイルすれば MS-Windows でも稼働します。
New-RYUDO は当方が学生時代に開発した RYUDO をベースにしています。 RYUDO については、当方個人のサイトを参照してください。
宮本研内では New-RYUDO を単に RYUDO と呼称することがあります。
- ソースコードや説明書などは ~/akilab/ryudo/ にあります。
- コンパイルするときは、新しいディレクトリで tgzファイルを展開し、そこで make コマンドを実行してください。元素種数などを変更するために defi.h を書き変えて再コンパイルする際は、手作業ですべての *.o ファイルを削除してから make してください。
- 宮本研内では、New-RYUDO、Dual-RYUDO、RYUDO-CR、TriclRYUDO、 Tribosim(RYUDOベース版) を同一のソースコードに統合しています。コンパイル時に defi.h などの記述を変更することで、各実行形式を生成します。詳細は追加マニュアルなどを参照してください。
更新情報(RYUDO含む)
・New-RYUDO を更新しました(2006/6/11)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、ALLOUTe2.csv に対応しました
  計算ディレクトリに ALLOUTe2.csv がある場合、この中の電荷とエネルギーを利用します。また、収束判定のために output.mdy に電荷が出力されているかどうかチェックします（チェックだけで利用はしません）。
  ALLOUTe2.csv が見つからない場合は、従来どおり output.mdy の電荷と ALLOUTe.csv のエネルギーを利用します。
  なお、どちらの場合でも、従来どおり収束判定のために scc02.mdy をチェックします。
・New-RYUDO を更新しました(2009/6/10)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、output.mdy の電荷読み込み方法を変更し、 1000原子以上の系に対応しました
  従来のRYUDOでは、output.mdyの各原子電荷出力部分において、原子番号と電荷を読み取っていましたが、 1000原子以上の系では原子番号が***になってしまうために、正常に読み込めなくなっていました。
  今回、原子番号については読み込まず、１番から順に並んでいると仮定して処理する仕様に変更することで、 1000原子以上の系でも正常に電荷を読み取ることができるようにしました。
  なお、この仕様変更により、今後はoutput.mdyの各原子電荷出力部分が原子番号順に並んでいることが必須となりますので、ご注意ください。
  （注：そもそもCOLORSで1000原子以上というのは、 COLORS-RYUDO Ver.2 機能開発時の想定を超えていますので、他にも問題が発生する可能性があります。もし何かお気づきの点がありましたら、随時お問い合わせください。）
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/30)
- COLORS-RYUDO Ver.1 でコンパイルできなくなっていた問題を修正しました
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/20)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、 range従属行による条件設定を変更しました
  今回より、range行を記述した場合、下記のような動作になります。わかりにくいので、複数の考え方を記述します。
  - 前回COLORSを実行してから「COLORS呼び出し間隔」を過ぎた毎ステップにおいて、 range行に指定された条件を判定し、これを満たすものがあれば、COLORSを実行します。
  - 毎ステップrange行による距離判定を行います。もし判定が成立して COLORSを実行した場合、そこから「COLORS呼び出し間隔」が過ぎるまでは、 range行の判定を行いません（COLORSが実行されることはありません）。
  - 「COLORS呼び出し間隔」を「COLORS呼び出し最短間隔」とします。これは COLORS呼び出し禁止期間と考えることができます。この期間をのぞき、range行による距離判定を毎ステップ行い、条件を満たせば COLORS を実行します。
  なお、初回のCOLORSデータ参照も「COLORS実行」とみなすため、計算開始から「COLORS呼び出し間隔」が過ぎるまでは、 range行の判定は行われません。
- モンテカルロ計算機能において、以前の結果が残るディレクトリで計算を開始した際に、以前のＭＣ出力ファイル（lowest.rd、masscp.rd、 endist.rd）を削除していなかった問題を修正しました
  以前のバージョンでは、このうち特に masscp.rd で問題がありますのでご注意ください（ masscp.rd は追記出力されるため、以前の結果があるとその後ろにつながってしまい、正しく解析できません。一方、lowest.rd と endist.rd は上書き出力なので、計算終了まで待てば正しい情報になります）。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/19)
- モンテカルロ計算機能において、被力依存原子選択が正常に動作しなくなっていた問題を修正しました
  これは Ver.1.24e で等確率原子選択を実装した際に発生したバグです。 Ver.1.24e 以降をご使用の方はご注意ください。 Ver.1.24d 以前にはこの問題はありません。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/16)
- プロトン伝導および反応表現機能後緩和ＭＣ計算機能を実装しました
  詳細は追加マニュアルをご覧ください。なお、例によってデバックが未だ不完全です。
- プロトン伝導計算機能において、「判定間隔」が正しく設定できなかった問題を修正しました
  Ver.1.24e 以前では、def.rd の procon 行において、「判定間隔」（第２パラメーター）にどんな値を指定しても、「ファイル出力間隔」（第１パラメーター）と同じになってしまう問題がありました（これは cnd.rd で確認できます）。これまでプロトン伝導計算を行っていた方は、適宜 cnd.rd をチェックして、判定間隔を確認してください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/15)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、COLORS呼び出し間隔を０にした場合は、 ALLOUTe.csv などのリネームを行わないようにしました
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、COLORS呼び出し時に欠陥原子も xtal.mdy に出力されていたのを修正しました
- モンテカルロ計算機能において、原子に掛かっている力に依存しないで試行対象が選択される機能を追加しました
  通常、試行対象の原子を選択する処理は、各原子に掛かっている力の大きさに比例して、より大きな力の掛かってる原子が優先されています。これにより、系がより高速に安定すると期待されますが、力の大きさの計算に sqrt（平方根）関数を使用しているため、計算速度が若干低下します（例えば22秒/stepが23秒/stepになるぐらい）。また、欠陥原子は仮想的に一律の被力としていることで、挿入試行が過多あるいは過少となってしまうことがあります。そこで、montec行などの「欠陥原子仮想被力」項に、数値のかわりに「even」と記述することで、常時一律選択を指定できるようにしました。
- モンテカルロ計算機能（専用および初期緩和）において、計算中でも lowest.rdファイル（最低エネルギー（最安定）構造データ）を出力するようにしました
  従来は、計算終了時に最安定構造を lowest.rd に出力していましたが、これを各試行採択時、最安定であった場合に上書き出力するようにしました。これにより、計算を中断させた場合でも、そこまででの最安定構造を得ることができるようになりました。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/14)
- モンテカルロ計算機能において、２体ポテンシャルのテーブル化に対応しました
  専用モンテカルロ計算他、モンテカルロ計算中は Too short の判定を行わないようにしました。２体ポテンシャルをテーブル化していて、挿入試行や転移試行において原子間距離が 10[pm] 以下になった場合、仮想的に当該原子間のエネルギーに 1.0[J] を適用します。これにより当該試行はエネルギーが巨大となり棄却されます。当該stepにおけるエネルギー表示は異常となりますが、計算は正常に行われています。ご留意ください。なお、この変更はマルチプロセスに対応しています。
- 現状で並列化対応について下記の通りご注意ください
  ・COLORS-RYUDO V1 および V2 はクラスタリングに対応していません。
  ・COLORS-RYUDO V1 はマルチプロセスに対応しています。
  ・COLORS-RYUDO V2 は、COLORSの呼び出しを行わない場合に限り、マルチプロセスに対応しています。
  ・モンテカルロ計算機能は、クラスタリングに対応していません。
  ・モンテカルロ計算機能は、マルチプロセスに対応しています。
  （マルチプロセス全般について：他のマルチスレッドプログラム(COLORSなど)が動作している環境では、正常に動作しない可能性があります）
・RYUDO が更新されています(2009/5/13)
- 近接原子テーブルを使わないコンパイル(#define NNBT34B 0)で、非結合性３・４体ポテンシャルが正常に動作しない可能性があったのを修正しました
  未だ完全でない可能性がありますので、何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/13)
- COLORS-RYUDO Ver.2 の xtal.mdy 出力機能を修正しました
  未だ完全でない可能性がありますので、何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/13)
- COLORS-RYUDO Ver.2 で xtal.mdy の出力に問題があったのを修正しました
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/11)
- モンテカルロ計算機能が並列化に対応していなかった問題を修正しました
  現状で、２並列のマルチプロセスで動作確認しています。３並列以上は未確認ですが、おそらく大丈夫と思います。
  クラスタリングもソースコードは改良しましたが、動作は未確認です。今後、モンテカルロ計算機能の改良と共に確認していく予定です。
- 並列化機能を若干改良、改善しました
  Ewald法第３項も並列計算するようにしました。
  計算の異常終了時、画面に変な１文字が表示されていたのを修正しました。
- 注：現状でモンテカルロ計算機能は２体ポテンシャルのテーブル化に対応していません
  テーブル化して原子・分子の挿入や転移の試行を行うと、 Too short で計算が停止することがあります。
  テーブル化していない場合も Too short が表示されることがありますが、この場合は棄却されて進みますので、そのままで大丈夫です。
  なお、テーブル化していても、移動や回転の試行だけならば、試行移動距離を十分小さくすることで計算可能です。（プロトン伝導・反応表現後緩和ＭＣ計算機能には、挿入や転移の試行がありませんので、このケースに該当します。）
・RYUDO が更新されています(2009/5/7)
- end.rd の座標出力仕様を変更しました
  従来の RYUDO では、end.rd の最終座標（pair部各行第５項～第７項）は周期境界条件に基づき 0.0 ～ 1.0 の範囲内に折り返されており、周期境界条件を越えた回数については初期座標（同第１１項～第１３項）にかぶせていました。今回、周期境界条件を越えてもそのまま最終座標として出力し、初期座標は set.rd の座標をそのまま出力するようにしました。 end.rd を使う周辺ツールはご注意ください。
  （補足）
  　少し前の Ver. から、set.rd は 0.0 ～ 1.0 の範囲外の座標も可とし、 RYUDO が読み込み時に周期境界条件に基づき折り返すようにしています。これにより、たとえば、分子が周期境界をまたがる初期構造にしたい場合、一部の原子が計算セルからはみ出す（ 0.0 ～ 1.0 の範囲からはずれる）ように記述することで、計算後に RYUGA で視覚化する際にも正しい分子の形を見ることが出来ます（もちろんその分子は一部が計算セルからはみ出しますが）。これは、pos.rd などの座標履歴出力が、周期境界を越えてもそのまま出力されているためです（代わりに視覚化ソフトなどの側で周期境界条件に基づく補正を考える必要があります）。一方で、従来の end.rd の座標はそのような仕様になっていなかったため、視覚化はもちろん、特に継続計算において問題となっていました： set.rd の座標を周期境界条件で折り返してから実際の初期座標としていたため、視覚化したり継続計算に用いたりすると分子がセル境界で両側に分断されました。今回の仕様変更により、end.rd を視覚化する場合や、継続計算を行う場合も、周期境界をまたがる分子が正しい形でできるようになりました。
・New-RYUDO を更新しました(2009/5/7)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、下記のデバッグを行いました
  ・output.mdy の読み込み時に、clrds.rd の xlat部（ソート結果）に従っていなかったのを修正しました。
  ・COLORS呼び出しのための xtal.mdy 出力時、反応表現機能を併用すると自動で再ソートが行われますが、これが正常に動作せず、最終元素の原子が出力されないなどの問題があったのを修正しました。
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、COLORS呼び出し条件を追加しました
  従来、COLORSの呼び出しタイミングは、一定の step 間隔のみでしたが、これに加えて、任意の元素（に属する原子）間距離を指定できる用にしました。
  この機能を利用するには、 clrd行の従属行として range行を記述してください。 range行には、元素番号、元素番号、上限距離、の３パラメータを記述してください。 range行は元素の組合せごとに複数記述できます。
  New-RYUDO は、「COLORS呼び出し間隔」おきに、 range行の指定に従って各原子間距離を調べ、どれか一つでも「上限距離」の範囲内にあれば、COLORSを実行します。
- モンテカルロ計算機能を実装（公開）しました
  New-RYUDO のモンテカルロ計算機能には、下記の４種類があります。
  ・専用モンテカルロ計算機能
  ・初期緩和ＭＣ計算機能
  ・プロトン伝導・反応表現後緩和ＭＣ計算機能
  ・分子挿入・削除ＭＣ計算機能
  現状でテスト計算が進んでいるのは「専用モンテカルロ計算機能」のみです。それ以外についても今後テスト計算とデバッグを進めていく予定です。なお、詳細については New-RYUDO追加マニュアルをご参照ください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/4/28)
・New-RYUDO を更新しました(2009/4/28)
・New-RYUDO を更新しました(2009/4/23)
- 仮想壁機能の全方位(awall)で、def.rd の awall 行の読み込みに問題があったのを修正しました
- 平均出力機能と積算出力機能を統合しました
  files行の下に従属行としてadavs行を記述してください。
  座標履歴として aps.rd が出力されます： axis行でｘ、ｙ、ｚ軸長が出力されます（単位[m]）。その後、１原子１行として、ｘ、ｙ、ｚ各方向の平均、および周期境界条件をはずした平均（計６項）が出力されます（部分座標）。
  速度履歴として avl.rd が出力されます：１原子１行として、ｘ平均、ｙ平均、ｚ平均、ｘ積算、ｙ積算、ｚ積算、スカラー平均、スカラー積算、の８項目が出力されます。単位は全て[m/s]です。
  力履歴として afr.rd が出力されます：１原子１行として、ｘ平均、ｙ平均、ｚ平均、ｘ積算、ｙ積算、ｚ積算、スカラー平均、スカラー積算、の８項目が出力されます。単位は全て[N]です。
- 原子単位エネルギー出力機能を修正・変更しました
  Ewald法第２項の各原子への分配方法に問題があったのを修正しました：以前は各原子の第２項分を合計しても、全体の第２項エネルギーに一致していませんでした。
  全原子について出力するようにしました。 def.rd に atmeng 行を記述して、出力ステップ間隔を指定してください。
  専用ファイル energy.rd に出力するようにしました：１原子１行として、左から順に「元素番号：元素名」、Ewald法第１項、同第２項、同第３項、非結合性２体、結合性２体、３体、４体(Torsion)、４体(Out of Plane)、合計、の全１０項目を出力します。ページ最後に「end」だけの行を出力します。
  この機能はデフォルトで無効になっています。 defi.h の #define ATOMENER を 1 にしてコンパイルしてください。
- ポテンシャル種類別インデックス別被力出力機能を変更しました
  デフォルトで無効になっています。有効にするには defi.h の #define OBARA を 1 にしてコンパイルしてください。
  val.rd に idewx、idewy、idewz、idews、idljx、idljy、idljz、idljs、の８行が出力されるようになります。それぞれ、 Ewald法のｘ、ｙ、ｚ方向およびスカラー、 LJポテンシャルのｘ、ｙ、ｚ方向およびスカラー、です。各行、indexごとに空白で区切って出力されます。単位は全て[N]です。
- COLORS-RYUDO Ver.2 を変更しました
  ALLOUTe.csv でフィッティングできる原子間を、自動的に２体ポテンシャル個別指定原子間とするようにしました。
  電荷を ALLOUTe.csv からではなく、 output.mdy から読み込むようにしました。このため New-RYUDO 起動時は、 ALLOUTe.csv だけでなく output.mdy も必要です。
  COLORS 呼び出し後、 scc02.mdy をチェックして、 CONVERGED の行があるかどうかチェックするようにしました。無い場合は COLORS が異常終了したと見なして、 New-RYUDO も停止します。
・New-RYUDO を更新しました(2009/4/16)
- COLORS-RYUDO Ver.2 において、全原子をCOLORS対象にしない場合、および欠陥原子があった場合の処理に問題があったのを修正しました
- (おまけ)マニュアルを更新しました。
・New-RYUDO を更新しました(2009/4/14)
- def.rd の clrd 行の書式を変更しました
  下記の通り、以前とだいぶ異なるのでご注意ください。
  各項目の意味は下記の通り。
  - 「ステップ間隔」は従来どおり、COLORS呼び出し間隔です。０にすると、初期のALLOUTe.csvフィッティングのみ行われます。
  - 「Ethm」は、Morse ポテンシャル用のフィッティング閾値（通常負値）。 ALLOUTe.csv の Emo+Eer と直接比較されます（単位同じ）。
  - 「Ethb」は、Busing ポテンシャル用のフィッティング閾値（通常正値）。 ALLOUTe.csv の Emo+Eer と直接比較されます（単位同じ）。
  - 「Rx」は、フィッティング上限距離算出用の倍数。これに Morse の r0ij をかけた値がフィッティング上限距離となります。これは Morse 、 Busing 共通。
  - 「noef」はキーワードです。この位置(項)でこれを記述すると、エネルギーと距離がフィッティング範囲外であった場合に、当該原子間の相互作用が削除されます（ただし静電相互作用は残ります）。なお、デフォルトの状態（noef を指定しない場合）では、距離がフィッティング上限以上の時は LJ ポテンシャルに切り替わり、フィッティング上限以内でかつエネルギーがEthm～Ethb 間の時は前回のフィッティング結果が維持されます。
- ポテンシャル個別指定用の非フィッティングパラメータを def.rd で元素ごとに指定するようにしました
  ALLOUTe.csv のエネルギーに基づきフィッティングされるのは、 Morse ポテンシャルの Dij と Busing ポテンシャルの aij のみです。それ以外のパラメータ（Morse のβij、rij、および Busing の bij ）はユーザが固定値を指定する必要があります。
  clrd の従属行として、元素ごと、および元素組合せごとにこれらの非フィッティングパラメータを記述してください。
  元素ごとに記述する場合（任意）
  元素の組合せごとの記述（必須）
  ※「元素ごとの記述」は「元素組合せごとの記述」より前（上）に記述してください。後に記述すると正しく動作しません。
  ※上述の「元素No.」および「元素1」「元素２」は、 set.rd における原子の種類番号です。 pair部とは違い、性質(nature)番号ではありませんのでご注意ください。
- 専用設定ファイルの名称が clrds.rd に固定されました
  このファイルは、元素種類ソート結果のxtal部、電荷個別指定原子を記述するchrg部、ポテンシャル個別指定原子間を記述するpair部の、３部からなります。また以前のような、電荷やポテンシャルパラメータを直接記述する機能はありません。詳細は clrdset Ver.2 の説明を参照してください。
- 電荷の適用規則が一部変更されました
  - Coulomb ポテンシャルについて
    電荷はすべて、pair部の記述で指定した値（省略した場合は nature部で指定した値）が用いられます。電荷個別指定原子（clrds.rdのchrg部に記述した原子）であっても、 ALLOUTe.csv の電荷は用いられませんので、ご注意ください。結合原子間に ALLOUTe.csv の電荷を用いたい場合は、ポテンシャル個別指定の対象にするか、あるいは Ewald法にして bondfr を指定してください。
    ※技術的には、Coulombポテンシャルでも、 ALLOUTe.csv の電荷を用いることは可能です（かなり複雑になりますが）。もし本当に需要があるならば対応しますので、その旨お知らせください。
- 初期の ALLOUTe.csv、BINOUT、output.mdy および xtal.mdy を、リネームして保存するようにしました
  ALLOUTe.csv は ALLOUTe0.csv に、BINOUT は BINOUT0 に、 output.mdy は output0.mdy に、xtal.mdy は xtal0.mdy に、それぞれリネームされます。
・RYUDO が更新されています(2009/4/14)
- 圧力制御の有無に関わらず、常に密度を表示するようにしました
- Ewald法について、結合情報に関わらず全組合せに静電相互作用がかかるモードを追加しました
  この機能を利用するには、def.rd の ewald行最終項（第４パラメータ）に「 bondfr 」と記述してください。機能が有効になった場合、画面出力および cnd.rd の def.rd 読み込み状況で Ewaldの行末に Bond-Free と表示されます。
- 最安定エネルギーと最安定距離を直接指定できる LJ ポテンシャル「 LJ2 」を実装しました
  式の形式としては、E = D0 { (r0/r)^12 - 2(r0/r)^6 } となります。これは MONTA の LJ6_12 ポテンシャルと同形です。
  このポテンシャルを利用するには、 def.rd の pair 部で LJ2 を指定してください。第１パラメータは D0、第２パラメータは r0 です。デフォルトの単位はそれぞれ [kJ/mol] と [A] です。
  注：nature部で各元素毎にパラメータを記述する場合は、他のLJポテンシャルと共通の「LJ」と指定してください。デフォルトの単位はありませんので、必ず単位を指定してください。なお、D0は相乗平均、r0は相加平均になります。
  注：他の LJポテンシャルとはパラメータの意味と単位が異なるので、 nature部に各元素毎のパラメータを記述する場合は、お互いに混ざらないようご注意ください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/3/24)
・New-RYUDO を更新しました(2009/3/6)
- def.rd の clrd行に Energy Threshold (Eth) 値の項目が追加されました
  これにより、clrd行の書式は下記のようになります。
  　　clrd　colors呼出間隔　第１ファイル名　第２ファイル名　Eth
  従来同様、第２ファイル名以降を省略すると、電荷のみの利用になります。
- Eth値は、Morse ／ Busing の切り替えに利用します
  ALLOUTe.csv の Emo+Eer が -Eth よりも小さい場合は Morse、 Eth よりも大きい場合は Busing でフィッティングします。
  Emo+Eer が -Eth ～ Eth の範囲にある場合は、どのフィッティングも行いません（ clrd2 または前回フィッティングの値がそのまま使用されます）。
  なお、Eth の単位は ALLOUTe.csv と同じく [kcal/mol] です。
- Busing ポテンシャルのフィッティング機能を実装しました
  Emo+Eer が Eth よりも大きく、かつ原子間距離が現在の aij の２倍よりも小さい場合、 ALLOUTe.csv の Emo+Eer に合わせて新しい aij を算出します。
  bij は clrd2 に記述された値を用います。逆に、clrd2 に bij の有効な値が記述されていない（例えば -1.0 になっているなどの）場合は、フィッティングされません。
  clrd2 で aij が負、bij が正の場合、aij の符号を正に反転してから、原子間距離を評価、フィッティングします。
- Morse ポテンシャルのフィッティングには、 clrd2 に βij と r0ij の有効な値が必要です
  Emo+Eer が -Eth よりも小さく、かつ原子間距離が r0ij の３倍よりも小さい場合、 ALLOUTe.csv の Emo+Eer に合わせて新しい Dij を算出します。
  clrd2 に βij や r0ij の有効な値が記述されていない（例えば -1.0 になっているなどの）場合は、フィッティングされません。
- ALLOUTe.csv に基づき Morse でフィッティングされた原子間では、 Busing と LJ が無効になります
- ALLOUTe.csv に基づき Busing でフィッティングされた原子間では、 Morse と LJ が無効になります
- clrd2 において、一つの組合せに Morse、LJ、Busing の複数の有効値を記述可能です（ New-RYUDO が自動的に取捨選択します）
  初期および COLORS 呼び出し後に ALLOUTe.csv を用いて Morse か Busing にフィッティングされます。距離などの条件によってフィッティングされずに複数のポテンシャルが残った場合、 Morse、Busing、LJ の優先順位で選択されます。（例えば Morse と LJ が残った場合、LJ は無効になります。）
  なお現状で、無効になった LJ が回復するスキームはありません（以後ずっと Morse か Busing のままになります）。
- xtal.mdy を出力する際の元素種名と元素種番号を、def.rd の atom部で指定できるようにしました
  atom部は本来７項ですが、これに第８項として xtal.mdy 用の元素種名を、第９項として元素種番号を指定できるようにしました。
  指定しなかった場合は、index部の名称とatom部の番号が使用されます。
・New-RYUDO を更新しました(2009/3/5)
- 原子毎ポテンシャル指定機能に動作不良があったのを修正しました
  ・通常指定の２体ポテンシャルが正常に動作しない問題を修正しました。
  ・電荷自動調整機能が正常に動作しない問題を修正しました。
  ・第２ファイル名の指定が機能していなかった問題を修正しました。
- 原子毎ポテンシャル指定機能(COLORS-RYUDO機能)に、 Ver.2 を追加しました
  指定した step 間隔で COLORS を呼び出し、 ALLOUTe.csv の電荷とエネルギーをポテンシャルパラメータに反映させることができます。（計算開始時に ALLOUTe.csv を反映させるのみで、ＭＤ計算中は COLORS を呼び出さずに進めることも出来ます。）
  ・#define COLORYUDO 2 としてコンパイルしてください。
  ・clrd行の第１パラメータとして colors 呼び出し間隔（step数）を指定してください。その後第１ファイル名（clrd1）と第２ファイル名（clrd2）を指定してください。なお、colors 呼び出し間隔に０を指定した場合、計算開始時の ALLOUTe.csv 反映のみ実施されます（計算中に COLORS を呼び出しません）。
  ・clrd1 で指定した原子、および clrd2 で指定した原子間のみ、 COLORS の結果（ALLOUTe.csv）が反映されます。
  ・現状で Morseポテンシャルのみに対応しています。それ以外のポテンシャルは clrd2 で指定しないでください。逆に、clrd2 で指定する原子間には有効な Morse ポテンシャルパラメータを必ず記述してください。なお、clrd2 の各行では LJ ポテンシャル以降のパラメータ（第６項以降）を省略可能です。
  ・ALLOUTe.csv に基づく Morse ポテンシャルのフィッティングは、 Emo+Eer が -1.0 より小さく、かつ、 Rij が r0ij の３倍より小さい場合にのみ実施されます。 Emo+Eer が -1.0 以上もしくは Rij が r0ij x 3 以上の場合はなにもしません。（前回フィッティングしたパラメータが維持されます。）
  ・計算開始時、計算ファイル（def.rdなど）と同じディレクトリに初期参照用の ALLOUTe.csv が必要です。初期構造を COLORS で計算した結果から作成して置いてください。
  ・計算中に COLORS を呼び出す場合、計算ファイル（def.rdなど）と同じディレクトリで colors コマンドと MKAOUT コマンドが実行されます。よって、初期構造を COLORS で計算したディレクトリに New-RYUDO の計算ファイル（def.rdなど）を置いて ryudo を実行することをお勧めします。
  ・COLORS 計算が正常に終了しなかった（収束しなかったなど）場合は現状で想定外なので、New-RYUDO の動作は不定です。
  ・clrd1、clrd2、および ALLOUTe.csv を読み込んだ結果（詳細）は、 log.rd に記録されますので、動作確認用に参照してください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/2/13)
- 原子毎ポテンシャル機能（COLORS-RYUDO機能）を修正しました
  まだ実装が中途半端だったため、#define COLORYUDO 1 でコンパイルするとエラーになっていた問題を修正しました。
  第２ファイルで指定した原子間に、 def.rd の pair 部に結合性ポテンシャルが掛かっていた問題を修正しました。（非結合性は外したのですが、結合性の方を失念していました。）
  Ewald法使用時の電荷の総和＝０チェックを、今回の原子毎ポテンシャル機能に合わせて変更しました。
  現状でまだバグがあると思いますので、もし何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください。
・RYUDO が更新されています(2009/2/10)
- バッチ計算機能の挙動を変更しました
  バッチ計算機能とは、複数の異なる計算を順次自動的に実行する機能です。
  バッチ計算機能の使用方法
  今回の変更点
  新しい bat.rd の詳細
- 非周期境界条件（クラスター状態）時の pos2.rd出力の異常を修正しました
  以前、座標履歴ファイル pos.rd および pos2.rd の出力機能を開発した際、部分座標 0.0 ～ 1.0 であることを想定していたため、たとえば非周期境界条件時に座標が負の値になった場合、 pos2.rd の出力値が異常となり、RYUGA などで視覚化すると、原子が遠方（ほぼ負方向に６周期先）に表示されていました。（pos2.rd を使わずに視覚化や解析を行う場合は問題ありません。）
  今回、この問題を修正するため、pos2.rd の出力形式を若干変更しました。この仕様変更に対応するには、RYUGA など読み込み側にも変更が必要です。このため、RYUGA Ver.3 と rdtxt も更新されましたので、それぞれ最新版をご使用ください。
  ＃
  なお、この pos2.rd の仕様変更のついでに、 pos.rd の出力についても若干の変更を行いました（が、これに関しては、RYUGA や rdtxt は変更なしで大丈夫です）。これは具体的には、pos2.rd を出力しないコンパイルで、原子の部分座標が -3.0 ～ +3.0 の範囲を超えた場合の処理を変更しています。
  以前の pos.rd は、 pos2.rd を出力しない（defi.h の EXTPVFOUT を 0 にする）コンパイルの場合、旧来の「部分座標が3.0以上になったら2.0に戻し、 -3.0未満になったら-2.0に戻す」という末端繰り返し処理を行っていました。これを今回からは、pos2.rd を出力するコンパイルの時と同様に、「3.0を越えたら-3.0に、-3.0未満になったら3.0に」という大周期処理にして統一しました。もし、古い pos.rd の解析ツールなどをご使用の際はご注意ください。
・New-RYUDO を更新しました(2009/2/10)
- COLORS-RYUDO 機能を若干改良しました
  COLORS-RYUDO 機能とは、 COLORSなどの量子化学計算結果に合わせてＭＤ計算を行うため、原子および原子間ごと個別にポテンシャルパラメータを指定する方法です。
  今回の変更によって、COLORS-RYUDO 機能と従来のポテンシャルパラメータ記述の併用が可能になりました。
  ・第１ファイル（電荷等）において、必要な原子だけ記述できるようになりました
  ・第２ファイル（Morse等）において、必要な原子間だけを記述できるようになりました
- Brennerポテンシャル計算機能を修正しました
  小野寺君の協力により、ダイヤモンド構造やカーボンナノチューブ構造をより正常に再現できるよう修正しました。主な変更点は下記の通りです。
  ・３体項の微分計算を導入しました。このため計算速度が落ちています。
  ・従来の２体力部分のデバッグを行いました。
  ・Bijのテーブル化機能は遅くなるだけのようなので削除しました。（defi.h から #define BTBIJTBL が無くなっています。）
  ・エネルギー式の微分方法の選択肢を廃止しました。（defi.h の #define BRENNER は 0 か 1 のみ機能します。）
  ・def.rd の brenner行の推奨パラメータ値が変更されています。（論文値のままでは New-RYUDO でうまく動作しないようです。　詳細は別途お問い合わせください。）
- モンテカルロ計算機能を無効にしました（改良中のため）
・New-RYUDO を更新しました(2009/1/7)
- 結晶子単位運動機能に、表面原子緩和機能を実装しました
  set.rd において、緩和させたい原子に r フラグをつけることで、当該原子の運動を、その原子本来の運動と結晶子全体に従う運動の平均にすることが出来ます。詳細は追加マニュアルの「２．１７．結晶子単位運動機能」を参照してください。
・RYUDO が更新されています(2008/12/27)
- テーブル化を使わない２体ポテンシャルの計算で、原子が接近しすぎている場合に出る「Too short」警告の表示における距離の値が正しくなかったのを修正しました
  純粋に表示上の問題ですので、この修正による計算結果の変化はありません。
  この問題は、画面表示用に[m]から[pm]へ換算する方法を誤っていたために、実際の原子間距離に関わらず、常に 0.00000[pm]と表示されていたものです。本Ver.以降は正しく出力されます。
  なお、テーブル化を行わない計算においては、 Too short 警告が表示されても、原子間ポテンシャルの計算は行われていますので、数学上は問題ありません（ただし、警告が出る距離（10[pm]以下）まで原子間が接近することは、核融合でもない限りありえないので、実用上このような計算は無意味です）。
  一方、テーブル化を行っている計算の場合、 10[pm]以下にはテーブルがないため、原子間ポテンシャルが計算されません（距離が10[pm]以下は不連続でエネルギー０になります）。これは意図的な遮断として数学上も不正確になりますので、ご注意ください。
・New-RYUDO を更新しました(2008/12/15)
- 結晶子単位運動機能に回転機能を追加しました
  以前は平行移動のみでしたが、本バージョン以降は重心を中心とした回転も行います（以前のように平行移動だけにすることはできません）。
  使用方法に変更はありません。def.rd に solidmolecule 行を記述すると、デフォルトで、分子番号が１～１００までを結晶子と見なして計算されます。このデフォルトの分子番号上限１００は defi.h の #define SLDMLC の記述で変更できます（ちなみに０にすると結晶子単位運動機能が無効になります）。
  今後は、結晶子の表面部分の緩和機能を実装する予定です。
・New-RYUDO を更新しました(2008/12/10)
- 特定原子エネルギー集計機能を改良しました
  Ewald法第３項に対応しました。
  注：Ewald法の原子別集計は、第２項の計算方法が未確認（当方の想像で実装）なので、現段階では参考程度に止めておいてください。静電相互作用の厳密な評価が必要な方は、代わりに Coulombポテンシャルを使用してください。
・New-RYUDO を更新しました(2008/11/7)
- 特定原子エネルギー集計機能を改良しました
  二原子間ポテンシャルのエネルギーを半分にして集計するようにしました。
  結合性ポテンシャルに対応しました。
・New-RYUDO を更新しました(2008/11/1)
- 結晶子単位運動機能を追加しました
  現状では平行移動のみです。回転運動は今後対応します。
- 特定原子エネルギー集計機能を追加しました
  計算中に指定した原子に関するエネルギーを集計してval.rdに出力します。デフォルトで最大２０原子まで指定できます（再コンパイルで上限を変更できます）。現状で２体ポテンシャルのみ対応します。なお、Ewald法は不完全です。
- ６角度安定ポテンシャルを、複数角度安定ポテンシャルに拡張しました
  ４種類の関数系を選択できます。角度は最大１０個まで指定できます。なお、以前実装していた６角度安定ポテンシャルは、関数系がマニュアルと異なっていましたので、ご注意ください。
- 上記に基づき追加マニュアルを更新しました(New-RYUDO121b.pdf)
・RYUDO が更新されています(2008/9/17)
- ４結合テーブルのモード２（ defi.h の #define FBT_MODE を 2 にする）が、正常に動作していなかった問題を修正しました。
  テーブルを作成する関数にバグがありました。修正後、簡単なモデルを用いてテストを行い、 FBT_MODE 0, 1, 2 いずれも同じ結果になることを確認ました。
・RYUDO が更新されています(2008/9/15)
- 分子別MSD出力機能を追加しました
  set.rd で分子番号を使用している場合、各分子ごとに集計したMSDをval.rdに出力します (「分子番号を使用」とは、set.rdの各原子記述(part部の各行)の第２項に１以上の整数を指定することです)。
  val.rd に id-msd に続いて次の２行が出力されます： mc-msdは座標中心によるMSD、mm-msdは質量中心によるMSD。各行では、分子番号の若い順にMSD値が出力されます。単位は全てm^2。分子番号０の分も、該当する原子があれば出力されます。使用していない(欠番)の分子番号は飛ばされます。
  defi.h の #define MOLESD を変えることで、出力させない、あるいは座標中心か質量中心のどちらか一方だけを出力させるようにも出来ます。
  詳細は取扱説明書(RYUDO121lab.pdf)の第９章の val.rdの説明を参照してください。
・RYUDOが更新されています(2008/9/1)
- defi.h の #define FBT_MODE を 2 にしてコンパイルしようとすると、エラーになる問題を修正しました
  デフォルトでは FBT_MODE は 1 になっていますので、通常は問題ありません。また、FBT_MODE 0 も同様にこのバグの影響を受けません。
- (21:10) set.rd の bond 部を読み込む変数が signed short int （＝上限32767）になっていたことに気づきましたので、 unsigned short int （＝上限65535）に修正しました。
・New-RYUDO を更新しました(2008/8/19)
- 円筒形仮想壁機能を実装しました
  系内に、軸方向に平行な円筒形の進入不可能領域を設定し、より容易に細孔構造をモデリングできるようにしました。円筒形の進入不可能領域（円筒形仮想壁）は複数設定できます（デフォルトでは８個まで）。詳細は追加マニュアルの２．１６節を参照してください。
・RYUDO が更新されています(2008/7/22)
- 準固定、垂直ポテンシャル、および水平ポテンシャルが、正常に動作していなかったのを修正しました
  Ver.1.18 以降のすべての RYUDO にこの問題があります。ご注意ください。
・RYUDO が更新されています(2008/6/11)
- 外部ファイルから結合情報を取得する場合 ( def.rd に bonded 行を記述して指定する場合)に、このファイル中の原子数が set.rd 中の原子数よりも少ないと、エラーを表示して停止するようにしました
- その他、画面表示上の細かい修正を行いました
・New-RYUDO を更新しました(2008/5/1)
- 分子単位 Cutoff 機能を有効にしてコンパイルした場合に、分子単位 Cutoff 機能と２体ポテンシャルのテーブル化を併用する def.rd を使用すると、エラーを表示して停止するようにしました。（分子単位 Cutoff 機能と２体ポテンシャルのテーブル化は併用できません。）
・New-RYUDO が更新されています(2008/4/17)
- 分子単位 Cutoff 機能の実装を起動時に表示するようにしました
  実行形式の New-RYUDO が、分子単位 Cutoff 機能を有効にしてコンパイルされたかどうか確認できるようにしました。画面表示のほか、cnd.rd にも出力されます。
・New-RYUDO が更新されています(2008/4/9)
- 分子単位 Cutoff 機能を実装しました
  通常の cutoff の範囲内に、分子の一部がかかっていた場合に、その分子全体を cutoff 内に追加して計算する機能です。
  ・ある原子iからの Cutoff 範囲内に、ある分子内の１原子でも入った場合、その分子の全原子が、原子iからとの相互作用の計算対象になります。
  ・各原子ごとに分子番号の指定が必要です。 set.rd の各原子記述(part部)の第２項に１以上の番号を指定してください。番号０の原子は分子扱いされません。
  ・結合情報には依存しません。
  ・デフォルトのコンパイルでは、この機能は無効になっています。この機能を使いたい場合は、 defi.h の #define MOLECUTOFF を 1 にしてコンパイルしてください。
  ・実際に、この機能を使いたい場合は、def.rd の適当な位置（atom部の前あたりを推奨）に、molecutoff という行を記述してください。（ molecutoff 単独の行にしてください。行頭に空白をあけないでください。パラメーターは特に必要ありません。）
  ・現在は２体ポテンシャルのみにこの機能があります。３体及び４体ポテンシャルでは、分子単位の cutoff はできません。
  ・この機能を有効にすると、２体ポテンシャルの i j ループの内側で、各原子が同一分子内かどうかサーチするループが入ります。このため計算時間が長くなりますのでご注意ください。（単純に考えると、計算負荷が N^2 から N^3 になります。）
  ・マルチプロセス機能に対応しています。ただし、i j ループの内側の負荷が不均等になるので、分子単位 Cutoff 機能を使わない場合に比べると、マルチプロセス化の効率が落ちます。
  ・クラスタリング機能には対応していません。
・New-RYUDO が更新されています(2008/3/10)
- クラスタリングでマルチコアに対応させるとエラーで停止してしまう問題を修正しました
  これはクラスタリングとマルチコアを同時に有効にした場合のみの問題です。
  デフォルト状態でコンパイルした場合は、 Ver.1.20c 以前のままでも特に問題ありません。
・New-RYUDO が更新されています(2008/2/19)
- 平均出力機能（追加マニュアル３．２節、 def.rd に average で指定する機能）について、速度が正しく出ていなかったのを修正しました
  RYUDO 内部では、各原子の速度は 1 step あたりの移動量[m] で処理されています。従来はこの値をそのまま平均して出力していました。今回これをタイムステップ[sec/step]で割って、きちんと実速度[m/s]で出力するように修正しました。なお、上記の理由から、従来の出力結果(avv.rd)は、各値をタイムステップで割ることで本来の速度にできます。
・RYUDO が更新されています(2008/2/8)
- pos2.rd の出力で、負方向への周期境界越えが適切に処理されていなかった問題を修正しました
- 計算開始時に、pos2.rd、vel2.rd、for2.rd が削除されていなかった問題を修正しました
  これらのファイルは常に「追加モード」で出力されるため、削除しないで再計算すると、以前の結果に後付けで出力されてしまいます。
・RYUDO が更新されています(2008/2/5)
- Ver.1.20で追加したバイナリ出力の精度向上用ファイルの名前を変更しました
  pos.rd 用精度向上ファイルは eps.rd から pos2.rd に変更になりました。
  vel.rd 用精度向上ファイルは evl.rd から vel2.rd に変更になりました。
  for.rd 用精度向上ファイルは efr.rd から for2.rd に変更になりました。
・RYUDO が更新されています(2008/2/4)
- バイナリ履歴出力の精度向上のため、新たに eps.rd、evl.rd、efr.rd を出力するようにしました。
  デフォルトは「出力する」ですが、defi.h の #define EXTPVFOUT を 0 にすることで、出力させないことも可能です。
  これらの新ファイルは、従来のバイナリファイル（ pos.rd、vel.rd、for.rd ）とともに、同タイミング・同サイズで出力されます。解析ツール類は、従来のバイナリファイルとともにこれらの新ファイルを読み込むことで、より高い精度で解析することができるようになります。
  なお、従来のバイナリファイルに変更はありませんので、従来の解析ツール類はそのまま使用できます。
  （ pos.rd のみ、原子の長距離移動で周期境界を３回以上越えた際の折り返し規則が変更されます。）
・New-RYUDO を更新しました(2008/1/30)
- 結合情報履歴ファイル(bondlog.rd)を継続計算(ryudo -c)に対応させました
・RYUDO が更新されています(2008/1/16)
- 非結合性３・４体ポテンシャルの計算において、２体ポテンシャルのカットオフ距離の影響を受けないようにしました
  従来、非結合性３・４体ポテンシャルの計算（または、非結合性３・４体ポテンシャルの計算のための近接原子テーブルの作成）は、ijループの中で２体ポテンシャルのカットオフ距離判定の後にありましたので、 ij原子間距離が２体ポテンシャルのカットオフ距離より長い場合は非結合性３・４体ポテンシャルが計算できませんでした。今回、２体ポテンシャルのカットオフ距離の判定前に非結合性３・４体ポテンシャルの計算（または、非結合性３・４体ポテンシャルの計算のための近接原子テーブルの作成）を行うよう、変更しました。（近接原子テーブルを使わずに３・４体ポテンシャルを計算する場合、効果範囲はポテンシャル関数式に依存します。加えて、３体ポテンシャルの場合は、中心原子と外側原子の距離に「３体以上のポテンシャル用カットオフ距離」の制限をかけています。近接原子テーブルを使う場合は、従来通り「３体以上のポテンシャル用カットオフ距離」内でテーブル化を行いますが、２体ポテンシャルのカットオフ距離の制限を受けないので、より長い距離を指定することが可能です。）
- 近接原子テーブルを使わない非結合性３・４体ポテンシャルの計算において、欠陥原子が除かれていなかった問題を修正しました
・New-RYUDO を更新しました(2008/1/16)
- 原子毎ポテンシャル機能(COLORS-RYUDO用)に、 LJとBusingを追加しました
・RYUDO が更新されています(2008/1/15)
- 非結合性の３体および４体ポテンシャルの計算で、近接原子テーブルを使わない方法も実装しました
  テーブル化するとN^1ループで計算できるため非常に高速ですが、「テーブルサイズを常に大きめにしておく配慮が必要」なことや、「メモリを若干余計に消費する」などの問題もあることから、一般的なN^3ループやN^4ループで計算する方法も実装しました。 dehi.h の #define NNBT34B でコンパイル時に選択することが出来ます。詳しくは取扱説明書のコンパイルの章をご覧ください。
- 結合性の面外角４体ポテンシャルを修正しました
  以前の RYUDO に、結合性 Out of Plane ポテンシャルの不具合を発見しましたので修正しました。
- MS-Windows の Visual C++ 用にソースコードを追加しました
  以前の RYUDO でもソースコードを若干修正することで Vislual C++ でコンパイルして Windows 用の実行形式を得ることが出来ていましたが、今回その変更点を defi.h の #define MSWINS で一括して切り替えられるようにしました。（Windows 2000 Professional と Vislual C++ 6.0 SP6 で動作確認済み。）詳しくは取扱説明書のコンパイルの章をご覧ください。（最近自宅のマシンに久しぶりにVisual C++ をインストールしたので対応）
- ２体ポテンシャルループの判定方法を変更し、 def.rd に pair部が無くてもループを回すようにしました
  従来は pair部に記述がない組合せの２体ポテンシャル処理をスキップしていました。通常はこれで問題無いのですが、もしEwald法だけで計算をしたい場合（通常Ewald法はBusingなどと一緒に使用されるのでこのようなケースは非常にまれと思いますが）不都合があるので変更しました。（New-RYUDO用の改造（COLORS-RYUDOなど）に対応する意味もあります。）ただし若干低速化してしまうので、この仕様は今後変更される可能性があります。
- 終了時間予測用の現在時刻取得を古い方法に限定できるようにしました
  従来、予測精度を高めるため、マイクロ秒単位で取得できる gettimeofday関数を使用していましたが、古い環境（おそらくKernel 2.2以前）や MS-Windowsではこれをコンパイルすることが出来ないため、代わりに伝統的なtime関数を使う方法も実装しました。（もともとかなり昔のRYUDOがこの方法でしたが、中間表示の表示間隔が短いと予測精度がかなり低くなります。） defi.h の #define OLDTIMES でコンパイル時に選択することが出来ます。詳しくは取扱説明書のコンパイルの章をご覧ください。
・New-RYUDO を更新しました(2008/1/15)
- 原子毎ポテンシャル機能（COLORS-RYUDO対応用）を実装しました
  各原子ごとに電荷を、各２原子組み合わせ毎にMorseポテンシャルパラメータを指定できます。 defi.h の #define COLORYUDO でコンパイル時に有効無効を選択します。詳細は追加マニュアルを参照してください。
- クラスタリング機能で結合情報を使う場合の問題点を修正しました
  従来の New-RYUDO では、 Master から Slave へ結合情報を送信する際にエラーで停止していました。今回これを修正すると共に、初回時および変化があったときだけ結合情報を送信するように変更しました。
- クラスタリング機能で近接原子テーブルを使えるようにしました
  従来の New-RYUDO では、 Master と Slave で近接原子テーブルが共有できなかったため、非結合性の３・４体ポテンシャルが正しく計算できませんでした。今回、並列動作中に近接原子テーブルを共有する機能を実装しましたが、テーブルサイズが大きい場合、通信量が増えて速度が低下する可能性があります。この場合は RYUDO に新設された「近接原子テーブルを使わない方法」を検討すると良いかもしれません。
- クラスタリングの Slave版を MS-Windows に対応させました
  従来、クラスタリングは Linux(UNIX)でのみ動作確認を行っていましたが、 RYUDO が Visual C++ に正式対応したことに伴い、クラスタリング機能も Visual C++ 対応を検討しました。今のところ Slave版のみ、コンパイルと動作を確認しています。これにより、あいている Windows マシンを New-RYUDO クラスタリングの Slaveとして使用することが出来ます。なお、現状で Master版はコンパイルできません（Visual C++でコンパイルできない関数を使用しているため）が、もし需要があれば対応します。 (ちなみにマルチプロセス機能は全く未確認です。)
・New-RYUDO を更新しました(2008/1/11)
- クラスタリング機能を実装しました。使用方法の詳細は追加マニュアル（NEW-RYUDO118j.pdf）を参照してください。今のところ２台でのテスト計算では約1.74倍の速度が出ています。ただし、非結合性３・４体ポテンシャルが使えませんのでご注意ください。
- マルチプロセス機能で以下の２点を修正しました。
  ・非結合性３・４体ポテンシャルの計算に問題がある（組み合わせの不足）
  ・３、５、６、７および９以上のマルチプロセス版としたときに、 Ewald法第１項の計算に問題がある（セルサイズ依存パラメーターに異常）
・RYUDO が更新されています(2007/12/11)
- Ewald法使用時に電荷の総和が０でない場合に強制終了する際、エラーメッセージを出力するようにしました。
  Ver.1.17g 以前ではエラーメッセージを出していましたが、計算開始時電荷自動調整機能が追加され、さらに Ver.1.17h で電荷総和チェック機能を改良した後は、エラーメッセージが出ないようになっていました。今回これを以前と同様に出力するように変更しました。
  ※ Ewald法を使うときは、必ず電荷の総和が０になるようにしてください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/12/5)
- Tersoff ポテンシャルを実装しました。
  使用方法は Brenner ポテンシャルにほぼ準じます。詳細を追加マニュアルで確認してからご使用ください。
- Brenner ポテンシャルで、 f(r)とBij*の計算に不備があったのを修正しました。
- Brenner ポテンシャル使用時、brenner 行でパラメーターを省略すると、デフォルトの値（文献値)が適用されるようにしました。
  (Tersoffポテンシャルも同様です。)
- Brenner ポテンシャル使用時、brenner 行のパラメーター読み込みに単位換算機能を実装しました。
  (Tersoffポテンシャルも同様です。)
- Brenner ポテンシャル使用時、Bij*用のメモリを確保しないで計算する手法を実装し、こちらをデフォルトにしました。
  defi.h の #define BTBIJTBL を 1 にすると、従来の様に Bij*用変数領域を確保して計算を行います。
  (Tersoffポテンシャルも同様です。)
- Brenner ポテンシャル使用時、f(r)を定数とみなして微分した式を力の計算に使用する方法を実装し、これをデフォルトにしました。
  defi.h の #define BRENNER を 2 にすると、従来のように、f(r)も微分した式で力を算出します。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/19)
- Brenerポテンシャル用のメモリ確保を実際に使用する時に限定するようにしました。
  このため、コンパイル時に有効にしたままでも、メモリを大量に消費することがなくなりました。よって、デフォルトで有効に戻しました。
- Brennerポテンシャルの使用方法を若干変更しました。
  Brennerポテンシャルを適用したい元素の指定方法として、以前は atom部の第５項に B を記述していましたが、今回からこれを第７項のフラグ部に記述するようにしました。他のフラグと併用する場合は、つなげて記述してください（たとえば、温度制御なしと併用する場合は、BTなどと記述する）。
- Brennerポテンシャル使用時に、適用外の元素にも影響が出ていたのを修正しました。
  以前の New-RYUDO において、 Bij の計算は atomで指定した元素だけに限定されていましたが、２体ポテンシャルループにおいては全元素にBrennerポテンシャルが適用されてしまっていました。今回これを修正しました。
- Energy Target 機能において、係数計算の比例式を逆にしました。
  これにより、負のエネルギー値で制御することになりました（正のエネルギー値では正常に動作しません）。
・RYUDO が更新されています(2007/11/19)
- 結合情報（set.rdのbond部など）の行末に空白文字がある場合に、最終項を２重に評価してしまうことがある問題を改善しました。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/14)
- 仮想壁機能を改良し、z方向のみだったのを、全方向(x/y/z各方向)で設定できるようにしました。
  なお、従来のzwallの記述も有効です。詳細は追加説明書をご覧ください。
- デフォルトで Brenner ポテンシャルを OFF にしました。
  Brenner ポテンシャルが実装されていると、たとえ Brenner ポテンシャルを使わない def.rd でも、メモリを大量に消費してしまいます。そこでデフォルトの defi.h では #define BRENNER 0 としました。もし Brenner ポテンシャルを使いたい方は、あらかじめここを 1 にしてからコンパイルしてください。
- 多プロセス化機能における分担割合を変更しました。
  従来、２体ポテンシャルループについて、親プロセスよりも子プロセス側に多めに割り振るよう設定していましたが、いくつかの系で試したところ、均等に割り当てた方が効率が良いようなので、単純分割にしました。今のところ Pt 4000原子系(Morseポテンシャルのみ）において、２プロセス化で約1.97倍の高速化を確認しています。
・RYUDO が更新されています(2007/11/14)
- デフォルトの最大元素種数(ATOMS)、最大表示種数(INDEXS)、最大性質数(NATURES)、最大２体ポテンシャル数(PAIRS)、最大３体ポテンシャル数(TRIOS)、および最大４体ポテンシャル（ねじれ）数(QUADS)を変更しました。
  近年の計算対象の大規模化とマシン性能の向上を考慮して、デフォルトの最大数を増やしました。もし古いマシンで RYUDO をお使いの場合は、これらの最大数を適宜減らしてコンパイルしてください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/12)
- 多プロセス化（並列化）機能使用時に、val.rdの３・４体エネルギー項がシングルプロセスで計算したときよりも小さくなってしまう問題を修正しました。これはこれまで、子プロセスで計算された３・４体エネルギー値を親プロセスに返していなかったために生じた問題です。よって、Ver.1.18d 以前のすべての New-RYUDO にこの問題が存在します。ただし、３・４体エネルギーは計算結果に影響しませんので、特にエネルギーの解析を目的としない限りは、再計算の必要はありません。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/12)
- 反応表現機能およびプロトン伝導計算機能の使用時に、結合情報変化履歴(bondlog.rd)が出力されていなかった問題を修正しました。この問題は Ver.1.18 より発生していました(ソースコード整理のため)ので、 Ver.1.18 ～ 1.18c で反応表現およびプロトン伝導を使っていた方はご注意ください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/9)
- bnd.rdの出力において、桁位置を変更しました。（bnd.rdを他のプログラムで利用する際は御注意ください。）
- 計算機能自体の変更はありません。
・RYUDO が更新されています(2007/11/9)
- set.rdのbond部およびbnd.rdの読み込みにおいて、特殊な記述（行末に空白文字やコメントがある場合など）に対応できるようにしました。
- end.rdおよびxtr.rdのbond部の出力において、桁位置を変更しました。（これらを他のプログラムで利用する際は御注意ください。）
- 計算機能自体の変更はありません。
・RYUDO が更新されています(2007/11/7)
- 計算開始時に表示される時刻に正しくないものがあったのを修正しました。
  計算機能自体に修正・変更はありません。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/5)
- 前回新設したメッシュ外力機能について、外力をかけるステップ間隔を指定するようにしました。 def.rd の meshf行に、追加のパラメータ（第２パラメータ）としてステップ間隔を指定してください（必須）。
- 系の全エネルギーが任意の目標値に向かうように全原子の速度スケーリングを行う機能を新設しました。 def.rd に engtrgt 行を記述し、第１パラメータとして目標エネルギー値[J]、第２パラメータとして制御間隔[step]を指定してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/11/4)
- 反応表現機能において、反応確率に温度や圧力の効果を入れる際に参照される最近100stepの平均温度や平均圧力の計算位置が不適切であったのを修正しました。（以前は1step遅れて集計されていました。）
- 多プロセス化機能を３重化以上に対応させました
  メモリの許す限り、#define MULTICOREを増やして多重化できます（コア数またはＣＰＵ数以内で設定してください）。なお、Ewald法を使用する際は、２／４／８重化が効果的です（詳細は説明書を御覧ください）。
- 実装機能一覧表示に不足があったのを補いました
- メッシュ外力機能を追加しました
  特定用途限定です。詳細は説明書を参照してください。
- 注：例によってまだ動作確認が不十分です。上記新機能・デバッグ以外でも、ソースコードをかなり書き換えました。もしお気付きの点がありましたら、随時お知らせください。できれば、Ver.1.18を本格使用する前に、前バージョン(Ver.1.17i以前)と同じ計算で結果が一致することを確認してください。
- 注：クラスタリング機能は未完成です（使用不可）
・RYUDO が更新されています(2007/11/4)
- 結合情報数の上限値をdefi.hの#define BONDSだけで変更できるようにしました。
  従来はソースコードの読み込み部分も変更しなければ上限値を増やすことができませんでしたが、読み込み部分を可変対応とすることで、 BONDSを変更するだけで済むようにしました。
  また、従来はset.rdのbond部の読み込みについて、別途BNDTBLSの設定が必要でしたが、今回からBONDSに統合しました。
- end.rd(およびxtr.rd)の出力において、 bond部にバグがあったのを修正しました。
  以前はソースコードに一部BONDSとBNDTBLSの取り違えがあり、結合情報が正しく出力されていませんでした。
- 以前、（RYUDO独自の）「Hybrid計算機能」としていたものを、より単純化した「外注計算機能」に変更しました。
  詳細は説明書の７．１４節を参照してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/9/13)
- 各原子ごとの平均座標・速度・被力の履歴を出力できるようにしました。出力形式はテキスト出力に準じます。詳細は追加マニュアルの３．６節を参照してください。
・RYUDO が更新されています(2007/9/10)
- Ewald 法使用時の総電荷０確認機能を、ソースコードレベルで若干修正しました。以前のソースコードでは、処理系や原子数によっては、誤差が蓄積して「総和が０でない」と誤判定してしまうことがありました。今回の変更で、この誤判定の可能性が低くなると期待されます。
・New-RYUDO を更新しました(2007/7/10)
- Ewald法用起動時電荷自動調整機能を実装しました
  Ewald法使用時は、全原子の電荷の総和が０に等しく(1e-10以下で)なければ RYUDO がエラーを出力して止まりますが、フィッティングを行った電荷の調整は手作業では難しいことから、新たに RYUDO が自動的に調整する機能を実装してみました。
  使用方法は、def.rd の nature部で、電荷を自動調整したい元素の行の電荷項（第３項）へ、電荷の値の代わりに free と記述してください。（記述できるのはどれか１元素(nature)だけです。複数記述した場合は、最後に記述した nature のみが調整対象となり、それ以前の nature は電荷０になります。）
  この機能は、Ewald法を使う場合に限って有効です（もちろん３次元周期境界条件も必須です）。 Ewald法を使わない条件で free を指定すると、その元素(nature)の電荷は０になります。
  調整した結果は画面と cnd.rd に「Free Charge Correction」という行で出力されますので、実際にどんな電荷になったのか必ず確認してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/6/23)
- 前回新設した結晶化促進機能のフラグＳに早速バグが見つかりましたので修正しました。
・New-RYUDO を更新しました(2007/6/13)
- 結晶化促進機能に、目標位置（座標）を対象原子の配置にあわせて、適宜修正する機能を追加しました（機能フラグＳ）。
  これにより、結晶化した原子団が一体となって移動する様子を観察することなどが可能になりました。
  詳細は追加マニュアル(New-RYUDO117e.pdf)を参照してください。
- 例によってデバッグが未だ不完全ですので、もし試してみて不具合に気付かれたら随時ご連絡ください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/6/4)
- 以前公開されていた TriclRYUDO による非90度セル計算機能を、最新の New-RYUDO (Ver.1.17c) に移植しました。
  ただし、New-RYUDO の一部の機能と排他になっているため、デフォルトのソースでは非90度セル計算機能を無効にしています。下記の制限事項を理解した上で、非90度セル計算機能を使いたい方は、 defi.h の #define NODATRICL を 1 にしてコンパイルし直してください。
- 非90度セル計算機能は、基本的に TriclRYUDO と同等になっています。下記の制限事項も TriclRYUDO と同様になっているのでご注意ください。
  - ３次元周期境界条件でしか計算できません。
  - Ewald法を使わないと正常に計算できません。また、 Ewald法のパラメーターは TriclRYUDO 規定の値で固定されています。（def.rd の ewald行のパラメーター指定は無効になります。）
  - def.rd の cutoff 行で、２体の cutoff距離の記述は無効です。（ Ewald法における cutoff 距離は、TriclRYUDO 規定の距離です。２体ポテンシャルにおける cutoff 距離は 7.5[A] に固定です。）
  - ２体ポテンシャルはテーブル化のみ対応しています。テーブル化しないで（式を厳密に）計算する機能はありません。（def.rd の pair には必ず table を記述してください。）
  - ２体ポテンシャルのテーブル補完方法が、従来の RYUDO とは異なります。
- 現状では、非90度セル計算機能を有効にすると、従来の New-RYUDO の機能の一部が正常に機能しませんので、ご注意ください。
  - 個別被力履歴出力機能が正常に機能しません。
  - Brenner ポテンシャルが正常に計算できません。
  - Hybrid 計算用特殊被力出力機能が正常に動作しません。
- 非90度セル計算機能を使用する場合は、def.rd の press 行に、新に第５項として 1 を記述した方がよいようです。（記述しない場合、ソースコードの一部が実行されないため、たとえば座標逆変換行列や情報出力用角度変数の更新に不都合があるようです。）
- TriclRYUDOには、圧力計算部分に疑わしい部分があったため、これらを修正した上で Ver.1.17c に移植しています。このため計算中の各圧力値は TriclRYUDO と異なる可能性があります。
- なお、Dual-RYUDOとしてコンパイルすると非90度セル計算機能は強制的に無効になります。
・RYUDO が更新されています(2007/6/4)
- 周期境界条件を使わない(periodic off = クラスターモデル計算)場合に、 cutoff 距離を大きくしても、set.rd 中の仮想的なセルサイズにおける最小軸長の半分で cutoff が掛かってしまっていた問題を修正しました。
・New-RYUDO を更新しました(2007/5/26)
- プロトン伝導計算機能で、判定間隔を指定できるようにしました。また、Ver.1.17b で追加したロック期間の記述を省略できるようにしました。
- ３体の反応表現機能でも判定間隔を指定できるようにしました。
- プロトン伝導計算機能で、 Ver.1.17b にあった従属行項目数判定のバグを修正しました：プロトン伝導計算機能の従属行は、Ver.1.17bでは、本来６項しかないのに、実際は７項以上記述しないとエラーになっていた問題を修正しました。
- プロトン伝導計算機能と反応表現機能を併用した際に、反応表現機能で指定した判定間隔が無効になる問題を修正しました： Ver.1.17b 以前では、反応表現機能で判定間隔を 2 step 以上に設定していても、同時にプロトン伝導計算機能を使用すると毎 step 判定になってしまう問題がありました。今回の機能追加により、判定間隔がプロトン伝導機能と共通になったため、 def.rd の中で、どちらか最後に記述した方が優先されるようになりました。
- 機能追加の詳細については、New-RYUDO 追加マニュアル (New-RYUDO117b.pdf)を参照してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/5/21)
- プロトン伝導計算機能でもロック期間を設定できるようにしました。基本的に反応表現機能のロック機能と同じものであり、相互依存性があります。詳細は追加マニュアル(New-RYUDO117b.pdf)を参照してください。
・RYUDO が更新されています(2007/4/27)
- def.rd の pair以降・各ポテンシャル指定における結合性・非結合性、および分子内・外の指定方法に、より詳細な指定方法を追加しました。詳しくはマニュアル RYUDO117a.pdf を参照してください。なお、これらの指定方法は上位互換性がありますので、従来の def.rd でもそのまま Ver.1.17a で使うことができます。
・RYUDO が更新されています(2007/4/13)
- 予想計算終了時刻に加えて、予想残り時間も表示するようにしました。
- def.rd の Torsion ポテンシャル読み込み時、 'Tortion'と表示していたのを修正しました。
・New-RYUDO を更新しました(2007/3/30)
- 従来の「個別力機能」を「結晶化促進機能」に変更しました。これに伴い、def.rd の記述方法、および専用定義ファイルの書式が変更されました。詳しくはマニュアルを参照してください。
- 「結晶化促進機能」に追加として、元素種ごとに目標位置を定義できる機能 C を実装しました。この機能では、当該元素種の各原子に、それぞれ最も近い目標位置へ一定の力をかけることができます。さらに目標位置からの距離に応じて、力をON/OFFすることができます。詳細はマニュアルを参照してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/3/3)
- Heat Spot 機能において、温度制御係数の計算に平方根(sqrt)が掛かっていなかったのを修正しました。これにより、Heat Spot による制御力が通常の温度制御と同等になります（制御が以前より穏やかになります）。
・RYUDO が更新されています(2007/2/20)
- autodel 機能に、発生時 step 内で不整合があったのを修正しました。
- 熱伝導計算において、温度制御処理部分のソースコードを整理したため、若干高速になっている可能性があります。
・New-RYUDO を更新しました(2007/2/20)
- Dual-RYUDO において、子プロセス側に autodel の処理がなかったため、 autodel が起こった step では全体に不整合が生じていた問題を修正しました。
- Heat Spot 機能を使用した際、 cnd.rd に出力される def.rd の読み込み状況で、 Target温度が heats 行の最終目標ではなく、現在目標（ set.rd 内の温度）になっていたのを修正しました。（ cnd.rd だけの問題ですので、計算自体には影響ありません。）
・New-RYUDO を更新しました(2007/2/19)
- 反応表現機能において、反応の有無を判定するルーチン（i,jループ）を若干高速化しました。例えば、1000原子が反応に関与するような系に於いては、計算時間が半分以下に短縮される場合もあります。
- 反応表現機能において、反応ロック期間機能を追加しました。これは、反応後の原子を一定期間他の反応に関与させないようにする機能で、例えば複雑な連鎖反応を表現する系での安定化を図ることができます。詳しい使用方法は New-RYUDO 追加マニュアルをご覧ください。
- 反応表現機能において、 def.rd の react部の記述方法を大幅に変更しました。従来の def.rd はそのままでは使えませんのでご注意ください。詳細は New-RYUDO 追加マニュアルでご確認ください。なお、react部の書き換え支援用として、Ver.1.16a 以前の def.rd を、今回の　Ver.1.16b の書式に変更するツール「 reaconv 」を作成しました。 miura-tools/reaconv.c を gcc でコンパイルしてご使用ください。使用方法は例えば「 reaconv def.org > def.new 」としてください（ def.org に元ファイル名、def.new に新ファイル名を指定してください）。
・RYUDO が更新されています(2007/2/14)
- 従来、出現させたい原子は set.rd 中で欠陥フラグ(d)のみで指定していましたが、これを出現フラグ(a)も併せて指定するように変更しました（原子各行第４項に「ad」などと記述する）。これにより、出現させたい原子と、ただ欠陥にしておきたい原子を、明確に区別できるようになりました。
- ただし、このままでは過去に作成した set.rd の計算に不便ですので、暫定的に「出現フラグを自動的に付ける」機能を追加しました。
  この機能を使用するには、def.rd のできるだけ後の方に、下記のような行を記述してください。
  ※optionを行頭にしてください（optionの前に空白を入れないでください）。
  ※appearの後ろに出現させたい元素No.を指定してください（appearと元素No.の間に空白は入れないでください）。上記の例では第２元素が指定されています。
  ※ここで指定した元素について、 set.rd で欠陥(d)となっている原子全てに出現(a)のフラグが追加されます（ end.rd を見ると、たとえば出現前の原子が ad になっているのが確認できます）。
  ※複数の元素を指定したい時は、 appearの項を空白を開けて列挙してください。
- 従来の def.rd と set.rd のままでは、原子が出現しませんのでご注意ください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/2/14)
・RYUDO が更新されています(2007/2/10)
- 原子出現機能における温度制御と運動量補正の外し方を変更しました。
  デフォルトでは、出現する原子（元素）も通常原子と同様の扱いとなります（全体の設定および atom部第７項のフラグ設定に従います）。
  出現原子を温度制御や運動量補正の対象外とするには、 single 部の各 appear 行第６項でフラグを指定してください。例えば T なら温度制御、M なら運動量補正、MT なら両方を対象外とします。
  さらに、対象外とする期間を設定することができます。同第７項に、各原子が出現した後どれぐらいの期間を対象外とするのか step 数で記述してください。例えば 1000 と記述すれば、出現した原子は出現後 1000 step の間は対象外となります（出現した step を含む。すなわち、2500 step に出現した原子は 3499 step までは対象外となり、 3500 step 以降は atom部の設定に従う）。
  詳細は説明書を参照してください。
  注：従来の def.rd のまま計算すると、出現原子の温度制御と運動量補正は通常原子と同じ扱いになります。場合によっては従来と異なる結果になりますのでご注意ください。従来と同等の結果にしたい場合は、上述のフラグ MT を指定してください。
・New-RYUDO を更新しました(2007/2/5)
・RYUDO が更新されています(2007/2/2)
・New-RYUDO を更新しました(2007/2/2)
・New-RYUDO を更新しました (2007/1/22)
- Dual-RYUDO とソースコードを統一し、コンパイル時に選択できるようにしました。
  defi.h の #define MULTICORE が 0 または 1 の時が従来のシングルプロセス New-RYUDO となり、 2 の時がプロセス２重化の Dual-RYUDO となります。デフォルトは 0 （シングルプロセス）です。
- Dual-RYUDO について
  New-RYUDO のソースコードのうち、計算負荷のかかる力・エネルギー計算部分を２つのプロセスで分担して計算するプログラムです。これにより、２ＣＰＵ（または２コア）以上を実装するマシンに置いては、最高で１．９倍程度の高速化が望めます（計算モデルにもよりますが）。計算機能としては、通常の New-RYUDO と同様ですが、下記の注意事項があります。
  - ＣＰＵ（またはコア）が一つしかない（もしくは空きが一つしかない）マシンで実行すると、通常の（シングルプロセスの）New-RYUDOよりも遅くなります。
  - ハイブリッド計算用各原子被力詳細出力機能 ( hf1.rd、hf2.rd、および trf2.rd の出力 )と、ポテンシャル種類別インデックス別被力履歴出力機能 ( partforce.rd の出力 )、およびポテンシャル種類別エネルギー履歴出力機能 ( val.rd への idveng行出力 )は、ソースコードの構造的な問題により、現段階で Dual-RYUDO では使うことが出来ません。
・New-RYUDO を更新しました(2007/1/13)
・RYUDO が更新されています (2006/12/28)
・RYUDO が更新されています (2006/12/28)
・New-RYUDO を更新しました (2006/11/30)
・New-RYUDO を更新しました (2006/11/27)
・New-RYUDO を更新しました(2006/9/16)
・New-RYUDO を更新しました(2006/9/1)
・RYUDO が更新されています(2006/8/23)
・New-RYUDO を更新しました(2006/7/20)
・RYUDO が更新されています(2006/7/7)
・RYUDO が更新されています(2006/5/27)
・RYUDO が更新されました(2006/5/18)
・RYUDO が更新されています(2006/5/12)
・RYUDO が更新されています(2006/5/8)
・RYUDO が更新されています(2006/5/8)
・RYUDO が更新されています(2006/4/19)
・RYUDO が更新されています(2006/4/19)
・RYUDO が更新されています(2006/4/11)
・RYUDO が更新されています(2006/4/10)
・RYUDO が更新されています(2006/4/5)
・New-RYUDOのマニュアルを更新しました(2006/3/8)
・New-RYUDO を更新しました(2005/12/27)
・RYUDO が更新されています(2005/12/10)
・RYUDO が更新されています(2005/12/8)
・RYUDO の原子数制限について(2005/12/8)
・New-RYUDO を更新しました(2005/11/26)
・New-RYUDO を更新しました(2005/11/25)
・New-RYUDO を更新しました(2005/11/24)
・New-RYUDO を更新しました(2005/11/2)
・New-RYUDO を更新しました(2005/10/25)
・New-RYUDO を更新しました(2005/10/24)
・New-RYUDO を更新しました(2005/10/21)
・RYUDO が更新されています(2005/10/14)
・New-RYUDO を更新しました(2005/8/27)
・RYUDO が更新されています(2005/8/26)
・New-RYUDO 補足マニュアルを更新しました(2005/8/26)
・New-RYUDOの補足マニュアルを更新しました(2005/7/12)
・New-RYUDOを更新しました(2005/7/11)
・New-RYUDOを更新しました(2005/7/7)
・RYUDOのマニュアルを更新しました(2005/6/6)
・RYUDOを更新しました(2005/5/31)
・RYUDOを更新しました(2005/4/28)
・RYUDOを更新しました(2005/4/20)
・RYUDOの補足マニュアルを更新しました(2005/4/18)
・RYUDO を更新しました(2005/3/20)
・RYUDO を更新しました(2005/3/12)
・RYUDO を更新しました(2005/3/10)
・RYUDO を更新しました(2005/2/25)
・RYUDO を更新しました : Ver.1.05 (2005/2/4)
・RYUDO を更新しました(2005/1/31)
・RYUDO を更新しました(2005/1/24)
・RYUDO を更新しました(2005/1/24)
・RYUDO を更新しました(2005/1/19)
・RYUDO を更新しました(2004/12/22)
・RYUDO と rdset が更新されました(2004/12/10)
・RYUDO が更新されました(2004/12/7)
・RYUDO のマニュアルが更新されました(2004/11/22)
・RYUDO が更新されました(2004/11/22)
・RYUDO が更新されました(2004/11/10)
・RYUDOを更新しました(2004/11/2)
・RYUDOを更新しました(2004/10/28)
・RYUDOを更新しました(2004/10/14)
・RYUDOを更新しました(2004/10/13)
・RYUDOを更新しました(2004/9/21)
・RYUDOを更新しました(2004/9/2再編)
・RYUDO ver.0.86 を更新しました(2004/7/31)
・RYUDOを更新しました(Ver.0.87g)(2004/7/14)
・RYUDOマニュアル更新しました(2004/6/30)
・RYUDO新バージョンをUPしました(2004/6/22)
・RYUDOを更新しました(2004/6/21)
・RYUDOを更新しました(2004/6/11)
・RYUDOの新しいマニュアルを作成しました(2004/6/9)
・RYUDOを更新しました(2004/5/28)
・RYUDOを更新しました(2004/4/21)
・以前

MultiCell-RYUDO

MultiCell(MC)-RYUDO は、同一サイズのセル多数をつないで、巨大な系を表すことができるRYUDOです。まだ開発途上なので、機能不足やバグがあると思います。お気づきの点やご要望がありましたらお知らせください。ソースコードと説明書は ~/akilab/ryudo/MultiCell/ にあります。宮本研内では自由に使用できます。対外公開については未定です。

outer/showr/upout/mouter

更新情報

Ver.1.19 : 空き状況チェック時に各サーバ(ホスト）へ接続する際、あらかじめサーバ名を表示するようにしました。
画面には「access to akinux262 ...」のように表示されますが、この行はサーバの応答後に上書きされるため、最終的な表示は従来の .outer と同じになります（ただし、完全に空きのサーバでは「...」表示が残ります）。正常なサーバではすぐに応答があるため、この行は一瞬しか表示されません。もし、なんらかのトラブルで応答に異常があるサーバに遭遇し outer が固まってしまった場合、この行が残るため、そのサーバ名を知ることができます。あとでこれらのサーバ名を .outerc から取り除くことで（行の削除、または # でコメントアウトする）、あらかじめ回避することができます。（もし outer が上記の問題で固まってしまった場合でも、 CTRL-Cで脱出できます。）
Ver.1.20 : .outerlog の出力形式を若干修正しました。
従来、計算データの元位置（パス）に計算プログラム名（ryudoなど）つけて記録していたのを切り離し、あらたに投入プログラム名（outerなど）も記録するようにしました。これにより、.outerlog の各行は項が２つ増えることになります。なお、この変更に伴い、以前の .outerlog を削除する必要はありません。新しい計算からこの新書式で記録されます。この新書式は従来の showr でもそのまま使うことができます（リスト表示で計算プログラム名が欠けますが、機能上は問題ありません）。

詳細は上記を参照してください。

立て続けの起動に（ある程度）耐えられるようにしました。（load average と CPU%以上の両方から負荷数を見るようにしました）

Ver.1.13 になりました。今回の更新は表示（vacant -> free)だけですので、実質的な機能に変更はありません。

CPUが空いているマシンを、コマンド一つで簡単にチェックできます。（telnetログイン→topコマンドという手間が不要になります。）

CPUに空きがないときは、空くまで待ち続けて自動的に投入します。（sleepコマンドでタイミングを計るといった手間が不要になります。）

すべての計算データを一つのakinuxで管理できます。（計算データの分散を防ぎます。）

souter/kicout/retout

souter : outer のバックグラウンドジョブ版です。空きサーバのリストアップと、バックグラウンドでの計算投入を行います。なお、計算結果は回収しませんので、別途 retout を使用してください。
オプション無しで起動すると、 outer と同様に空きサーバのリストアップを行います（この動作はまったく outer と同じです）。
計算投入方法も outer と同様です：計算ファイルのあるディレクトリで、計算プログラム名を後ろに付けて実行してください（例：souter ryudo）。計算プログラムにオプションが必要な場合は、そのまま後ろに続けてください（例：souter ryudo -c）。注意：投入先のサーバに kicout プログラムがインストールされている必要があります。kicout がインストールされていないサーバに投入しようとするとエラーで停止します。
計算投入が完了すると、souter プログラムは終了します。投入した計算プログラムが標準出力を使う（画面表示を行う）場合、定期的に一定量がまとめて端末（ターミナル、例：あなたのWindowsマシンのteraterm）に表示されますが、これは特に気にする必要はなく、そのまま端末を閉じて構いません。（逆にそのまま残しておけば、計算の進行状況をチェックできます。）
なお、端末は閉じてもかまいませんが、クライアントマシン（例：あなたのakinux）は生きている必要があります（バックグランドジョブはクライアントマシンにあるため）。クライアントマシンが停止するか、またはサーバとの通信が途絶えるとサーバの計算が停止することがあります。
計算投入時、空きサーバが見つからなかった場合、 outer では、しばらく待って再検索していましたが、 souter は、すぐにあきらめて終了します。これは、サーバ郡に空きがない場合に、他のサーバ系列（後述）をためし易くするための仕様ですが、もし不便なようでしたら outer 同様にしますのでお知らせください。
実行時のディレクトリにサブディレクトリがある場合、 outer ではサーバへコピーできずに終了していましたが、 souter はサブディレクトリも含めてコピーするようにしました。これはマルチセルRYUDOなど、サブディレクトリにも計算データを置くプログラムを想定したものです。逆に、不用意にサブディレクトリに大量のデータを置いていたりすると、コピーに時間がかかるだけでなく、サーバのハードディスクに余計な負荷をかけることになりますので十分ご注意ください。
kicout : souter から指示を受けて、実際に計算を走らせるプログラムです。
このプログラムはサーバ側で動作します。よってあらかじめサーバ側にインストールされている必要があります。
インストール方法は、他の計算プログラムなどと同様です。コンパイルした実行形式を、サーバのパスが通った場所に置いてください。（例：~/bin/ など。ただしここにパスを通しておく必要がある）
kicout プログラムは souter が実行します。ユーザーが直接実行することはありません。
kicout プログラムは、子プロセスとして計算プログラムを実行します。計算プログラムが終了すると、計算用テンポラリディレクトリに flag.souter ファイルを出力します。 retout プログラムはこのファイルの存在で計算の終了を判断します。
flag.souter ファイルは計算終了時の情報などが記載されていますが、 retout で回収後は不要になりますので削除して構いません。
retout : 現在サーバにある計算データのリストアップと、計算結果の回収を行うためのプログラムです。
サーバにある計算データのリストアップは showr と同等です。ただし、outer Ver.1.20 以降および souter による新しい .outerlog 書式に対応していますので、投入した計算プログラム名を別項で表示する他、古いouter(Ver.1.19以前) / outer / souter のどれで投入したかの識別も表示されます。また、souter で投入した計算については、計算終了した（当該計算用テンポラリディレクトリに flag.souter ファイルが存在する）場合、「Finished!」と表示します。
オプションに計算番号を付けて実行すると、当該計算結果を回収します ( showr とは動作が違うことに注意！）。回収とは、.outerlog に記載の元ディレクトリに、サーバの計算用テンポラリディレクトリにある全てのファイルを上書きコピーし、さらにサーバの計算用テンポラリディレクトリを削除することです。ディレクトリの削除を伴いますので、慎重に行ってください。
・.outerlog に記録してあったディレクトリが既に存在しない場合、回収できずにエラーを表示して停止します。サーバの計算用テンポラリディレクトリはそのまま残っていますので、手作業で回収してください。
・souter で投入した計算については、計算が終了していない（flag.souter ファイルがない）場合、回収できません。計算終了を待って、再度 retout を実行してください。
・outer で投入したものについては、計算終了が判断できません。通常は outer プログラムが最後に自動的に回収しますので、 retout で回収する必要はありませんが、もし outer プログラムが異常終了するなどして計算がサーバに残ってしまった場合などは、この retout で回収すると便利です。ただし、計算途中でも回収できてしまうので、本当に計算が終わったかよく確認してください。
設定ファイル .outerc とログファイル .outerlog は、従来の outer と共用します。新たに用意する必要はありません。このために、outer は最新版(Ver.1.20) 以降を使用することをお薦めします（outer / souter の識別を .outerlog に残すため）。
プログラム名の後ろに数字を付けてコピーすることで、サーバの系列を分けて管理できるのは、outer/showr と同様です。例えば、souter を souter2、retout を retout2 とコピーすると、それぞれ .outerc2、.outerlog2 を使用して計算投入管理を行います（サーバの計算用テンポラリディレクトリ名は outertmp???? だったのが、 outer2tmp???? になります：????は４桁の整数）。（kicout は番号付けの必要はありません。 souter も souter2 も、同じ kicout を使用します。）
outer と並行して使用することができます（Ver.1.20以降を推奨）。 souter を使いはじめたからといって、 outer の使用を停止する必要は特にありません。
souter, kicout, retout は宮本研内専用ソフトです。一般公開はしていません。（ネットワーク環境に強く依存しますので、おそらく公開してもそのままでは使用できません。）
ソースコードは ~/akilab/outer/ にあります。動作環境は UNIX( 基本的には Linux ）です。クライアント側には rshツール(rsh, rcp)が、サーバ側には rshサーバがインストールされている必要があります。さらにサーバ側では rsh(rexec, rlogin, rsh) が有効になっている必要があります。

hybrid

更新情報

最新のRYUDO(SS)では、結合情報をbondon.datの代わりにset.rdに入れることができるようになっていますが、これに対応させました。

xtaldata2bondon

gcc xtardata2bondon.c -o xtaldata2bondon -lm

注：

更新履歴

msp2rd

gcc msp2rd.c -o msp2rd

更新履歴

proconal

注意：

gcc proconal.c -o proconal

使用方法

注意：proconalはpos.rdの出力間隔に依存します。

更新履歴

bndset

gcc bndset.c -o bndset

　RYUDO Ver.1.04 以降では、従来の方法（def.rd の bonded 行で結合情報ファイル名を指定する）以外に、set.rd 中に bond 部を作成して、結合情報を指定することができるようになりました。

より正確には、以前の RYUDO でも set.rd に bond 部を作成できたのですが、分子指定が必要だったのと、原子の識別番号が256番までしか使えませんでしたので、全原子通し番号による結合情報の作成が不可能でした。 Ver.1.04以降では、分子指定なし（分子番号＝０）でも結合情報を付与できるようにし、かつ、識別番号の上限を撤廃しました。これにより、part部の各原子記述の第３項（分子内番号）を全原子の通し番号として流用し、全原子通しの結合情報を作成できるようになりました。基本的に、構造情報（各原子の座標）と、結合情報とは、一緒に扱われるべき物ですので、本改良によって、両者をset.rdに一元化することで、取り扱いミスによる誤計算の可能性を減じることが期待されます。

更新履歴

各原子結合情報数の上限を #define BONDS で変更できるようにしました。
従来はソースコード内で10項まで（自身No. + 結合先9個）でした。今回から、BONDS の数値を変えて再コンパイルするだけで任意の数に増やすことができます（BONDSは結合先数になります。すなわち、１行当たり(1+BONDS)個の項数となります）。ただし、もともと１行当たり255文字までという制限がありますので、長くなりすぎないようご注意ください。
結合情報部(bond部)の桁位置を変更しました。
桁位置に依存するようなプログラムにご使用の際はご注意ください。
bnd.rd形式であるかどうかを、ファイルの１行目で判断するようにしました。
従来は、オプション無し起動で自動的にbondon.datと言うファイルを bondon.dat形式で読み込み、オプションでファイル名を付けると、そのファイルをbnd.rd形式で読み込んでいました。
今回から、ファイルの書式については、１行目を読み込んで ryudo-bnd という記述があるかどうかで判断します。記述があれば bnd.rd 形式、無ければ bondon.dat 形式と判断します。ファイル名は形式の判断に影響しません。例えば、bondon.dat というファイル名であっても、その１行目に ryudo-bnd という記述があれば、bnd.rd 形式と判断します。なお、デフォルトの読み込みファイル名は bondon.dat のままです（ファイル名のデフォルトで、書式のデフォルトではありません）。

xsd2rst

注意：

gcc xsd2rst.c -o xsd2rst

xsd2rst (xsdファイル名)

更新履歴

layfor

gcc layfor.c -o layfor

更新履歴

bndbnd

gcc bndbnd.c -o bndbnd

bndbnd (file1) (file2) [file3 ...]

注意

更新履歴

discal

更新履歴

atomsd

gcc atomsd.c -o atomsd -lm

例　atomsd 32 > calc1.csv

rdmsd や atomsd Ver.1 のような元素種での一括指定はできません。その代わり、当該元素種に属する原子数が多すぎて目的の原子が見つけにくいといった懸念もなくなりました。複数の原子のデータが必要なときは、個別に atomsd を実行してください。
rdmsd や atomsd Ver.1 のような gnuplot に出力する機能はありません。
rdmsd や atomsd Ver.1 では、pos.rd の周期境界条件越えによる丸め（部分座標で -3.0 ～ +3.0 を超える分については折り返しになる）を予測して戻す機能を実装していましたが、出力間隔が大きい場合に誤作動する可能性があることから、今回は実装していません。原子の移動が大きすぎて３回以上周期境界を超えるような場合は、あらかじめ計算中に tps.rd を出力させてから解析してください。
parmsd では実座標に直してから差分を取っていたため、セルサイズの変動が SD や移動量に影響していました。現在は部分座標で差分を取ってから実座標化しているため、同じ SD や移動量でも parmsd とは結果が異なる場合があります。

　atomsd は、New-RYUDOの計算結果から、各原子毎のMSDおよび移動度解析を行うためのプログラムです。
　通常、MSDや移動度などは、元素毎に集計するものです（例えば New-RYUDO は元素毎の MSD を val.rd に出力しています）が、このプログラムでは各原子ごとにMSDと移動度を計算します。ここで、より安定したデータを得られるよう、１原子について複数の集計方法でMSDや移動度を算出し、その平均値を出力することができます。
（ atomsd は宮本研のソフトです。一般公開はしていません。）
（宮本研内では自由に使用できます。 miura-tools/atomsd.c を参照してください。）
・動作環境は C言語をコンパイルできるコンピュータ全般です。
・ソースコードをコンパイルするときは、例えば Linux の場合

gcc atomsd.c -o atomsd -lm のようにしてください。（ mathライブラリが必要です。）
・現状で atomsd は pos.rd と val.rd の出力間隔が一致している計算にしか適用できませんのでご注意ください。
（このプログラムは、以前 rdmsd として公開していたツールです）
使用方法
・カレントディレクトリに def.rd, set.rd, pos.rd, val.rd を置いて、「atomsd　開始ページ　終了ページ　最大ページ　元素種番号」のように実行してください。

例 atomsd 0 950 50 11 ・ここで言うページとは、pos.rd などに出力されたデータ数を示します。初期座標は０ページ目となり、以降、pos.rd の出力間隔毎に１ページずつ出力されていきますので、例えば 1000step の計算で 10step おきに pos.rd を出力させた場合、合計ページ数は 101 になります。
・本プログラムによる MSD および移動度の算出方法は、下記のアルゴリズムによります。

すなわち、開始ページから終了ページまでの間を１ページづつ、１ページ以上の間隔で差分をとり、その平均を算出します。間隔は１ページ～指定値まで、それぞれ別に統計を取ります。なお、差分を２乗したものがMSD、絶対値を取ったものが移動度になります。
・上記アルゴリズムのため、最終ページ（上記第２引数）は、必ず((全ページ)－(最大ページ間隔))以下になっていなければなりません。それ以上を指定した場合の結果は不定です（値が異常になります）。
・算出結果はファイルに出力されます。すべての原子について書き出すと膨大になりますので、上記第４引数で指定された元素のみ出力されます。出力ファイルは下記の通りです。

各ファイルの内容は、項目毎に区切られたテキスト形式の表になっており、横軸が各原子、縦軸がページ間隔となっています。これらファイルはExcelで読み込み可能です。また、MSDの単位は[Å²]、移動度の単位は[Å]となり、縦軸のページ間隔は相当する実時間[ps]で表されています。
・このほか、上記結果ファイルを gnuplot でグラフにするためのスクリプトも出力されます。それぞれ上記ファイル名の前に「plot.」、後ろに「.bat」を付けた名称になります。これを例えばコマンドラインから「gnuplot plot.msdx.dat.bat」などと入力することで、グラフが描画されます。

更新履歴

例 parmsd 33

lenang

gcc lenang.c -o lenang -lm

lenang (i) (j) [k]

更新履歴

RYUDO の仕様変更に伴い、 eps.rd の代わりに pos2.rd を読むようにしました
なお、一応以前の lenang も lenang.c.102 として残してあります。

pos.rd の読み込み時に、axs.rdも読み込んで軸長変化に対応させました (Ver.1.01)
pos.rd の読み込み時に、eps.rdも読み込んで精度を向上させました (Ver.1.02)
lenang.dat の出力桁数を若干増やしました (Ver.1.02)

pos.rd の読み込みに問題があった点を修正しました。なお、tps.rd を読み込んでいる場合は、以前のバージョンでも問題ありません。

groset

gcc groset.c -o groset -lm

例　groset　set.org　fall.rst　20　0.20　0.05　0.8　-1.0

更新履歴

msdxyz

gcc　msdxyz.c　-o　msdxyz

使用方法

注意事項

更新履歴

pos.rd から算出する場合に正常に動作していなかった問題を修正しました
tps.rd から算出する場合は正常でした。
今回、動作確認用に、set.rd から読み取った原子数を表示し、また MSD 算出中にどの履歴ファイルを読んでいるか表示するようにしました。
注：pos2.rd にはまだ対応していません。

knd.rd の読み込みに対応しました。これにより、反応表現機能などで計算途中で原子の種類が変わったり、今まで存在しなかった元素が現れる場合でも、そのとおり算出できます。また、msdxyz は出力されたページごとに各元素ごとの MSD を算出しますが、反応表現などでそのページにおいて原子が存在しない元素は、数値の代わりに「-」（マイナス)を出力します。
( MSD は原子ごとに算出します。このため、原子の属性(元素種)が計算途中で変わった場合でも、その原子の MSD は set.rd の座標を基準に計算しています。)
def.rd の file 行に対応しました。これにより、tps.rd と knd.rd の出力間隔が異なる場合でも、より正しい対応をとって元素を判別できます。
( knd.rd の出力間隔は、pos.rd と同じになります。)
( tps.rd と knd.rd の出力間隔が整数比にならない場合は、 tps.rd の各ページにおいて、その計算stepより以前のstepにおける knd.rd のデータを採用します。)
( これまでどおり、原子の座標は tps.rd を優先して採用します。 tps.rd がない場合に限り、pos.rd を採用します。 pos.rd を採用する場合は、axs.rd を軸長履歴として採用します。 axs.rd がない場合は、軸長固定(set.rdのまま)とみなします。)
def.rd の atom 部に対応し、 index に基づいて MSD を算出するようにしました。これにより、val.rd への出力と同様、 index の設定によって元素の集計方法を変更することができるようになりました。（計算後に def.rd を書き換えたりしない限り、 msds.dat の結果は完全に val.rd と一致します。）一方で、 set.rd の元素分けにのみ基づいていた全バージョンとは、 def.rd によっては異なる結果になりますので、ご注意ください。
MSD 算出結果の出力ファイル msdx.dat , msdy.dat , msdz.dat および msds.dat において、各行(１ページ分)の頭にそのページの計算step を出力するようにしました。

Ver.1.01になりました。今回はデバッグです。 tps.rdの読み込み時に問題が生じていたのを修正しました。

retcar

元の car ファイルが残っていること。
元の car ファイルから原子の並び順が変更されていないこと。*1
反応表現機能を使っていないこと。*2
プロトン伝導計算機能を使っていないこと。*2
*1 : rdcar および rdset で変換した場合は原子の並び順が保持されますが、その他のツール（mxb5?）を使用した場合は保証できません。
*2 : 各原子の名称などは元の car ファイルの情報をそのまま流用しますので、反応表現機能などを使用した結果については反映されません。また、mdf ファイルは変更しませんので、結合情報が変化した結果も反映されません。

gcc　retcar.c　-o　retcar

(例)　retcar　base.car　end.rd　new.car

更新履歴

fft2def

gcc　fft2def.c　-o　fft2def

使用方法

fftypes.dat のポテンシャル記述は、RYUDO の参照方法(def.rdの記述方法)に則しています。元素名(FFType名)の記述順序としては、Angleは i-j-k として j が中心の元素、Torsionは i-j-k-l として i と l が両端の元素を表します。また、Out of Plane (cvffplane)に関しては i-j,k,l として i が中心原子、 k と l がこれと面を作る原子、j が面から飛び出す原子を表します（ i 原子だけが他の原子と結合しています）。ただし、Out of Plane のパラメータは、 Discover のマニュアル中の式に則して、エネルギーの項だけにしています。詳しくは RYUDO のマニュアルを参照してください。

fft2def　(rstファイル名)

注意事項

（基本的に最初の Equivalences の部分 ( fftypes.dat では type部)で、構造ファイルの FFType名と、LJ、Morse、Angle、Torsion、Out of Plane 各ポテンシャル記述のFFType名を関連付けているのだと思うのですが、 Equivalencesで関連付けられていない FFType名で記述されているポテンシャルパラメータがかなりあります。特に Out of Plane（ fftypes.dat では cvffplane 部）の記述は全て Out of Plane 部にしか出てこない FFType名で記述されており、このままでは全く参照されません（警告が出るだけです）。このため現状では cvffplane部をコメントアウトしています。）

更新履歴

LJパラメータの単位が間違っていたのを修正しました。

extrst

例：　gcc　extrst.c　-o　extrst

例：　extrst　test.rst　2　2　1

例：　extrst　set.rd　3　2　2　bondon.dat

rotmsd

・ソースコードは akinas9 の labアカウント下、~/akilab/miura-tools/rotmsd.c を参照してください。
・コンパイルには数学ライブラリが必要です（ gcc の場合は -lm オプションをつけてください）。
・使い方としては、計算結果のあるディレクトリで実行するだけです。
・算出結果は画面に表示されますので、適宜リダイレクトして保存してください（例　rotmsd > data.txt）。
・算出結果は１行１ページ相当で、第１項がstep数、第２項以降が各元素ごとの MSD になります。MSD の単位は [m^2] です。
・元素の種別は set.rd の記述によります。 def.rd の index には依存しませんのでご注意ください。
・座標履歴として、def.rd に tps.rd を出力するよう指定してある場合は tps.rd を優先して使用します。 tps.rd を出力しない設定であれば pos.rd を使用します。 pos.rd を使用する際に pos2.rd が存在する場合は、高精度化のため pos2.rd も読み込みます。
・クラスター計算結果を想定していますので、軸長は set.rd の値で固定されています。
・重心計算のための各原子の質量は def.rd から取得します。
・系全体の回転角度は、重心位置から５Å以上離れた原子についてのみ計測します（精度向上のため）。このため、重心から５Å以内に収まってしまうような小型のクラスターモデルでは回転を補正できません。
・回転補正は、xy平面(z軸回転)、yz平面(x軸回転)、 zx平面(y軸回転）の３段階で行っています。この補正方法及び補正順が最適かどうかはわかりません。たとえば順番が違うだけでも結果が異なる可能性があります。
・反応表現機能（途中で元素の種類が変わる計算）には対応していません。
・まだデバッグが不完全かもしれません。もしお気づきの点があれば、随時三浦までお知らせください。
・rotmsd は、今のところ宮本研内のみの公開です。

更新履歴

def.rd および set.rd において、コメント行（コロン「:」で始まる行）および空白行（改行コードを含めて２文字以下の行）があっても正しく読み込めるようにしました

正方向への回転を補正できていなかったのを修正しました
回転量算出範囲（重心からの距離）を任意に指定できるようにしました
第１オプションにオングストローム単位で値を指定できます。この距離よりも遠い原子の座標を使って回転量を計算します。デフォルトでは５Åです。
最も回転量の大きい軸から補正をかけるようにしました
x軸回転、y軸回転、z軸回転のうち、最も大きい軸回転を補正します。その後、再度各軸回転量を測定し、再び最も大きい軸回転を補正します。デフォルトでは４回繰り返します。この補正回数は、第２オプションで任意に指定できます。

xtrades

def.rd の files 行を小さくしすぎて、計算結果の出力ファイルが無駄に膨大になってしまったときに、このツールを使うことで、計算し直すことなく、間引くことができます。

コンパイルは「 gcc xtrades.c -o xtrades 」の様にしてください。数学ライブラリ( -lm オプション )は不要です。

実行に際しては、すべての New-RYUDO の計算ファイルをカレントディレクトリに置いたうえで、抽出間隔を引数として指定してください。

抽出間隔とは、何ページおきに抽出して間引くのかを指定するものです。たとえば 10 を指定すると、10ページ置きに抽出されますので、結果としてファイルサイズは 10 分の 1 になります。引数には必ず２以上の整数を指定してください。１を指定することは理論的に無意味ですので、エラーとします。また、実際のページ数を割り切れない数や、実際のページ数を超える数を指定しないでください（万一指定した場合の結果は不定です）。

このツールで影響を受けるファイルは、def.rd、val.rd、pos.rd、pos2.rd、 vel.rd、vel2.rd、for.rd、for2.rd、tmp.rd の９個です。 def.rd で出力が指示されていないものは無視されます。 def.rd で出力が指示されているにもかかわらず、カレントディレクトリに当該ファイルがない場合は、エラーで停止します。この場合、変換途中のファイルが *.new という名前で残ることがあります。（適宜削除してください。）

実行結果として、上述のファイルが指定された抽出間隔で変更されるほか、元のファイルが *.old という名称で残ります。不要の場合は削除してください。一方で、この分ハードディスク容量を余分に使用しますので、 xtrades 実行時は、ハードディスクの空き容量にご注意ください。
更新履歴
・xtrades を更新しました(2008/5/2)
- axs.rd と knd.rd に対応しました。
・初版公開(2008/5/1)

molesd

ソースコードは akinas9 の ~/akilab/miura-tools/ にある molesd.c です。
コンパイルは gcc molesd.c -o molesd などとしてください (Mathライブラリは使用していません)。
実行に際しては、カレントディレクトリに計算ファイルを置き、 molesd に引数としてモード番号を付けて起動してください。
モード１(molesd 1 として実行)：座標中心による最終MSD (end.rd)
モード２(molesd 2 として実行)：質量中心による最終MSD (end.rd)
モード３(molesd 3 として実行)：座標中心による履歴MSD (tps.rd)
モード４(molesd 4 として実行)：質量中心による履歴MSD (tps.rd)
モード５(molesd 5 として実行)：座標中心による履歴MSD (pos.rd)
モード６(molesd 6 として実行)：質量中心による履歴MSD (pos.rd)
※座標中心とは、各分子に属する原子の座標の平均値をその分子の中心としたものです。原子の質量を考慮していません。いわば体積中心のようなものです。
※質量中心とは、各分子に属する原子の座標に質量を加味した平均値をその分子の中心としたものです。いわゆる分子重心のSD(二乗変位)です。
※モード１(molesd 1)とモード２では、end.rdが必要です。
※モード３と４では、set.rdとtps.rdが必要です。
※モード５と６では、set.rdとpos.rdが必要であるほか、もし pos2.rd と axs.rd もあれば利用します(精度が向上します)。逆に axs.rd がない場合、セルサイズは set.rd(初期値)で固定されます。
各原子がどの分子に所属するかを識別するため、 end.rd または set.rd に分子番号が必要です (モード１と２では end.rd、モード３～６では set.rd)。分子番号は、part部の各行（各原子の記述)の第２項に、１以上の整数で指定してください。
なお、分子番号は不連続(例えば１～３と１１～１３を使い、４～１０が欠番とか)でも構いません。この場合、使われていない分子番号のMSDは出力されません。
質量中心の算出に用いる各原子(の元素)の質量は、 end.rd または set.rd のelem部に記述されている値を用います。 def.rd の値は参照しません。モード２/４/６を使う前に、 end.rd や set.rd の質量値が正しく記述されているか確認してください。
算出結果は画面に出力されます。ファイルに保存したい場合は適宜リダイレクトしてください。
例 molesd 1 > msd1.dat
現状で、モード１と２には分子番号の上限があり、デフォルトで９９までです。モード３～６に上限はありません(あえて言うならlong int型)。
原子数はいずれも上限ありません(これも同様にlong int型)。
上限なし＝動的に主記憶(RAM)を確保します。したがって、動作環境のRAM容量が実質的な上限になります。

更新履歴
・molesd を更新しました(2008/10/15)
- モード６の出力値が通常より大きくなっていた問題点を修正しました
  Ver.2.11 から Ver.2.20 に機能追加した際、エンバグした様です。質量が２重に掛かっていました（従来のコードと、新しく追加したコードで重複）。従来の部分を削除し、正しく質量を１回だけ掛けるようにしたところ、正常な値を出力するようになりました（ただし当方で試した範囲で。もし何かお気づきの点がありましたら随時お知らせください）。
・molesd を更新しました(2008/9/18)
- 全モードで分子数上限と元素数上限を外しました。
- 各原子のSDを分子ごとに平均する機能を追加しました。
  従来のモード１～６は、分子の中心位置の二乗変位(SD)を算出していましたが、
  今回追加したモード７～１２では、各原子のSDを分子別に平均して値を算出します。
  モード７：原子SDの分子別単純平均最終値(end.rd)
  モード８：原子SDの分子別質量平均最終値(end.rd)
  モード９：原子SDの分子別単純平均値履歴(tps.rd)
  モード10：原子SDの分子別質量平均値履歴(tps.rd)
  モード11：原子SDの分子別単純平均値履歴(pos.rd)
  モード12：原子SDの分子別質量平均値履歴(pos.rd)
  ※単純平均：分子ごとに、所属原子のSDを集計し、その原子数で割ったもの。
  ※質量平均：分子ごとに、所属原子のSDをその原子の質量をかけて集計し、分子の総質量で割ったもの。
  注意：モード１～６に比べると、モード７～１２は大きな値が出ます。これは各原子の熱振動やばらけていく様子がそのまま加味されるためです。たとえば、分子が膨らんでいくような場合、モード１～６は中心位置が変化しないので増えませんが、モード７～１２は各原子のSDの平均なので増大します。よって、純粋に分子の移動を評価するのであればモード１～６が、分子の安定性や形状変化を評価するのであればモード７～１２が適していると思われます。
・初版公開(2008/9/15)

clrdset

使用方法の詳細は New-RYUDO の追加マニュアルで COLORS-RYUDO Ver.2 の説明を参照してください。下記には概要を示します。

ソースコードは akinas9 の ~/akilab/miura-tools/ にある clrdset.c です。

コンパイルは gcc clrdset.c -o clrdset などとしてください (Mathライブラリは使用していません)。

実行に際して、計算したいモデルの def.rd と set.rd が必要です。 def.rd の atom部各行には、第8項と第9項が必要です。

clrdset 起動時に、COLORS 対象原子(元素)を引数として指定できます。

xtal.mdy ファイルが出力されます。
clrdset の引数で指定した COLORS 対象原子のみが、def.rd の atom部の各行第8項及び第9項で指定した元素名と元素番号で出力されます。このとき、この元素番号順に原子の並びがソートされます。

clrds.rd ファイルが出力されます。
このファイルは、COLORD-RYUDO Ver.2 を有効にした New-RYUDO から自動的に参照されます。
更新履歴
・clrdset を更新しました(2009/4/23)
・clrdset を更新しました(2009/4/14)
- COLORS対象原子を指定できるようになりました
  clrdsetコマンドの引数として、下記のような一点および範囲指定が可能です。
  　原子番号の場合：　a100　a128-255
  　元素番号の場合：　e2　e5-9
  　分子番号の場合：　m32　m64-95
  これらの指定は複数記述することが出来ます。重複可。
  ※原子番号とは、 set.rd の part部（１原子１行）に記述されている順番のことです（最初の行(原子）を１番、次を２番、・・・とします）。
  ※元素番号とは、set.rd の part部各行最初(第1項)の数字のことです。
  ※分子番号とは、set.rd の part部各行第2項の数字です。
  指定結果は、xtal.mdy出力(後述)および clrds.rd 出力(後述)に表れます。
  引数に何も指定しなかった場合は、全原子が対象となります。
- xtal.mdy 出力機能を実装しました
  COLORS対象原子を元素番号でソートして xtal.mdy形式に出力します。ここで参照する元素番号は、 def.rd の atom部第9項で指定する xtal.mdy 専用番号です（後述）。また元素名としても、def.rd の atom部第8項で指定する xtal.mdy 専用元素名を使用します（後述）。
  ※カレントディレクトリに既存の xtal.mdy は上書きされますのでご注意ください。
- 出力ファイルを一つにまとめて、clrds.rd としました
  ファイルの内容は、xtal部、chrg部、pair部、の３部構成になります。
  xtal部は、上述の xtal.mdy 出力用に原子番号をソートした結果を出力します。これは New-RYUDO が COLORS 呼び出し用に xtal.mdy を作成する際に参照されます。
  chrg部は、電荷を個別にしているる原子番号のリストです。 def.rd の nature 部で電荷を free にしている原子は除かれます。適宜ユーザが編集してください。
  pair部は、ポテンシャルを個別に指定する原子組合せのリストです。 clrdset では空で出力されますので、実際に New-RYUDO で使用する前にユーザが適宜原子組合せを記述してください。
  ※ clrds.rd は New-RYUDO Ver.1.23以降専用です。同 Ver.1.22d以前では使用できませんので、ご注意ください。
- def.rd の atom部に、第8項と第9項の記述が必須となりました
  従来の def.rd の atom部は第7項（フラグ項）まででしたが、これに第8項として xtal.mdy 用の元素名、および、第9項として xtal.mdy 用の元素番号、の記述が必要です。ご注意ください。
- 結合情報には依存しなくなりました
  今回、パラメータ出力機能を削除したため、各原子間の結合状態を判断する必要が無くなりました。このため、今回の clrdset は結合情報を読み込みません。 def.rd の bonded行で結合情報ファイルを指定していても、 clrdset には不要ですので、実行時にカレントディレクトリに用意する必要はありません。
・clrdset を更新しました(2009/3/30)
・clrdset を更新しました(2009/3/6)
- ソースコードは、akinas9 の lab アカウント ~/akilab/miura-tools/clrdset.c です。コンパイルに際して、math ライブラリが必要です。
  （例）　gcc clrdset.c -o clrdset -lm
- 実行に際して、カレントディレクトリに def.rd と set.rd が必要です。別途結合情報ファイルを指定（def.rd の bonded 行にファイル名を記述）している場合は、そのファイルも必要です。
- 実行に際して、オプション（引数）は特に必要ありませんが、下記のモードを指定することができます。*
  - clrdset のみ：通常実行。 clrd2 には Morse または Busing が掛かっている原子間のみ出力。
  - clrdset 1 として実行： clrd2 に全原子間（組合せ）を出力。
  - clrdset 2 として実行： clrd2 はさらに、参照用として βij、rij、 aij、bij の有効値も出力（ただし aij は負値として）。 **
  - clrdset 3 として実行： clrd2 はさらに、参照用として Aij と Bij を出力（ただし Aij は負値として）。
  各詳細は後述
- 実行結果として、カレントディレクトリに clrd1a.rd と clrd2a.rd が出力されます。
  既存の clrd1a.rd や clrd2a.rd は上書きされますのでご注意ください。
- clrd1a.rd には、１原子１行として、原子番号と電荷が出力されます。
  電荷は def.rd の nature 部で指定した値になります（単位は[e]）。
  電荷が free 指定の場合、その原子は clrd1a.rd に出力されません（ New-RYUDO の電荷自動調整機能で設定するため）。
- clrd2a.rd には、原子間（組合せ）１つ１行として、ｉ原子番号、ｊ原子番号、Morse、LJ、 Busing パラメータが出力されます。
  ・Morse ポテンシャルパラメータは Dij、βij、r0ij の３項です。 LJ ポテンシャルパラメータは Aij、Bij の２項です。 Busing ポテンシャルパラメータは aij、bij の２項です。単位は基本形（それぞれ [J]、[1/m]、[m]、[J*m^12]、[J*m^6]、[m]、[m]）です。
  ・掛かっていないポテンシャルの項には -1.0 が出力されます。なお、ポテンシャルが掛かるかどうかは結合情報にも依存しています（例えば、同じ元素種組合せであっても、直接結合している原子間では b 指定のポテンシャル、結合鎖で４つ以上離れた原子間では - 指定のポテンシャルになります）。
  ・*基本的に、 Morse または Busing ポテンシャルが掛かっている組合せのみ出力されます。
  ・*「clrdset 1」として実行すると、 Morse や Busing が掛かっていない組合せも出力します。 LJ しか掛かっていない組合せは、このモードでなければ出力されません。またこのモードはポテンシャルの掛け忘れチェックに利用できます（全て -1.0 の場合、その原子間には Morse も LJ も Busing も掛かっていないと判断できます）。
  ・**「clrdset 2」として実行すると、現在の結合情報では掛からないことになっている Morse および Busing ポテンシャルのパラメータも、 COLORS-RYUDO計算中の切り替え参照用に値を出力します。ただし、βij、r0ij、aij、bij のみ。 Dij は今は無効であることを示すために -1.0 のままです。 aij は符号を反転（負の値）にして出力されます。ただし負の aij を無効値であると正しく識別できるのは、 Ver.1.22b 以降の New-RYUDO のみです。 Ver.1.22a 以前の New-RYUDO では無効にならず誤作動します。
  ・*「clrdset 3]として実行すると、現在の結合情報では掛からないことになっている LJ ポテンシャルのパラメータも、 COLORS-RYUDO計算中の切り替え参照用に値を出力します。このとき Aij は符号を反転した負の値として出力し、今は無効であると判別できるようにしています。ただしこれを識別できるのは、Ver.1.22b 以降の New-RYUDO のみです。 Ver.1.22a 以前の New-RYUDO では無効にならず誤作動します。
・clrdset を研究室内に公開しました(2009/3/5)
- 例によってデバッグが不十分ですので、お気づきの点がありましたら随時お知らせください。

nrdmrsdf

ソースコードは akinas9 の ~/akilab/miura-tools/ にある nrdmrsdf.c です。

コンパイルは gcc clrdset.c -o clrdset -lm などとしてください Mathライブラリを使用していますので、-lm オプションが必須です。

実行方法 nrdmrsdf (初期Dij) (βij) (ｒ0ij) (E) (r)
　例　nrdmrsdf 30.0 1.98 2.5 -18.5 3.1
各パラメーターの単位は任意ですが、統一してください。

デフォルトで30回の収束計算を行います。履歴を画面に表示します。最終行の d0= が最終的にフィッティングされた Dij です。

注意：初期Dijの50%～200%の範囲でのみフィッティングできます。

更新履歴
・nrdmrsdf を公開しました(2009/1/26)

rdset

gcc rdset.c -o rdset -lm

更新履歴

rstファイルのbond部の読み込みにおいて、特殊な記述（行末に空白文字やコメントがある場合など）に対応できるようにしました。
set.rdのbond部の出力において、桁位置を変更しました。（set.rdを他のプログラムで利用する際は御注意ください。）

*.xtl 形式の読み込みに問題があったのを修正しました。 Ver.1.34bになりました。/home/lab/tools/ を参照してください。

分子内番号の上限を撤廃：全原子の通し番号として使用できる
分子内番号の不順・欠番を許容：とびとびの番号であっても可
bond部の各行の不順・欠番を許容：分子内番号を持つ原子が結合を持たない場合、記述を省略可

*.car ファイルから直接 set.rd を作成する際、同一ディレクトリに *.mdf があれば、ここから結合情報を抽出して bond部に記述します。このとき、各元素の分子内番号(第３項)を、通し番号として使用します。

rdcar

更新情報

一元素あたりの原子数が多い場合の処理を修正しました
元素名が１文字の場合に対応しました。
元素名が２文字の場合で、番号にアルファベットが２文字つく場合の処理に問題があったのを修正しました。
ここで言う元素名とは、.carファイルの各原子行第１項にある原子名のうち、最初の１文字および２文字のアルファベットを示します（数字以降は含まない）。
古い.carファイルは、原子名が元素名＋番号で構成されているので、 rdcarも基本的にこれに対応していました。ただし、原子名は最大5文字の制限があるので、名前が１文字の元素は9999個まで、名前が２文字の元素は999個までしか表現出来ません。そこで近年では、9999個あるいは999個を越えた場合に、数字の後端をアルファベットの大文字に変えて番号付けを拡張する手法がとられてしました。すなわち元素名が２文字の場合、999番の次は1A番になり、 99A番まで続いた後は1B番になり、これが99Zまで続きます。これでも足りない場合は、99Z番の次として1AA番が作成され、 9AA番まで続いた後は1ABとなり、これが9ZZまで続きます。これ以上先がどうなるかはまだ確認できていません。
以前のrdcarでは、元素名２文字の場合のみを想定していたため、元素名１文字で番号の後端にアルファベットが入った場合の処理に問題がありました（1A番を1000番とみなしてしまうため番号がかぶる）。
注意：プログラムの構造的な問題により、現状では一元素あたり32767個までしか対応出来ません。

従来は、原子名に付属する番号が1～999および 1A～99A、1B～99B・・・1Z～99Zまでの対応でしたが、新たに1AA～9AA、 1AB～9AB・・・9AZ、1BA・・・1ZZ～9ZZに対応しました。これにより従来は同一原子名で3474番目までの対応だったのが、今回は9558番目まで対応できるようになりました。

例　Shift 10.0 -30.0 40.0

MaterialsStudioで出力した .car および .mdf ファイルにおいて、一元素当たり１０００原子を越える場合に対応しました。 Ver.1.06 になりました。

Ver.1.05 になりました。元素名に小文字が含まれる場合、 *.mdfがうまく読み込めなかった問題を修正しました。

rdmsp

更新履歴

def.rdの周期境界条件の表記ミスが修正されました。最新版はVer.1.03です。

def.rd の LJパラメータに単位が入っていなかったのを修正しました。 Ver.1.02になりました。

file05.dat -> def.rd 変換で、def.rd 中に「file」となっていたのを「files」に修正しました。 Ver.1.01 になりました。

rd82t87

更新履歴

rdtxt

更新履歴

set.rd 中に、コロン「:」で始まる行（いわゆるコメント行）や、改行コードを含めて２文字以下の行（いわゆる空白行）があった場合でも、これを無視して動作するようにしました。

RYUDO Ver.1.20 以降の pos2.rd, vel2.rd, for2.rd に対応しました
pos2.rd, vel2.rd, for2.rd がない場合は、従来通り pos.rd, vel.rd, for.rd だけを読み込んで変換します。従って Ver.1.19 以前の RYUDO の計算結果も変換できます。
pos.txt, vel.txt, for.txt の出力桁数を増やしました
pos2.rd, vel2.rd, for2.rd がない場合は、下４桁が 0 になります。

rdend

rdmov

rdsum

更新履歴

rdrho

更新履歴

rduni

更新履歴

rdext

更新履歴

rdect

例：　gcc　rdect.c　-o　rdect

例：　./rdect

※上記、宮本研内での参照場所 ( miura-tools/ や ryudo/ など ) は、 akinas9 に lab アカウントでログインした先にの ~/akilab/ にあります。
（ ~/ は lab アカウントのホームディレクトリ（ログイン直後に居るディレクトリ）のことです。）
（現在 akinux20 および akigin系 ( /town/akilab/など ) は使用しておりません。）

・御不明の点は電子メールなどで御質問下さい。（お返事は遅れることがありますので、あらかじめご了承ください）
（メールアドレスはトップページ(Home)に記載しています。）

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